lib/Text/Tradition/Analysis.pm

   1 package Text::Tradition::Analysis;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Text::Tradition;
   6 use Text::Tradition::Stemma;
   7
   8 sub new {
   9         my( $class, $args ) = @_;
  10         my $self = {};
  11         # Our object needs to have a stemma graph and a variant table.
  12         my( $svg, $variants ) = run_analysis( $args->{'file'}, $args->{'stemmadot'} );
  13         $self->{'svg'} = $svg;
  14         $self->{'variants'} = $variants;
  15
  16         bless( $self, $class );
  17         return $self;
  18 }
  19
  20 sub run_analysis {
  21         my( $file, $stemmadot ) = @_;
  22         # What we will return
  23         my $svg;
  24         my $variants = [];
  25
  26         # Read in the file and stemma
  27         my @lines;
  28         open( INFILE, "$file" ) or die "Could not read $file";
  29         binmode INFILE, ':utf8';
  30         @lines = <INFILE>;
  31         close INFILE;
  32
  33         my $tradition = Text::Tradition->new(
  34                 'Self' => join( '', @lines ),
  35                 'linear' => 1,
  36                 );
  37         my $stemma = Text::Tradition::Stemma->new(
  38                 'collation' => $tradition->collation,
  39                 'dot' => $stemmadot,
  40                 );
  41         # We will return the stemma picture
  42         $svg = $stemma->as_svg;
  43         ### DIRTY HACK
  44         $svg =~ s/transform=\"scale\(1 1\)/transform=\"scale\(0.7 0.7\)/;
  45
  46         # We have the collation, so get the alignment table with witnesses in rows.
  47         # Also return the reading objects in the table, rather than just the words.
  48
  49         my $all_wits_table = $tradition->collation->make_alignment_table( 'refs' );
  50
  51         # For each column in the alignment table, we want to see if the existing
  52         # groupings of witnesses match our stemma hypothesis. We also want, at the
  53         # end, to produce an HTML table with all the variants.
  54         my $html_columns = 0;
  55         my $html_data = [];
  56         my $total = 0; # Keep track of the total number of variant locations
  57
  58         # Strip the list of sigla and save it for correlation to the readings.
  59         my $col_wits = shift @$all_wits_table;
  60
  61         # We will return a data structure, an array for each row that looks like:
  62         # { id = X, genealogical = Y, readings = [ text = X, group = Y], empty = N }
  63         foreach my $i ( 0 .. $#$all_wits_table ) {
  64                 # For each column in the table, group the readings by witness.
  65                 my $rdg_wits = {};
  66                 my $col_rdgs = shift @$all_wits_table;
  67                 my $rank;
  68                 foreach my $j ( 0 .. $#{$col_rdgs} ) {
  69                         my $rdg = $col_rdgs->[$j];
  70                         my $rdg_text = '(omitted)';  # Initialize in case of empty reading
  71                         if( $rdg ) {
  72                                 $rdg_text = $rdg->is_lacuna ? undef : $rdg->text; # Don't count lacunae
  73                                 # Get the rank from any real reading; they should be identical.
  74                                 $rank = $rdg->rank unless $rank || $rdg->is_lacuna;
  75                         }
  76                         if( defined $rdg_text ) {
  77                                 # Initialize the witness array if we haven't got one yet
  78                                 $rdg_wits->{$rdg_text} = [] unless $rdg_wits->{$rdg_text};
  79                                 # Add the relevant witness, subject to a.c. logic
  80                                 add_variant_wit( $rdg_wits->{$rdg_text}, $col_wits->[$j],
  81                                         $tradition->collation->ac_label );
  82                         }
  83                 }
  84
  85                 # See if this column has any potentially genealogical variants.
  86                 # If not, skip to the next.
  87                 $total++ unless scalar keys %$rdg_wits == 1;
  88                 my( $groups, $readings ) = useful_variant( $rdg_wits );
  89                 next unless $groups && $readings;
  90
  91                 # Initialize the data structure for the row that we will return
  92                 my $variant_row = {'id' => $rank, 'readings' => [] };
  93                 # Keep track of our widest row
  94                 $html_columns = scalar @$groups if scalar @$groups > $html_columns;
  95
  96                 # We can already look up witnesses for a reading; we also want to look
  97                 # up readings for a given witness.
  98                 my $group_readings = {};
  99                 foreach my $x ( 0 .. $#$groups ) {
 100                         $group_readings->{wit_stringify( $groups->[$x] )} = $readings->[$x];
 101                 }
 102
 103                 # For all the groups with more than one member, collect the list of all
 104                 # contiguous vertices needed to connect them.
