add all graph solver support scripts

fixes to IDP scripts per Bart Bogaerts

Avoid an empty-string warning

...and remove debug statement

use TryCatch; bugfix for lacunae from START

XML parsers should accept already-parsed XML object too

Handle a2 app entries separately and more correctly. Fixes #5

More improvements to apparatus interpretation for CTE texts

minor tweaks to interpret() routine

Make graphcalc.cgi more configurable

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

initial commit of IDP scripts for stemma analysis

Current state of transposition parsing

Get rid of 'sic' notation in readings

nuke debugging statement

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

unlimited running on server

Add apparatus codicum support and witness long-identifier support to CTE parser. Fixes #2

bookkeeping for CPAN release

keep analysis scripts out of CPAN; make CHANGES file; increment versions for release

Return a relation, not a reading, in the invalid list. Issue tla/stemmaweb#17

Return deleted invalid noncolo relationships when a node is duped. Fixes #1

a little script cleanup

experimental script for vector cosine analysis

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

small but crucial bugfix in identical_readings for tla/stemmaweb#9

optionally delete only single instance of scoped rel; needed for tla/stemmaweb#4

let stringify_args pass all args; add test for reading dups

bugfix in identical_readings; optimization in duplicate_reading

pass through args from flatten_ranks to identical_readings

method to identify identical readings; make flatten_ranks use it

return the new reading generated on duplication

add method to duplicate a given relationship

new test file for collation correction

use output database as the userstore for tradition restoration

invalidate alignment table cache on relationship add if appropriate

field tested but unchecked changes, review ASAP

...and note the new testing dependency

don't forget to decode the sigla in XLSX too

refrain from calculating ranks in all parsers if asked; small optimizations to CTE parser

allow debugging svg to be made from CTE XML; say CTE debug messages

add in columns for excluding nothing

script bugfixes

do our indirect exclusions too

another script to exclude relatioship types in turn from the analysis

remove debug stmt

ignore collation rels; make multiparent and source relations visible in counts; new script for variation magnitude

corrected analysis script that gives raw numbers

analysis script for draft 2

get transposition a.c. gap recognized as a gap

try to deal with transposition + a.c. gap

all_related except for repetition

move analysis script; update Analysis.pm for new relationship regime

complete tests for relationship transitivity

add required description attribute for interface display

add option to list all relationship types

tweak relationship application order

let make_tradition parse excel files too

remove boneheaded DB line

slightly looser a.c. / p.c. parsing

need not tack on reltype

add testing placeholders

tested on all existing traditions, fixed bugs that arose

update test file to explicitly propagate implicit relationships

implement relationship logical propagation

utility script to stitch together split traditions

add relationship tests; move filter_collations to the parser where it's used

we cannot save coderefs, so stop trying; self parser fixes for new relationship regime

safer existence check

bugfix for applying base regularization

make no-language-module warning less irritating

fix test, fix doc

start to add a proper and extensible relationship typology

move language attribute away to morphology plugin

cosmetic fixes

change convenience dsn

distinguish between collation fuzzy normalization and orthographic regularization

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

some parser bugfixes / workarounds

switch IDP scripts to use better port 4730

reconcile our assumptions about transpositions with those of CollateX

first ugly stab at relationship links in SVG; add identifier to alignment

method to clear out collation object for re-collation

support limited witness sigil rename

enable language role plugin; require sigil for plaintext init

add witness role for collation regularization

new CPAN version of persistence module

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

add T::T and explicit version to package dependencies

git housekeeping

use witness sigil as graph node ID in SVG display

distribution housekeeping

support user lookup by email as well as id

stop altering SVG on server side; make transparent background

fix POD

make unsupported language non-fatal; correct exception raising

README fixes

add root-level README for the project

make sure all tests work in all combos, save the broken Directory deletion; POD doc updates and fixes

split out persistence / DB functionality