Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

Scaling.

never mind the test db; allow non-Self files to be saved to db

test db file

start a real index page for traditions

refactor get/set of relationship object on graph edge

add displaylabel attribute that we might even use someday

remove punctuation handling logic; we will do this with relationships instead

rename TreeOfTexts to less annoying stemmaweb

refactor the hardcoded attribute stuff in as_dot

fix various bugs in subgraph rendering

finish reorganizing stemmaweb controllers

add JSON alignment table parsing

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

start reorganization of stemmaweb structure

add clear_witness functionality, use it, and update Collation pod

oops,  is not an object

fix pod bug

fix niggly bug in TEI parsing; test GraphML in/out

parse our new GraphML format

set up graphml output for relationships

break out punctuation from the rest of the reading text

keep from deleting lacuna nodes prematurely

make lacuna nodes lacunae from the beginning

remember to rank lacunae too

don't add an extra node if endrank == end->rank

add method to generate a part of the graph specified by rank range

Microservice call to parse a collation and return SVG

return reading IDs, not reading objects, in vectors

recalculate ranks with each new relationship, for now

make relationships into proper objects; track global ones

Merge branch 'master' into relationships

handle limited parsing of 3.0 self output

Merge branch 'master' into relationships

add run_pars functionality to the webservice, based on figtree

move more procedural stuff out of Stemma.pm into StemmaUtil

split stemma lib into util and object; make phylip_input microservice

make svg background transparent; fix test for TEI bugfix

Merge branch 'master' into relationships

fix a.c. paths for parallel segmentation input

fix some bugs for alignment table with object refs

make Analysis work with the new alignment table

make GraphViz account for reading ranks

Change alignment table to CollateX format; make version 3 of GraphML output

start of relationship mapper

allow distance program specification

remove path hackery for pars exe

set up proper garbage-collecting deletion of traditions from the directory

get rid of HACK, allow lacunae, parse other apparatus-ese

add generic alignment relationship type

fix up CTE parser, including an ugly hack I need, with new graph

also disregard inc directory

ignore META.yml

refrain from committing db directory; get rid of META.yml

make db save script use new Directory interface

Get rid of Graph::Easy; add stemma tests

get rid of DB halt

update mod requirements

Stop polluting test output with STDERR

make the stemma a property of the tradition

give Directory proper interface

Resolve conflicts from merge of graphconvert branch

Conflicts:
lib/Text/Tradition/Collation.pm
lib/Text/Tradition/Collation/Relationship.pm
lib/Text/Tradition/Witness.pm

script updates

pull the rank out of the start and end nodes

use old 'lexical' label; handle double quotes in reading text

various bugfixes, getting real traditions to parse

all tests now working again

make Self module parse old and new graphml

make tabular parse test work

sort-of-fix some tests

make tests for Tradition.pm and Tradition/Parser/CollateX.pm work

Collation library now backed by Graph.pm, tested with CollateX data

stop saving duplicate path arrays in witnesses; get rid of relationship
vectors that we don't use

change identity pools to use KiokuDB::Set

stop saving duplicate path arrays in witnesses; get rid of relationship
vectors that we don't use

convert Catalyst app to use KiokuDB backend

store tradition objects in a KiokuDB instance

we no longer use position; stop breaking relationship adding

cope with some parsing niggles

CTE parsing mostly works now

parsing Collate apparatus more or less works now

a little light refactoring

add benchmarking; turn on all files

move scripts into script/

just export variants; Analysis really needs a refactor now.

progress, though still not 100%

remove deprecated Position and Segment modules

ignore BBEdit files

stop tracking bbedit stuff; first pass at Collate! parsing

wrapperize the HTML templates

grey out any stemma node not in the collation

split tree pruning into its own function; s158 works now

algorithm now works on 'besoin' txt, complex as it is

change analysis graph calculation - closer but not correct yet.

fix bugs to do with reading relationships

make standalone svg rendering inside an HTML page

allow division of fetch for table and SVG stemma

no need for default in non-Root

amazingly stupid pod bug

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