t/08postgres-to-mysql.t

   1 use strict;
   2 use warnings;
   3 use Test::More;
   4 use SQL::Translator;
   5 use Data::Dumper;
   6
   7 my $create = q|
   8
   9 -- The cvterm module design is based on the ontology
  10
  11 -- ================================================
  12 -- TABLE: cv
  13 -- ================================================
  14
  15 create table cv (
  16        cv_id serial not null,
  17        primary key (cv_id),
  18        cvname varchar not null,
  19        cvdefinition text,
  20
  21        unique(cvname)
  22 );
  23
  24 -- ================================================
  25 -- TABLE: cvterm
  26 -- ================================================
  27
  28 create table cvterm (
  29        cvterm_id serial not null,
  30        primary key (cvterm_id),
  31        cv_id int not null,
  32        foreign key (cv_id) references cv (cv_id),
  33        termname varchar(255) not null,
  34        termdefinition text,
  35        dbxref_id int,
  36        foreign key (dbxref_id) references dbxref (dbxref_id),
  37
  38        unique(termname, cv_id)
  39 );
  40 create index cvterm_idx1 on cvterm (cv_id);
  41 -- the primary dbxref for this term.  Other dbxrefs may be cvterm_dbxref
  42 -- The unique key on termname, termtype_id ensures that all terms are
  43 -- unique within a given cv
  44
  45
  46 COMMENT ON TABLE cvterm IS
  47  'A term, class or concept within an ontology
  48   or controlled vocabulary';
  49 COMMENT ON COLUMN cvterm.cv_id IS
  50  'The cv/ontology/namespace to which this cvterm belongs';
  51 COMMENT ON COLUMN cvterm.termname IS
  52  'A concise human-readable name describing the meaning of the cvterm';
  53 COMMENT ON COLUMN cvterm.termdefinition IS
  54  'A human-readable text definition';
  55 COMMENT ON COLUMN cvterm.dbxref_id IS
  56  'A human-readable text definition';
  57 COMMENT ON INDEX cvterm_c1 IS
  58  'the OBO identifier is globally unique';
  59
  60
  61 -- ================================================
  62 -- TABLE: cvrelationship
  63 -- ================================================
  64
  65 create table cvrelationship (
  66        cvrelationship_id serial not null,
  67        primary key (cvrelationship_id),
  68        reltype_id int not null,
  69        foreign key (reltype_id) references cvterm (cvterm_id),
  70        subjterm_id int not null,
  71        foreign key (subjterm_id) references cvterm (cvterm_id),
  72        objterm_id int not null,
  73        foreign key (objterm_id) references cvterm (cvterm_id),
  74
  75        unique(reltype_id, subjterm_id, objterm_id)
  76 );
  77 create index cvrelationship_idx1 on cvrelationship (reltype_id);
  78 create index cvrelationship_idx2 on cvrelationship (subjterm_id);
  79 create index cvrelationship_idx3 on cvrelationship (objterm_id);
  80
  81
  82 -- ================================================
  83 -- TABLE: cvpath
  84 -- ================================================
  85
  86 create table cvpath (
  87        cvpath_id serial not null,
  88        primary key (cvpath_id),
  89        reltype_id int,
  90        foreign key (reltype_id) references cvterm (cvterm_id),
  91        subjterm_id int not null,
  92        foreign key (subjterm_id) references cvterm (cvterm_id),
  93        objterm_id int not null,
  94        foreign key (objterm_id) references cvterm (cvterm_id),
  95        cv_id int not null,
  96        foreign key (cv_id) references cv (cv_id),
  97        pathdistance int,
  98
  99        unique (subjterm_id, objterm_id)
 100 );
 101 create index cvpath_idx1 on cvpath (reltype_id);
 102 create index cvpath_idx2 on cvpath (subjterm_id);
 103 create index cvpath_idx3 on cvpath (objterm_id);
 104 create index cvpath_idx4 on cvpath (cv_id);
 105
 106
 107 -- ================================================
 108 -- TABLE: cvtermsynonym
 109 -- ================================================
 110
 111 create table cvtermsynonym (
 112        cvterm_id int not null,
 113        foreign key (cvterm_id) references cvterm (cvterm_id),
 114        termsynonym varchar(255) not null,
 115
 116        unique(cvterm_id, termsynonym)
 117 );
 118
 119 -- The table "cvterm_synonym" doesn't exist, so
 120 -- creating an index on it screws things up!
 121 -- create index cvterm_synonym_idx1 on cvterm_synonym (cvterm_id);
 122
 123 -- ================================================
 124 -- TABLE: cvterm_dbxref
 125 -- ================================================
 126
 127 create table cvterm_dbxref (
 128        cvterm_dbxref_id serial not null,
 129        primary key (cvterm_dbxref_id),
 130        cvterm_id int not null,
 131        foreign key (cvterm_id) references cvterm (cvterm_id),
 132        dbxref_id int not null,
 133        foreign key (dbxref_id) references dbxref (dbxref_id),
 134
 135        unique(cvterm_id, dbxref_id)
 136 );
 137 create index cvterm_dbxref_idx1 on cvterm_dbxref (cvterm_id);
 138 create index cvterm_dbxref_idx2 on cvterm_dbxref (dbxref_id);
 139
 140 |;
 141
 142 my $tr = SQL::Translator->new({
 143     from   => "PostgreSQL",
 144     to => "MySQL"
 145 });
 146
 147 ok( $tr->translate(data => $create), 'Translate PG2My' ) or warn $@;
 148 done_testing;