refactored Analysis module with associated changes

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

add relationship deletion functionality

get rid of debugging print

keep from caching subgraph svg

add SVG caching

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

add application launcher buttons for stexaminer and relationship mapper

some style modifications

get rid of undefined-value comparison warning

Small fix (null check on stemmagraph load).

fix JS paths

pull changes from lemmatizer

keep from stripping meta readings, oops

add facilities for removing 'collated' relationship, and for annotation

zap undefined value warning

remove distance tree stuff from Stemma object

post-processing script to get rid of punctuation

playing around with styles

bugfix from dispatcher

pull in recent changes from lemmatizer repository

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

path and API bugfixes

use new stemma interface

increase graph fontsize for better legibility

replace ugly layout hack with less hacky solution

huge pile of pod updates

initialize stemma array in tradition

change shape of hack node; we no longer have to remove it

fixes for stemma retrieval and for relative paths in JS

use paths relative to our base

only run the hack for larger graphs

allow specification of options for dot/svg;
calculate ranks if necessary when calculating common readings

calculate common readings when we parse

allow db user/pass specification

allow multiple stemmas on a tradition

show loading graphic while we wait; style text list

add horrible hack to fix graph layout direction

first pass integration of relationship mapper

fix detection of potential witness loops

detect and mark common readings

make display graph edges reflect popularity of path

fix return value mod in distance_trees

use hypothetical witness labels, borderless ellipses in stemma svg

no escape_char either when using tab separation

use changed API for stemmadot specification

allow stemma dot to be file or string

make error page render for microservice controller

use simpler Directory interface

add proper exceptions to StemmaUtil

no quoting needed for tabsep files

add exceptions to the rest of the Tradition library

restore total count; get rid of benchmarking

simplify Directory and add exceptions;
change reading_sequence interface;
populate ->text and ->layertext in witnesses for all 'real' parsers

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

start using witness->text and ->layertext for consistency checking

Added todos.

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

Scaling.

never mind the test db; allow non-Self files to be saved to db

test db file

start a real index page for traditions

refactor get/set of relationship object on graph edge

add displaylabel attribute that we might even use someday

remove punctuation handling logic; we will do this with relationships instead

rename TreeOfTexts to less annoying stemmaweb

refactor the hardcoded attribute stuff in as_dot

fix various bugs in subgraph rendering

finish reorganizing stemmaweb controllers

add JSON alignment table parsing

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

start reorganization of stemmaweb structure

add clear_witness functionality, use it, and update Collation pod

oops,  is not an object

fix pod bug

fix niggly bug in TEI parsing; test GraphML in/out

parse our new GraphML format

set up graphml output for relationships

break out punctuation from the rest of the reading text

keep from deleting lacuna nodes prematurely

make lacuna nodes lacunae from the beginning

remember to rank lacunae too

don't add an extra node if endrank == end->rank

add method to generate a part of the graph specified by rank range

Microservice call to parse a collation and return SVG

return reading IDs, not reading objects, in vectors

recalculate ranks with each new relationship, for now

make relationships into proper objects; track global ones

Merge branch 'master' into relationships

handle limited parsing of 3.0 self output

Merge branch 'master' into relationships

add run_pars functionality to the webservice, based on figtree

move more procedural stuff out of Stemma.pm into StemmaUtil

split stemma lib into util and object; make phylip_input microservice

make svg background transparent; fix test for TEI bugfix

Merge branch 'master' into relationships

fix a.c. paths for parallel segmentation input

fix some bugs for alignment table with object refs

make Analysis work with the new alignment table

make GraphViz account for reading ranks