simplify Directory and add exceptions;
[scpubgit/stemmatology.git] / lib / Text / Tradition / Parser / CTE.pm
1 package Text::Tradition::Parser::CTE;
2
3 use strict;
4 use warnings;
5 use Text::Tradition::Parser::Util qw/ collate_variants /;
6 use XML::LibXML;
7 use XML::LibXML::XPathContext;
8
9 =head1 NAME
10
11 Text::Tradition::Parser::CTE
12
13 =head1 DESCRIPTION
14
15 Parser module for Text::Tradition, given a TEI file exported from
16 Classical Text Editor.
17
18 =head1 METHODS
19
20 =over
21
22 =item B<parse>
23
24 my @apparatus = read( $xml_file );
25
26 Takes a Tradition object and a TEI file exported from Classical Text
27 Editor using double-endpoint-attachment critical apparatus encoding; 
28 initializes the Tradition from the file.
29
30 =cut
31
32 my %sigil_for;  # Save the XML IDs for witnesses.
33 my %apps;       # Save the apparatus XML for a given ID.    
34 my %has_ac;     # Keep track of witnesses that have corrections.
35
36 sub parse {
37         my( $tradition, $opts ) = @_;
38         my $c = $tradition->collation;  # Some shorthand
39         
40         # First, parse the XML.
41         my $parser = XML::LibXML->new();
42     my $doc;
43     if( exists $opts->{'string'} ) {
44         $doc = $parser->parse_string( $opts->{'string'} );
45     } elsif ( exists $opts->{'file'} ) {
46         $doc = $parser->parse_file( $opts->{'file'} );
47     } else {
48         warn "Could not find string or file option to parse";
49         return;
50     }
51         my $tei = $doc->documentElement();
52         my $xpc = XML::LibXML::XPathContext->new( $tei );
53
54         # CTE uses a DTD rather than any xmlns-based parsing.  Thus we
55         # need no namespace handling.
56
57         # Get the witnesses and create the witness objects.
58         foreach my $wit_el ( $xpc->findnodes( '//sourceDesc/listWit/witness' ) ) {
59                 # The witness xml:id is used internally, and is *not* the sigil name.
60                 my $id= $wit_el->getAttribute( 'xml:id' );
61                 my @sig_parts = $xpc->findnodes( './abbr/descendant::text()', $wit_el );
62                 my $sig = _stringify_sigil( @sig_parts );
63                 $tradition->add_witness( sigil => $sig, source => $wit_el->toString() );
64                 $sigil_for{'#'.$id} = $sig;  # Make life easy by keying on the ID ref syntax
65         }
66
67         # Now go through the text and find the base tokens, apparatus tags, and
68         # anchors.  Make a giant array of all of these things in sequence.
69         # TODO consider combining this with creation of graph below
70         my @base_text;
71         foreach my $pg_el ( $xpc->findnodes( '/TEI/text/body/p' ) ) {
72                 foreach my $xn ( $pg_el->childNodes ) {
73                         push( @base_text, _get_base( $xn ) );
74                 }
75         }
76         
77         # We now have to work through this array applying the alternate 
78         # apparatus readings to the base text.  Essentially we will put 
79         # everything on the graph, from which we will delete the apps and
80         # anchors when we are done.
81         
82         # First, put the base tokens, apps, and anchors in the graph.
83         my $counter = 0;
84         my $last = $c->start;
85         foreach my $item ( @base_text ) {
86             my $r;
87         if( $item->{'type'} eq 'token' ) {
88             $r = $c->add_reading( { id => 'n'.$counter++, 
89                                                         text => $item->{'content'} } );
90         } elsif ( $item->{'type'} eq 'anchor' ) {
91             $r = $c->add_reading( { id => '#ANCHOR_' . $item->{'content'} . '#', 
92                                                         is_ph => 1 } );
93         } elsif ( $item->{'type'} eq 'app' ) {
94             my $tag = '#APP_' . $counter++ . '#';
95             $r = $c->add_reading( { id => $tag, is_ph => 1 } );
96             $apps{$tag} = $item->{'content'};
97         }
98         $c->add_path( $last, $r, $c->baselabel );
99         $last = $r;
100     }
101     $c->add_path( $last, $c->end, $c->baselabel );
102     
103     # Now we can parse the apparatus entries, and add the variant readings 
104     # to the graph.
