move more procedural stuff out of Stemma.pm into StemmaUtil

split stemma lib into util and object; make phylip_input microservice

Merge branch 'master' into relationships

fix a.c. paths for parallel segmentation input

fix some bugs for alignment table with object refs

make Analysis work with the new alignment table

make GraphViz account for reading ranks

Change alignment table to CollateX format; make version 3 of GraphML output

start of relationship mapper

allow distance program specification

remove path hackery for pars exe

set up proper garbage-collecting deletion of traditions from the directory

get rid of HACK, allow lacunae, parse other apparatus-ese

add generic alignment relationship type

fix up CTE parser, including an ugly hack I need, with new graph

also disregard inc directory

ignore META.yml

refrain from committing db directory; get rid of META.yml

make db save script use new Directory interface

Get rid of Graph::Easy; add stemma tests

get rid of DB halt

update mod requirements

Stop polluting test output with STDERR

make the stemma a property of the tradition

give Directory proper interface

Resolve conflicts from merge of graphconvert branch

Conflicts:
lib/Text/Tradition/Collation.pm
lib/Text/Tradition/Collation/Relationship.pm
lib/Text/Tradition/Witness.pm

script updates

pull the rank out of the start and end nodes

use old 'lexical' label; handle double quotes in reading text

various bugfixes, getting real traditions to parse

all tests now working again

make Self module parse old and new graphml

make tabular parse test work

sort-of-fix some tests

make tests for Tradition.pm and Tradition/Parser/CollateX.pm work

Collation library now backed by Graph.pm, tested with CollateX data

stop saving duplicate path arrays in witnesses; get rid of relationship
vectors that we don't use

change identity pools to use KiokuDB::Set

stop saving duplicate path arrays in witnesses; get rid of relationship
vectors that we don't use

convert Catalyst app to use KiokuDB backend

store tradition objects in a KiokuDB instance

we no longer use position; stop breaking relationship adding

cope with some parsing niggles

CTE parsing mostly works now

parsing Collate apparatus more or less works now

a little light refactoring

add benchmarking; turn on all files

move scripts into script/

just export variants; Analysis really needs a refactor now.

progress, though still not 100%

remove deprecated Position and Segment modules

ignore BBEdit files

stop tracking bbedit stuff; first pass at Collate! parsing

wrapperize the HTML templates

grey out any stemma node not in the collation

split tree pruning into its own function; s158 works now

algorithm now works on 'besoin' txt, complex as it is

change analysis graph calculation - closer but not correct yet.

fix bugs to do with reading relationships

make standalone svg rendering inside an HTML page

allow division of fetch for table and SVG stemma

no need for default in non-Root

amazingly stupid pod bug

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

allow parameter passing too for stemmagraph service

Changed styling of selected row. Added auto styling of SVG.

add simple conversion service, dot to stemma graph

more test data

CollateX: no ranks if nonlinear
Analysis: fix bug in conflict detection

allow automatic sizing of stemma; put more data into the visualizer

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

Added coloting of polygons.

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

cope with multi-word graph names, catch rankless nodes

Change interactive color coding.

parse KUL text properly

add some final statistics; try to color anonymous nodes too

some more look and feel tweaks

save the name of the text too

add conflict styling to analysis table

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

Added color scheme for later reference.

don't track build artifacts

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

Touched styling for .genealogical.

assume UTF-8 on tabular files

update parse interface; remove HTML output

remove some data files

Touched style again.

Touched styling.

Added a lot of files for styling.

Added styling for clicked row.

Adde styling.

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

No changes, just syncing.

add lacunose witnesses to html rendering

Tried to implement node coloring.

continued doc and testing drive; rationalize GraphML a little

move around some doc/testing logic

fix Tabular parser to account for a.c. wits; more doc and tests