ease validation rules during collation init; fix bug in reading relationship merge
[scpubgit/stemmatology.git] / lib / Text / Tradition.pm
index 14b2253..9a0f8b5 100644 (file)
@@ -1,12 +1,14 @@
 package Text::Tradition;
 
+use JSON qw / from_json /;
 use Module::Load;
 use Moose;
 use Text::Tradition::Collation;
+use Text::Tradition::Stemma;
 use Text::Tradition::Witness;
 
 use vars qw( $VERSION );
-$VERSION = "0.1";
+$VERSION = "0.5";
 
 has 'collation' => (
     is => 'ro',
@@ -32,13 +34,43 @@ has 'name' => (
     isa => 'Str',
     default => 'Tradition',
     );
+    
+has 'language' => (
+       is => 'rw',
+       isa => 'Str',
+       predicate => 'has_language',
+       );
+    
+has 'stemmata' => (
+       traits => ['Array'],
+       isa => 'ArrayRef[Text::Tradition::Stemma]',
+       handles => {
+               stemmata => 'elements',
+               _add_stemma => 'push',
+               stemma => 'get',
+               stemma_count => 'count',
+               clear_stemmata => 'clear',
+       },
+       default => sub { [] },
+       );
   
+has 'initialized' => (
+       is => 'ro',
+       isa => 'Bool',
+       default => undef,
+       writer => '_init_done',
+       ); 
+
 # Create the witness before trying to add it
 around 'add_witness' => sub {
     my $orig = shift;
     my $self = shift;
     # TODO allow add of a Witness object?
-    my $new_wit = Text::Tradition::Witness->new( @_ );
+    my %args = @_ == 1 ? %{$_[0]} : @_;
+    $args{'tradition'} = $self;
+    $args{'language'} = $self->language 
+       if( $self->language && !exists $args{'language'} );
+    my $new_wit = Text::Tradition::Witness->new( %args );
     $self->$orig( $new_wit->sigil => $new_wit );
     return $new_wit;
 };
@@ -76,7 +108,14 @@ Text::Tradition - a software model for a set of collated texts
 
   my @text_wits = $t->witnesses();
   my $manuscript_a = $t->witness( 'A' );
-  my $new_ms = $t->add_witness( 'sigil' => 'B' );
+
+  $t = Text::Tradition->new();
+  $t->add_witness( 'sourcetype' => 'xmldesc', 
+    'file' => '/path/to/teitranscription.xml' );
+  $t->add_witness( 'sourcetype => 'plaintext', 'sigil' => 'Q',
+    'string' => 'The quick brown fox jumped over the lazy dogs' );
+  ## TODO
+  $t->collate_texts;
   
   my $text_path_svg = $t->collation->as_svg();
   ## See Text::Tradition::Collation for more on text collation itself
@@ -120,6 +159,8 @@ following:
 
 =item * CTE - a TEI XML format produced by Classical Text Editor
 
+=item * JSON - an alignment table in JSON format, as produced by CollateX and other tools
+
 =item * KUL - a specific CSV format for variants, not documented here
 
 =item * TEI - a TEI parallel segmentation format file
@@ -157,11 +198,21 @@ Witness objects.
 Return the Text::Tradition::Witness objects associated with this tradition,
 as an array.
 
+=head2 B<witness>( $sigil )
+
+Returns the Text::Tradition::Witness object whose sigil is $sigil, or undef
+if there is no such object within the tradition.
+
 =head2 B<add_witness>( %opts )
 
 Instantiate a new witness with the given options (see documentation for
 Text::Tradition::Witness) and add it to the tradition.
 
+=head2 B<del_witness>( $sigil )
+
+Delete the witness with the given sigil from the tradition.  Returns the
+witness object for the deleted witness.
+
 =begin testing
 
 use_ok( 'Text::Tradition', "can use module" );
@@ -181,13 +232,21 @@ is( ref( $s ), 'Text::Tradition', "initialized a Tradition object" );
 is( $s->name, 'inline', "object has the right name" );
 is( scalar $s->witnesses, 3, "object has three witnesses" );
 
-my $w = $s->add_witness( 'sigil' => 'D' );
-is( ref( $w ), 'Text::Tradition::Witness', "new witness created" );
-is( $w->sigil, 'D', "witness has correct sigil" );
+my $wit_a = $s->witness('A');
+is( ref( $wit_a ), 'Text::Tradition::Witness', "Found a witness A" );
+if( $wit_a ) {
+    is( $wit_a->sigil, 'A', "Witness A has the right sigil" );
+}
+is( $s->witness('X'), undef, "There is no witness X" );
+ok( !exists $s->{'witnesses'}->{'X'}, "Witness key X not created" );
+
+my $wit_d = $s->add_witness( 'sigil' => 'D', 'sourcetype' => 'collation' );
+is( ref( $wit_d ), 'Text::Tradition::Witness', "new witness created" );
+is( $wit_d->sigil, 'D', "witness has correct sigil" );
 is( scalar $s->witnesses, 4, "object now has four witnesses" );
 
 my $del = $s->del_witness( 'D' );
-is( $del, $w, "Deleted correct witness" );
+is( $del, $wit_d, "Deleted correct witness" );
 is( scalar $s->witnesses, 3, "object has three witnesses again" );
 
