Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

CSS fix

stemma button logic bugfix, streamline a little

hook up pager buttons to stemma loading; zap occasional error in upload success function

Styled buttons and pager

fix encoding bug in stemmadot input

let stexaminer run without IDP server reachable

catch XML parsing errors, and skip DTD loading that requires net

Implemented zoom and pan on sstemma.

many small bugfixes to display and server logic

fix logic bugs in stexaminer with explicit stemma specification

fix another bug in permissions logic

script to generate DB for web testing

catch dot syntax errors on stemma init

add stemma edit/add dialog, textinfo edit dialog, UI bugfixes mostly to error handling; still TODO stemma display after edit

handle Excel 2007+ parsing as well

enable XLS parsing in web controller

Add simple Excel 97-2004 spreadsheet parsing

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

Fixes and styling for upload error handling.

...and apply first ACL bugfix to relater/stexaminer

another ACL logic fix

handle file upload server responses

various & sundry small bugfixes

Integrated uploader and upload dialog.

initial pass at upload dialog

add user accounting; add tradition upload method

empty data fields before re-appending

restore accidentally deleted file

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

Some styling

add exception handling

get new front page working, if poorly styled

distinguish between user, admin, and public traditions; add preliminary app test

hide the unused dialog form in readonly mapper

activate user control for stexaminer and root page

add user access control to relationship mapper tool

add StackTrace dependency

account for as-yet-uncalculated locations in stexaminer

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

get rid of intermediate local analysis DB

git rid of SVG cache

add new analysis test to SKIP file

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

cosmetic fixes to error messages

sets should be cloned into initial groupings, not used directly

slightly more efficient IDP problem lookup

guard against non-array values in stringify

make Analysis work with new async setup

make sure groupinglist always == setlist in size

revamped Analysis to run with local DB; removed deprecated methods from Result

add docs and test to Result class

cannot rely on Set::Scalar comparisons

add solution status to Result object

incorporate DB bugfix change f3a3d14b6e

Preserve groupinglist order when argument is passed

allow dump and reload of Result objects via JSON

need to have user DB with its proper scope for tradition reload

disregard Analysis/Result.pm

syntax fix

add new requirements

final fixes for live reference objects as opposed to the clones which were being created by the optimization

Conflicts:

lib/Text/Tradition/Directory.pm
lib/Text/Tradition/Parser/Self.pm

added changes to typemap

fixing start/end nodes

Conflicts:

lib/Text/Tradition/Parser/Self.pm

Script to update load testing file
(used to create sql if we get a new set of testing data)

ignoring t/var which is where the tests store temp data

using YAML-based collapser

Conflicts:

Makefile.PL
lib/Text/Tradition/Directory.pm
t/data/load-save-benchmark.json
t/data/speed_test_load.sql
t/load-save-speed.t

fixed test for saving users and equivalent traditions

making tradition user become a weak ref

made test run with in independent scopes

fixing debug message in directory

added test to asset user updates are propagating to the objects associated to traditions

make tests work for the interim

exclude punctuation

also have to propagate last in list -> first in list

make a majority text from a tradition

let stemmaweb use interim analysis database

small nomenclature rationalization; save reversion roots

handle reversions properly

distinguish source vs reversion parents; fix collapse functionality

allow Graph init arg; allow multiple problems in problem_json

revamp Analysis logic to use DB-saved results

work in reversion info; trust IDP pruning

get rid of SVG cache

get rid of SVG cache

analysis script for upcoming presentation

overhaul of analysis with corresponding updates to stemma graph generation

switch to new version of IDP program

load XML::LibXML only when required; handle global relationships more correctly; analysis logic updates

add OpenID logo and a little styling to the login forms

User store functionality actually in Directory; migrate changes there

import and export users in GraphML

throw exceptions for bad usermod requests

Merge branch 'authentication' of github.com:tla/stemmatology

turn off consistency checks while rebuilding graph

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

add some more data to the analysis structure

make analysis options dialog modal

fixing attribute rename

stemmaweb bugfixes and style fixes; add 'punctuation' relationship type