various & sundry small bugfixes

Integrated uploader and upload dialog.

initial pass at upload dialog

add user accounting; add tradition upload method

empty data fields before re-appending

restore accidentally deleted file

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

Some styling

add exception handling

get new front page working, if poorly styled

distinguish between user, admin, and public traditions; add preliminary app test

hide the unused dialog form in readonly mapper

activate user control for stexaminer and root page

add user access control to relationship mapper tool

add StackTrace dependency

account for as-yet-uncalculated locations in stexaminer

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

get rid of intermediate local analysis DB

git rid of SVG cache

add new analysis test to SKIP file

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

cosmetic fixes to error messages

sets should be cloned into initial groupings, not used directly

slightly more efficient IDP problem lookup

guard against non-array values in stringify

make Analysis work with new async setup

make sure groupinglist always == setlist in size

revamped Analysis to run with local DB; removed deprecated methods from Result

add docs and test to Result class

cannot rely on Set::Scalar comparisons

add solution status to Result object

incorporate DB bugfix change f3a3d14b6e

Preserve groupinglist order when argument is passed

allow dump and reload of Result objects via JSON

need to have user DB with its proper scope for tradition reload

disregard Analysis/Result.pm

syntax fix

add new requirements

final fixes for live reference objects as opposed to the clones which were being created by the optimization

Conflicts:

lib/Text/Tradition/Directory.pm
lib/Text/Tradition/Parser/Self.pm

added changes to typemap

fixing start/end nodes

Conflicts:

lib/Text/Tradition/Parser/Self.pm

Script to update load testing file
(used to create sql if we get a new set of testing data)

ignoring t/var which is where the tests store temp data

using YAML-based collapser

Conflicts:

Makefile.PL
lib/Text/Tradition/Directory.pm
t/data/load-save-benchmark.json
t/data/speed_test_load.sql
t/load-save-speed.t

fixed test for saving users and equivalent traditions

making tradition user become a weak ref

made test run with in independent scopes

fixing debug message in directory

added test to asset user updates are propagating to the objects associated to traditions

make tests work for the interim

exclude punctuation

also have to propagate last in list -> first in list

make a majority text from a tradition

let stemmaweb use interim analysis database

small nomenclature rationalization; save reversion roots

handle reversions properly

distinguish source vs reversion parents; fix collapse functionality

allow Graph init arg; allow multiple problems in problem_json

revamp Analysis logic to use DB-saved results

work in reversion info; trust IDP pruning

get rid of SVG cache

get rid of SVG cache

analysis script for upcoming presentation

overhaul of analysis with corresponding updates to stemma graph generation

switch to new version of IDP program

load XML::LibXML only when required; handle global relationships more correctly; analysis logic updates

add OpenID logo and a little styling to the login forms

User store functionality actually in Directory; migrate changes there

import and export users in GraphML

throw exceptions for bad usermod requests

Merge branch 'authentication' of github.com:tla/stemmatology

turn off consistency checks while rebuilding graph

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

add some more data to the analysis structure

make analysis options dialog modal

fixing attribute rename

stemmaweb bugfixes and style fixes; add 'punctuation' relationship type

integrate login/register functionality more properly with app

small fix to compress_readings

avoid expensive row collation for over-large traditions

regularize some script libs and interface

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

incorporate user auth functionality

move main functionality of join_readings into the library

add options for stexaminer re-analysis

migrate lexemes and normal forms when readings are combined; script to merge readings where possible

get rid of redundate scope testing

make implicit transitive relationships explicit

some syntactic sugar for relationship filters

fix some subgraph rendering issues

allow start/end rank for dot and svg

Add Recaptcha support to the register action to help prevent spammers.

Add Email template parts for register email sending

Add settings for register email configuration

Add Email::Template for post-registratin email sending

display is now 'email', allowing ::Auth to email after register.

fix for openid authentication

fixed formhandler error

remove some debugging statements

minor tweaks to display logic