simplify Directory and add exceptions;
[scpubgit/stemmatology.git] / lib / Text / Tradition / Parser / Self.pm
1 package Text::Tradition::Parser::Self;
2
3 use strict;
4 use warnings;
5 use Text::Tradition::Parser::GraphML qw/ graphml_parse /;
6
7 =head1 NAME
8
9 Text::Tradition::Parser::GraphML
10
11 =head1 SYNOPSIS
12
13   use Text::Tradition;
14   
15   my $t_from_file = Text::Tradition->new( 
16     'name' => 'my text',
17     'input' => 'Self',
18     'file' => '/path/to/tradition.xml'
19     );
20     
21   my $t_from_string = Text::Tradition->new( 
22     'name' => 'my text',
23     'input' => 'Self',
24     'string' => $tradition_xml,
25     );
26
27 =head1 DESCRIPTION
28
29 Parser module for Text::Tradition to read in its own GraphML output format.
30 GraphML is a relatively simple graph description language; a 'graph' element
31 can have 'node' and 'edge' elements, and each of these can have simple 'data'
32 elements for attributes to be saved.
33
34 The graph itself has attributes as in the Collation object:
35
36 =over
37
38 =item * linear 
39
40 =item * ac_label
41
42 =item * baselabel
43
44 =item * wit_list_separator
45
46 =back
47
48 The node objects have the following attributes:
49
50 =over
51
52 =item * name
53
54 =item * reading
55
56 =item * identical
57
58 =item * rank
59
60 =item * class
61
62 =back
63
64 The edge objects have the following attributes:
65
66 =over
67
68 =item * class
69
70 =item * witness (for 'path' class edges)
71
72 =item * extra   (for 'path' class edges)
73
74 =item * relationship    (for 'relationship' class edges)
75
76 =item * equal_rank      (for 'relationship' class edges)
77
78 =item * non_correctable (for 'relationship' class edges)
79
80 =item * non_independent (for 'relationship' class edges)
81
82 =back
83
84 =head1 METHODS
85
86 =head2 B<parse>
87
88 parse( $graph, $opts );
89
90 Takes an initialized Text::Tradition object and a set of options; creates
91 the appropriate nodes and edges on the graph.  The options hash should
92 include either a 'file' argument or a 'string' argument, depending on the
93 source of the XML to be parsed.
94
95 =begin testing
96
97 use Text::Tradition;
98 binmode STDOUT, ":utf8";
99 binmode STDERR, ":utf8";
100 eval { no warnings; binmode $DB::OUT, ":utf8"; };
101
102 my $tradition = 't/data/florilegium_graphml.xml';
103 my $t = Text::Tradition->new( 
104     'name'  => 'inline', 
105     'input' => 'Self',
106     'file'  => $tradition,
107     );
108
109 is( ref( $t ), 'Text::Tradition', "Parsed our own GraphML" );
110 if( $t ) {
111     is( scalar $t->collation->readings, 319, "Collation has all readings" );
112     is( scalar $t->collation->paths, 376, "Collation has all paths" );
113     is( scalar $t->witnesses, 13, "Collation has all witnesses" );
114 }
115
116 =end testing
117
118 =cut
119
120 my( $IDKEY, $TOKENKEY, $TRANSPOS_KEY, $RANK_KEY,
121         $START_KEY, $END_KEY, $LACUNA_KEY,
122         $SOURCE_KEY, $TARGET_KEY, $WITNESS_KEY, $EXTRA_KEY, $RELATIONSHIP_KEY,
123         $SCOPE_KEY, $CORRECT_KEY, $INDEP_KEY )
124     = qw/ id text identical rank 
125           is_start is_end is_lacuna 
126           source target witness extra relationship
127           scope non_correctable non_independent /;
128
129 sub parse {
130     my( $tradition, $opts ) = @_;
131     
132     # Collation data is in the first graph; relationship-specific stuff 
133     # is in the second.