 # TODO test initialization by witness list when we have it
@@ -199,36 +258,16 @@ is( scalar $s->witnesses, 3, "object has three witnesses again" );
 
 sub BUILD {
     my( $self, $init_args ) = @_;
+    
+    # First, make a collation object. This will use only those arguments in
+    # init_args that apply to the collation.
+       my $collation = Text::Tradition::Collation->new( %$init_args,
+                                                                                                       'tradition' => $self );
+       $self->_save_collation( $collation );
 
-    if( exists $init_args->{'witnesses'} ) {
-        # We got passed an uncollated list of witnesses.  Make a
-        # witness object for each witness, and then send them to the
-        # collator.
-        my $autosigil = 0;
-        foreach my $wit ( %{$init_args->{'witnesses'}} ) {
-            # Each item in the list is either a string or an arrayref.
-            # If it's a string, it is a filename; if it's an arrayref,
-            # it is a tuple of 'sigil, file'.  Handle either case.
-            my $args;
-            if( ref( $wit ) eq 'ARRAY' ) {
-                $args = { 'sigil' => $wit->[0],
-                          'file' => $wit->[1] };
-            } else {
-                $args = { 'sigil' => chr( $autosigil+65 ),
-                          'file' => $wit };
-                $autosigil++;
-            }
-            $self->witnesses->add_witness( $args );
-            # TODO Now how to collate these?
-        }
-    } else {
-        # Else we need to parse some collation data.  Make a Collation object
-        my $collation = Text::Tradition::Collation->new( %$init_args,
-                                                        'tradition' => $self );
-        $self->_save_collation( $collation );
-
+    if( exists $init_args->{'input'} ) {
         # Call the appropriate parser on the given data
-        my @format_standalone = qw/ Self CollateX CTE TEI Tabular /;
+        my @format_standalone = qw/ Self CollateText CollateX CTE JSON TEI Tabular /;
         my @format_basetext = qw/ KUL /;
         my $use_base;
         my $format = $init_args->{'input'};
@@ -256,34 +295,86 @@ sub BUILD {
             $mod->can('parse')->( $self, $init_args );
         }
     }
+    $self->_init_done( 1 );
+    return $self;
 }
 
-=head2 B<witness>( $sigil )
+=head2 add_json_witnesses( $jsonstring, $options )
 
-Returns the Text::Tradition::Witness object whose sigil is $sigil, or undef
-if there is no such object within the tradition.
+Adds a set of witnesses from a JSON array specification. This is a wrapper
+to parse the JSON and call add_witness (with the specified $options) for
+each element therein.
+
+=cut
+
+sub add_json_witnesses {
+       my( $self, $jsonstr, $extraopts ) = @_;
+       my $witarray = from_json( $jsonstr );
+       foreach my $witspec ( @{$witarray->{witnesses}} ) {
+               my $opts = $extraopts || {};
+               $opts->{'sourcetype'} = 'json';
+               $opts->{'object'} = $witspec;
+               $self->add_witness( $opts );
+       }
+}
+
+=head2 add_stemma( $dotfile )
+
+Initializes a Text::Tradition::Stemma object from the given dotfile,
+and associates it with the tradition.
 
 =begin testing
 
 use Text::Tradition;
 
-my $simple = 't/data/simple.txt';
-my $s = Text::Tradition->new( 
-    'name'  => 'inline', 
+my $t = Text::Tradition->new( 
+    'name'  => 'simple test', 
     'input' => 'Tabular',
-    'file'  => $simple,
+    'file'  => 't/data/simple.txt',
     );
-my $wit_a = $s->witness('A');
-is( ref( $wit_a ), 'Text::Tradition::Witness', "Found a witness A" );
-if( $wit_a ) {
-    is( $wit_a->sigil, 'A', "Witness A has the right sigil" );
-}
-is( $s->witness('X'), undef, "There is no witness X" );
+
+is( $t->stemma_count, 0, "No stemmas added yet" );
+my $s;
+ok( $s = $t->add_stemma( dotfile => 't/data/simple.dot' ), "Added a simple stemma" );
+is( ref( $s ), 'Text::Tradition::Stemma', "Got a stemma object returned" );
+is( $t->stemma_count, 1, "Tradition claims to have a stemma" );
+is( $t->stemma(0), $s, "Tradition hands back the right stemma" );
 
 =end testing
 
 =cut
 
+sub add_stemma {
+       my $self = shift;
+       my %opts = @_;
+       my $stemma_fh;
+       if( $opts{'dotfile'} ) {
+               open $stemma_fh, '<', $opts{'dotfile'}
+                       or warn "Could not open file " . $opts{'dotfile'};
+       } elsif( $opts{'dot'} ) {
+               my $str = $opts{'dot'};
+               open $stemma_fh, '<', \$str;
+       }
+       # Assume utf-8
+       binmode $stemma_fh, ':utf8';
+       my $stemma = Text::Tradition::Stemma->new( 
+               'collation' => $self->collation,
+               'dot' => $stemma_fh );
+       $self->_add_stemma( $stemma ) if $stemma;
+       return $stemma;
+}
+
+sub lemmatize {
+       my $self = shift;
+       unless( $self->has_language ) {
+               warn "Please set a language to lemmatize a tradition";
+               return;
+       }
+       my $mod = "Text::Tradition::Language::" . $self->language;
+       load( $mod );
+       $mod->can( 'lemmatize' )->( $self );
+}
+
 no Moose;
 __PACKAGE__->meta->make_immutable;