105     
106     foreach my $app_id ( keys %apps ) {
107         _add_readings( $c, $app_id );
108     }
109     
110     # Finally, add explicit witness paths, remove the base paths, and remove
111     # the app/anchor tags.
112     expand_all_paths( $c );
113
114     # Save the text for each witness so that we can ensure consistency
115     # later on
116         $tradition->collation->text_from_paths();       
117 }
118
119 sub _stringify_sigil {
120     my( @nodes ) = @_;
121     my @parts = grep { /\w/ } map { $_->data } @nodes;
122     return join( '', @parts );
123 }
124
125 ## Recursive little helper function to help us navigate through nested
126 ## XML, picking out the words, the apparatus, and the anchors.
127
128 sub _get_base {
129         my( $xn ) = @_;
130         my @readings;
131         if( $xn->nodeType == XML_TEXT_NODE ) {
132             # Base text, just split the words on whitespace and add them 
133             # to our sequence.
134             # TODO consider that XML markup might appear mid-token.
135                 my $str = $xn->data;
136                 $str =~ s/^\s+//;
137                 foreach my $w ( split( /\s+/, $str ) ) {
138                         push( @readings, { 'type' => 'token', 'content' => $w } );
139                 }
140         } elsif( $xn->nodeName eq 'hi' ) {
141                 # Recurse as if the hi weren't there.
142                 foreach( $xn->childNodes ) {
143                         push( @readings, _get_base( $_ ) );
144                 }
145         } elsif( $xn->nodeName eq 'app' ) {
146                 # Apparatus, just save the entire XML node.
147                 push( @readings, { 'type' => 'app', 'content' => $xn } );
148         } elsif( $xn->nodeName eq 'anchor' ) {
149                 # Anchor to mark the end of some apparatus; save its ID.
150                 push( @readings, { 'type' => 'anchor', 
151                     'content' => $xn->getAttribute( 'xml:id' ) } );
152         } elsif ( $xn->nodeName ne 'note' ) {  # Any tag we don't know to disregard
153             print STDERR "Unrecognized tag " . $xn->nodeName . "\n";
154         }
155         return @readings;
156 }
157
158 sub _add_readings {
159     my( $c, $app_id ) = @_;
160     my $xn = $apps{$app_id};
161     my $anchor = _anchor_name( $xn->getAttribute( 'to' ) );
162     # Get the lemma, which is all the readings between app and anchor,
163     # excluding other apps or anchors.
164     my @lemma = _return_lemma( $c, $app_id, $anchor );
165     my $lemma_str = join( ' ', grep { $_ !~ /^\#/ } map { $_->text } @lemma );
166     
167     # For each reading, send its text to 'interpret' along with the lemma,
168     # and then save the list of witnesses that these tokens belong to.
169     my %wit_rdgs;  # Maps from witnesses to the variant text
170     my $ctr = 0;
171     my $tag = $app_id;
172     $tag =~ s/^\#APP_(.*)\#$/$1/;
173     foreach my $rdg ( $xn->getChildrenByTagName( 'rdg' ) ) {
174         my @text;
175         foreach ( $rdg->childNodes ) {
176             push( @text, _get_base( $_ ) );
177         }
178         my( $interpreted, $flag ) = ( '', undef );
179         if( @text ) {
180                 ( $interpreted, $flag ) = interpret( 
181                         join( ' ', map { $_->{'content'} } @text ), $lemma_str );
182         }
183         next if( $interpreted eq $lemma_str ) && !$flag;  # Reading is lemma.
