Force ::Collation objects to be serialized en bloc, "fixing" GC.

By using the Text::Tradition::TypeMap::Entry for Text::Tradition::Collation,
KiokuDB is forced to turn the entire collation into a single YAML blob, which
provided none of the collation's sub-objects are shared between collations,
is probably going to be faster.

Also, because it appears that GC is mistakenly eating the ::Collation's
sub-objects rather than the collation itself, this appears to make the GC
code do the right thing. I've added an extra test to ensure that the reading
keys remain the same, which is hopefully sufficient to imply that the
sub-objects have been restored appropriately.

Test for deletion actually ... deleting ... things.

Since we're using the DBI backend, everything's stored in the 'entries'
table in the SQLite database - which has, among other things, a 'class'
column storing the perl class of the entry. So I can run -

  SELECT class, COUNT(*) FROM entries GROUP BY class

to get the current counts in the database. I've altered the test to
collect these after the first tradition creation, after the second, and
after the deletion of the first - then added a loop to the end to check
that the final count is the second count minus the first for each class.

This seems to accurately reflect what we expect the database to look like
after a (successful) garbage collection run.

analysis script for upcoming presentation

overhaul of analysis with corresponding updates to stemma graph generation

switch to new version of IDP program

load XML::LibXML only when required; handle global relationships more correctly; analysis logic updates

add OpenID logo and a little styling to the login forms

User store functionality actually in Directory; migrate changes there

import and export users in GraphML

throw exceptions for bad usermod requests

Merge branch 'authentication' of github.com:tla/stemmatology

turn off consistency checks while rebuilding graph

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

add some more data to the analysis structure

make analysis options dialog modal

fixing attribute rename

stemmaweb bugfixes and style fixes; add 'punctuation' relationship type

integrate login/register functionality more properly with app

small fix to compress_readings

avoid expensive row collation for over-large traditions

regularize some script libs and interface

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

incorporate user auth functionality

move main functionality of join_readings into the library

add options for stexaminer re-analysis

migrate lexemes and normal forms when readings are combined; script to merge readings where possible

get rid of redundate scope testing

make implicit transitive relationships explicit

some syntactic sugar for relationship filters

fix some subgraph rendering issues

allow start/end rank for dot and svg

Add Recaptcha support to the register action to help prevent spammers.

Add Email template parts for register email sending

Add settings for register email configuration

Add Email::Template for post-registratin email sending

display is now 'email', allowing ::Auth to email after register.

fix for openid authentication

fixed formhandler error

remove some debugging statements

minor tweaks to display logic

better handling of transpositions

allow creation of nonlinear traditions

remove variant graph from front page, fix stemma scaling

stexaminer now working to my satisfaction

handle a.c. wits properly in location analysis

allow size restriction of stemma graphs

allow for traditionless placeholder Collations

get analysis info into the stexaminer, unstyled as yet

refine the analysis code; add alters_meaning attribute to relationships

script to link readings based on morphological tags

restore meta readings to equiv graph

allow wordforms to be cleared out

make single-word lemmatization work

don't flatten readings with different lexeme states

fix logic bug in build method; add convenience method

refrain from recording normal form in graphml if it is unchanged

make normal_form default to ->text

better handling for errors, don't send filler text to server

prevent buttons from being irrevocably disabled

pull tradition from DB if asked

test/fix for bug in metaless equivalence graph

leave meta readings out of equiv graph; test for warnings on relationshipstore.t

re-enable garbage collection

generalize Latin module to Latin/Greek/Armenian on Perseus

color_inactive might run before readingdata has been fetched

test for string '0' in boolean value as well

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

add throw() sub to Lexeme.pm

fix morphology lookup sub name

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

stop making assumptions about relationship presence

use English module for lemmatizing English words, oops

store morphology as string rather than as L::F::Structure

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

change default DB in lookup

refrain from serializing init flag

merge performance branch into main

now using Perseus-generated Latin treetagger params

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

ease validation rules during collation init; fix bug in reading relationship merge

properly disable OK button

allow creation and SVG rendering of nonlinear graphs

add some visual feedback for POST requests

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

make checkbox persistence work properly

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

fix glaring bug in relationship logic

allow specification of database UUID

add test for lexeme serialization choke

fix Lexeme to handle empty wordform list input

add error handling for reading morphology update

use improvements in Lingua packages throughout our lexeme tagging

fix undefined bug in javascript for wordform-less lexemes

improvements to cat / feature listing

save any defined stemmata in GraphML

remove unconditional dep on Morph::Perseus

introspect for morphology values; include these in help; make sure Perseus results are unique

make relemmatize button work

morphology piece now works for main submit, not for relemmatization yet

muck about with serialization of lexeme wordforms; allow individual lexeme addressing