add lacunose witnesses to html rendering

Tried to implement node coloring.

continued doc and testing drive; rationalize GraphML a little

move around some doc/testing logic

fix Tabular parser to account for a.c. wits; more doc and tests

fix perldoc

restore file needed for graph.t test

document and unit-test Witness.pm

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

start documenting and testing

changed interface for Tradition init

new change from Joris

allow either file or string to be passed for parsing

add lacunae properly at start of TEI parsing

set up some real test data

fix acquisition of rank for row

changes requested by Joris

package for use by catalyst

Create wrapper model class for faster page load

lacuna nodes need to be marked as such on read

initial commit of Catalyst skeleton app

more work on our own graphml format

fix graphml write/read of relationship data

Fix graphml output / input format

work in progress

keep module dependencies in sync

keep module dependencies in sync

ignore data symlink dir

flatten identical nodes by rank; allow alignment table with objects

do automatic APSP calculation when a tree is saved or calculated

add BBedit project file

provide for stemma graphic display

add facility in Stemma for distance tree alongside hypothesis; use this for group_vars analysis

small efficiency tweak

first forays in variant analysis

Parse a known stemma hypothesis from a dotfile

Bugfix for superfluous a.c. witnesses

Allow either row or column orientation for alignment table

start handling CTE output files

add support for lacunas within the witnesses

add support for alignment table input

get rid of common reading calculation for positional fun

various things; headline change is reworking of node positions

CHECKPOINT for laptop migration

dot generation works on collation output TEI, svg generation does not

checkpoint, not sure what is here

add first-cut module for stemma analysis

new position logic for the lemmatizer and toggler; still need non-linear positions

new positioning system, works great for graph, needs work for CSV

make relationships work, add some hacks for Boodts collation

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

CHECKPOINT untested and unfinished changes to BaseText

handle 'non 1/2' construction in lemma

Our own variation on GraphML parsing

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

CollateX version of GraphML parsing

we can parse our own graph output now

split out XML parsing logic from CollateX logic in parser

make one-witness-per-edge graphml output; still need to parse it properly

clean up svg output; allow non-linear GraphML graphs

handle repetition relationship

generate svg with relationships invisible; fix graphml output

first crack at implementing relationships

add some debug code for spotting apparatus double entries

fix circular-path bugs in the graph

working with new base text merge routine, up to line 25

CHECKPOINT untested pass at redoing base text merge

Merge branch 'moose' of github.com:tla/stemmatology into moose

Merge branch 'moose' of github.com:tla/stemmatology into moose

Conflicts:
script/svg_from_csv.pl

add expand/collapse path edge functionality

set up some real test data for csv collation

move scripts where they belong

got the graph calculated correctly from the spreadsheet

CHECKPOINT working on base text collation, need to fix path loops

UNTESTED saving work on base text parsing with new library

remove old files, no longer used

tests passing with new library, yay

BROKEN - making lemmatization work

some more rehoming of functionality

make the first couple of tests pass

use Moose for empty subclasses too

make some progress, also make perl -cw work

Start fleshing out some of these classes

First crack at a constructor

Start to switch to Moose

use transposition info from CollateX

initial steps toward position logic

made CSV parser standalone, lots of changes to Base, etc.

fixed node matching against many variants

Add some documentation

...and fix the namespace in the tests

Change namespace

Make transposition data go into pool arrays

Move some active node logic into the positions library

new library working with old graph functionality tests

Initial library