184         
185         my @rdg_nodes;
186         if( $interpreted eq '#LACUNA#' ) {
187                 push( @rdg_nodes, $c->add_reading( { id => $tag . "/" . $ctr++,
188                                                                                          is_lacuna => 1 } ) );
189         } else {
190                         foreach my $w ( split( /\s+/, $interpreted ) ) {
191                                 my $r = $c->add_reading( { id => $tag . "/" . $ctr++,
192                                                                                    text => $w } );
193                                 push( @rdg_nodes, $r );
194                         }
195         }
196         # For each listed wit, save the reading.
197         foreach my $wit ( split( /\s+/, $rdg->getAttribute( 'wit' ) ) ) {
198                         $wit .= $flag if $flag;
199             $wit_rdgs{$wit} = \@rdg_nodes;
200         }
201                         
202         # Does the reading have an ID? If so it probably has a witDetail
203         # attached, and we need to read it.
204         if( $rdg->hasAttribute( 'xml:id' ) ) {
205                 warn "Witdetail on meta reading" if $flag; # this could get complicated.
206             my $rid = $rdg->getAttribute( 'xml:id' );
207             my $xpc = XML::LibXML::XPathContext->new( $xn );
208             my @details = $xpc->findnodes( './witDetail[@target="'.$rid.'"]' );
209             foreach my $d ( @details ) {
210                 _parse_wit_detail( $d, \%wit_rdgs, \@lemma );
211             }
212         }
213     }       
214         
215     # Now collate the variant readings, since it is not done for us.
216     collate_variants( $c, \@lemma, values %wit_rdgs );
217         
218     # Now add the witness paths for each reading.
219     foreach my $wit_id ( keys %wit_rdgs ) {
220         my $witstr = get_sigil( $wit_id, $c );
221         my $rdg_list = $wit_rdgs{$wit_id};
222         _add_wit_path( $c, $rdg_list, $app_id, $anchor, $witstr );
223     }
224 }
225
226 sub _anchor_name {
227     my $xmlid = shift;
228     $xmlid =~ s/^\#//;
229     return sprintf( "#ANCHOR_%s#", $xmlid );
230 }
231
232 sub _return_lemma {
233     my( $c, $app, $anchor ) = @_;
234     my @nodes = grep { $_->id !~ /^\#A(PP|NCHOR)/ } 
235         $c->reading_sequence( $c->reading( $app ), $c->reading( $anchor ),
236                 $c->baselabel );
237     return @nodes;
238 }
239
240 sub interpret {
241         # A utility function to change apparatus-ese into a full variant.
242         my( $reading, $lemma ) = @_;
243         return $reading if $reading eq $lemma;
244         my $oldreading = $reading;
245         # $lemma =~ s/\s+[[:punct:]]+$//;
246         # $reading =~ s/\s*\(?sic([\s\w.]+)?\)?$//;
247         my $flag;  # In case of p.c. indications
248         my @words = split( /\s+/, $lemma );
249         if( $reading =~ /^(.*) praem.$/ ) {
250                 $reading = "$1 $lemma";
251         } elsif( $reading =~ /^(.*) add.$/ ) {
252                 $reading = "$lemma $1";
253         } elsif( $reading =~ /add. alia manu/
254                 || $reading =~ /inscriptionem compegi e/ # TODO huh?
255                 || $reading eq 'inc.'  # TODO huh?
256                 ) {
257                 # Ignore it.
258                 $reading = $lemma;
259         } elsif( $reading =~ /locus [uv]acuus/
260             || $reading eq 'def.'
261             ) {
262                 $reading = '#LACUNA#';
263         } elsif( $reading eq 'om.' ) {
264                 $reading = '';
265         } elsif( $reading =~ /^in[uv]\.$/ ) {
266                 # Hope it is two words.
267                 print STDERR "WARNING: want to invert a lemma that is not two words\n" 
268                         unless scalar( @words ) == 2;
269                 $reading = join( ' ', reverse( @words ) );
270         } elsif( $reading =~ /^iter(\.|at)$/ ) {
271                 # Repeat the lemma
272                 $reading = "$lemma $lemma";
273         } elsif( $reading eq 'in marg.' ) {
274                 # There was nothing before a correction.