134     my( $graph_data, $rel_data ) = graphml_parse( $opts );
135     
136     my $collation = $tradition->collation;
137     my %witnesses;
138     
139     # print STDERR "Setting graph globals\n";
140     $tradition->name( $graph_data->{'name'} );
141     my $use_version;
142     foreach my $gkey ( keys %{$graph_data->{'global'}} ) {
143                 my $val = $graph_data->{'global'}->{$gkey};
144                 if( $gkey eq 'version' ) {
145                         $use_version = $val;
146                 } else {
147                         $collation->$gkey( $val );
148                 }
149         }
150                 
151     # Add the nodes to the graph. 
152
153     # print STDERR "Adding graph nodes\n";
154     foreach my $n ( @{$graph_data->{'nodes'}} ) {       
155         # If it is the start or end node, we already have one, so
156         # grab the rank and go.
157         next if( defined $n->{$START_KEY} );
158         if( defined $n->{$END_KEY} ) {
159                 $collation->end->rank( $n->{$RANK_KEY} );
160                 next;
161         }
162         
163         # First extract the data that we can use without reference to
164         # anything else.
165         
166         # Create the node.  
167         my $reading_options = { 
168                 'id' => $n->{$IDKEY},
169                 'is_lacuna' => $n->{$LACUNA_KEY},
170                 };
171         my $rank = $n->{$RANK_KEY};
172                 $reading_options->{'rank'} = $rank if $rank;
173                 my $text = $n->{$TOKENKEY};
174                 $reading_options->{'text'} = $text if $text;
175
176                 my $gnode = $collation->add_reading( $reading_options );
177     }
178         
179     # Now add the edges.
180     # print STDERR "Adding graph edges\n";
181     foreach my $e ( @{$graph_data->{'edges'}} ) {
182         my $from = $e->{$SOURCE_KEY};
183         my $to = $e->{$TARGET_KEY};
184
185                 # We need the witness, and whether it is an 'extra' reading path.
186                 my $wit = $e->{$WITNESS_KEY};
187                 warn "No witness label on path edge!" unless $wit;
188                 my $extra = $e->{$EXTRA_KEY};
189                 my $label = $wit . ( $extra ? $collation->ac_label : '' );
190                 $collation->add_path( $from->{$IDKEY}, $to->{$IDKEY}, $label );
191                 # Add the witness if we don't have it already.
192                 unless( $witnesses{$wit} ) {
193                         $tradition->add_witness( sigil => $wit );
194                         $witnesses{$wit} = 1;
195                 }
196                 $tradition->witness( $wit )->is_layered( 1 ) if $extra;
197     }
198     
199     ## Done with the main graph, now look at the relationships.
200         # Nodes are added via the call to add_reading above.  We only need
201         # add the relationships themselves.
202         # TODO check that scoping does trt
203         foreach my $e ( @{$rel_data->{'edges'}} ) {
204                 my $from = $e->{$SOURCE_KEY};
205                 my $to = $e->{$TARGET_KEY};
206                 my $relationship_opts = {
207                         'type' => $e->{$RELATIONSHIP_KEY},
208                         'scope' => $e->{$SCOPE_KEY},
209                         };
210                 $relationship_opts->{'non_correctable'} = $e->{$CORRECT_KEY}
211                         if exists $e->{$CORRECT_KEY};
212                 $relationship_opts->{'non_independent'} = $e->{$INDEP_KEY}
213                         if exists $e->{$INDEP_KEY};
214                 $collation->add_relationship( $from->{$IDKEY}, $to->{$IDKEY}, 
215                         $relationship_opts );
216         }
217         
218     # Save the text for each witness so that we can ensure consistency
219     # later on
220         $tradition->collation->text_from_paths();       
221
222 }
223
224 1;
225
226 =head1 BUGS / TODO
227
228 =over
229
230 =item * Make this into a stream parser with GraphML
231
232 =item * Simply field -> attribute correspondence for nodes and edges
233
234 =item * Share key name constants with Collation.pm
235
236 =back
237
238 =head1 LICENSE
239
240 This package is free software and is provided "as is" without express
241 or implied warranty.  You can redistribute it and/or modify it under
242 the same terms as Perl itself.
243
244 =head1 AUTHOR
245
246 Tara L Andrews E<lt>aurum@cpan.orgE<gt>