 105                 # TODO: deal with a.c. reading logic
 106                 my $sc = analyze_variant_location( $group_readings, $groups, $stemma->apsp );
 107                 $variant_row->{'genealogical'} = keys %$sc ? 1 : undef;
 108                 foreach my $grp ( sort keys %$group_readings ) {
 109                         my $rdg = $group_readings->{$grp};
 110                         push( @{$variant_row->{'readings'}}, { 'text' => $rdg, 'group' => $grp } );
 111                 }
 112
 113                 # Now run the same analysis given the calculated distance tree(s).
 114 #               foreach my $tree ( 0 .. $#{$stemma->distance_trees} ) {
 115 #                       my $dc = analyze_variant_location( $group_readings, $groups,
 116 #                                                                                          $stemma->distance_apsps->[$tree] );
 117 #                       foreach my $rdg ( keys %$dc ) {
 118 #                               my $var = $dc->{$rdg};
 119 #                       }
 120 #               }
 121
 122                 # Record that we used this variant in an analysis
 123                 push( @$variants, $variant_row );
 124         }
 125
 126         # Go through our variant rows and add the number of empty columns we need.
 127         foreach my $row ( @$variants ) {
 128                 my $empty = $html_columns - scalar @{$row->{'readings'}};
 129                 $row->{'empty'} = $empty;
 130         }
 131
 132         return( $svg, $variants );
 133 }
 134
 135 sub analyze_variant_location {
 136     my( $group_readings, $groups, $apsp ) = @_;
 137     my %contig;
 138     my $conflict = {};
 139     foreach my $g ( sort { scalar @$b <=> scalar @$a } @$groups ) {
 140         my @members = @$g;
 141         my $gst = wit_stringify( $g );
 142         map { $contig{$_} = $gst } @members; # The witnesses need themselves to be
 143                                              # in their collection.
 144         next unless @members > 1;
 145         my $curr = pop @members;
 146         foreach my $m ( @members ) {
 147             foreach my $v ( $apsp->path_vertices( $curr, $m ) ) {
 148                 $contig{$v} = $gst unless exists $contig{$v};
 149                 next if $contig{$v} eq $gst;
 150                 # print STDERR "Conflict at $v between group $gst and group "
 151                 #     . $contig{$v} . "\n";
 152                 # Record what is conflicting.
 153                 $conflict->{$group_readings->{$gst}} = $group_readings->{$contig{$v}};
 154             }
 155         }
 156     }
 157     return $conflict;
 158 }
 159
 160 # Add the variant, subject to a.c. representation logic.
 161 # This assumes that we will see the 'main' version before the a.c. version.
 162 sub add_variant_wit {
 163     my( $arr, $wit, $acstr ) = @_;
 164     my $skip;
 165     if( $wit =~ /^(.*)\Q$acstr\E$/ ) {
 166         my $real = $1;
 167         $skip = grep { $_ =~ /^\Q$real\E$/ } @$arr;
 168     }
 169     push( @$arr, $wit ) unless $skip;
 170 }
 171
 172 # Return an answer if the variant is useful, i.e. if there are at least 2 variants
 173 # with at least 2 witnesses each.
 174 sub useful_variant {
 175     my( $readings ) = @_;
 176     my $total = keys %$readings;
 177     foreach my $var ( keys %$readings ) {
 178         $total-- if @{$readings->{$var}} == 1;
 179     }
 180     return( undef, undef ) if $total <= 1;
 181     my( $groups, $text );
 182     foreach my $var ( keys %$readings ) {
 183         push( @$groups, $readings->{$var} );
 184         push( @$text, $var );
 185     }
 186     return( $groups, $text );
 187 }
 188
 189 # Take an array of witness groupings and produce a string like
 190 # ['A','B'] / ['C','D','E'] / ['F']
 191
 192 sub wit_stringify {
 193     my $groups = shift;
 194     my @gst;
 195     # If we were passed an array of witnesses instead of an array of
 196     # groupings, then "group" the witnesses first.
 197     unless( ref( $groups->[0] ) ) {
 198         my $mkgrp = [ $groups ];
 199         $groups = $mkgrp;
 200     }
 201     foreach my $g ( @$groups ) {
 202         push( @gst, '[' . join( ',', map { "'$_'" } @$g ) . ']' );
 203     }
 204     return join( ' / ', @gst );
 205 }
 206
 207 1;