275                 $reading = '';
276                 $flag = '_ac';
277         } elsif( $reading =~ /^(.*) \.\.\. (.*)$/ ) {
278                 # The first and last N words captured should replace the first and
279                 # last N words of the lemma.
280                 my @begin = split( /\s+/, $1 );
281                 my @end = split( /\s+/, $2 );
282                 if( scalar( @begin ) + scalar ( @end ) > scalar( @words ) ) {
283                         # Something is wrong and we can't do the splice.
284                         print STDERR "ERROR: $lemma is too short to accommodate $oldreading\n";
285                 } else {
286                         splice( @words, 0, scalar @begin, @begin );
287                         splice( @words, -(scalar @end), scalar @end, @end );
288                         $reading = join( ' ', @words );
289                 }
290         }
291         if( $oldreading ne $reading || $flag || $oldreading =~ /\./ ) {
292                 my $int = $reading;
293                 $int .= " ($flag)" if $flag;
294                 print STDERR "Interpreted $oldreading as $int given $lemma\n";
295         }
296         return( $reading, $flag );
297 }
298
299 sub _parse_wit_detail {
300     my( $detail, $readings, $lemma ) = @_;
301     my $wit = $detail->getAttribute( 'wit' );
302     my $content = $detail->textContent;
303     if( $content =~ /a\.\s*c\./ ) {
304         # Replace the key in the $readings hash
305         my $rdg = delete $readings->{$wit};
306         $readings->{$wit.'_ac'} = $rdg;
307         $has_ac{$sigil_for{$wit}} = 1;
308     } elsif( $content =~ /p\.\s*c\./ ) {
309         # If no key for the wit a.c. exists, add one pointing to the lemma
310         unless( exists $readings->{$wit.'_ac'} ) {
311             $readings->{$wit.'_ac'} = $lemma;
312         }
313         $has_ac{$sigil_for{$wit}} = 1;
314     } # else don't bother just yet
315 }
316
317 sub get_sigil {
318     my( $xml_id, $c ) = @_;
319     if( $xml_id =~ /^(.*)_ac$/ ) {
320         my $real_id = $1;
321         return $sigil_for{$real_id} . $c->ac_label;
322     } else {
323         return $sigil_for{$xml_id};
324     }
325 }
326
327 sub expand_all_paths { 
328     my( $c ) = @_;
329     
330     # Walk the collation and fish out the paths for each witness
331     foreach my $wit ( $c->tradition->witnesses ) {
332         my $sig = $wit->sigil;
333         my @path = grep { !$_->is_ph } 
334             $c->reading_sequence( $c->start, $c->end, $sig );
335         $wit->path( \@path );
336         if( $has_ac{$sig} ) {
337             my @ac_path = grep { !$_->is_ph } 
338                 $c->reading_sequence( $c->start, $c->end, $sig.$c->ac_label );
339             $wit->uncorrected_path( \@ac_path );
340         }
341     }   
342     
343     # Delete the anchors
344     foreach my $anchor ( grep { $_->is_ph } $c->readings ) {
345         $c->del_reading( $anchor );
346     }
347     # Delete the base edges
348     map { $c->del_path( $_, $c->baselabel ) } $c->paths;
349     
350     # Make the path edges
351     $c->make_witness_paths();
352 }
353
354 sub _add_wit_path {
355     my( $c, $rdg, $app, $anchor, $wit ) = @_;
356     my @nodes = @$rdg;
357     push( @nodes, $c->reading( $anchor ) );
358     
359     my $cur = $c->reading( $app );
360     foreach my $n ( @nodes ) {
361         $c->add_path( $cur, $n, $wit );
362         $cur = $n;
363     }
364 }
365
366 =back
367
368 =head1 LICENSE
369
370 This package is free software and is provided "as is" without express
371 or implied warranty.  You can redistribute it and/or modify it under
372 the same terms as Perl itself.
373
374 =head1 AUTHOR
375
376 Tara L Andrews, aurum@cpan.org
377
378 =cut
379
380 1;
381