added benchmark times/fixed bug in test

fixing test results data structure

Add a script to update the speed load test data when changes are made to how data is stored

Merge branch 'performance' of https://github.com/tla/stemmatology into performance

Conflicts:
t/data/load-save-benchmark.json

using YAML-based collapser

load-save benchmark data for sherlock

Amended to store/use benchmarking data profiles per host

Only run the load-save test manually, skip for make/prove

Fixup the save-load test to store the benchmark results properly.. (well better, anyway)

Initial version of performance test

pass $self to a method call, oops

make French morph tagging work; dependent on Flemm and TreeTagger

start implementing morphology on readings

fix bugs in persistent equivalence graph implementation

avoid collating meta readings

implement persistent equivalence graph for relationship tracking

check for relationship before collating

fix relationship test data; remove print from tab test

fix graphml subgraph generation; fix tab parsing to only set 'collated' where needed; add so-far-untried tests for transposition

add some more transposition logic

fix exponential loop in common_in_path

require working version of Text::TEI::Markup

workaround for segfault; slightly poor form GraphML but who cares?

overhaul of colocated-relationship validation, still segfaulting

factor out equivalence graph creation

add failing tests for relationship logic, next we fix them

add -from and -to options; TODO rationalize these across outputs

revert untested changes that were causing a segfault

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

enable graphml export of partial traditions

replace local with global rel if they are equivalent anyway

UNTESTED better validation for transpositions

wrap documentation strings

avoid dying on relationship conflicts

fix failing stemmaweb stub test

fix bug in transposition validation

drop collations on global relationship setting too

suppress undefined warnings in cycle death

bump version numbers

fix failing tests

retain original order of collation sets

remove deprecated source attribute

relationship deletions should include scoped objects

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

accessor method for fixing a database bug

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

Conflicts:
lib/Text/Tradition/Parser/CTE.pm

better handling of CTE files and their annoying hilight elements

only collate a given sequence once

add nocalc option for debug svg output

restore legacy attribute until we can remove it from db records

housekeeping, a bit of POD  addition

make XML witness parsing work

make the rest of the tests work with the new Witness

Merge branch 'master' into witnessparse

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

remove refs to deprecated relationship type 'meaning'

set text/layertext from witness JSON parse

get JSON witness parsing to work

make witness plaintext parsing work

make relationship mapper segments adapt to node+edge size of graph

make phylo tree generation work with script

only use applicable a.c. witnesses in stemma for analysis

fix a.c. handling on empty lemmata

remove 'meaning' relationship from interface too

remove 'meaning' relationship; apply fix to make ellipse text draggable

remove HACK from tradition build script

segment the large texts in the relationship mapper

add rudimentary logic for text segmentation in lemmatizer

beginnings of addition of statistical info to stexaminer

better handling of a.c. witnesses in analysis

do proper quoting of unusual entity names in the dot

test for correctness of analysis groups; pursuant bugfixes

make path labels do the right thing with a.c. witnesses

bugfix in directory test script

refrain from counting hypotheticals in groups; fix bugs relating to array skew

only show 'interesting' variants in the stexaminer; send only witnesses
present in the stemma to the solvers

allow lookup by name as well as ID

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

add work-in-progress overlay, fix position of dialog overlay

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

reverting accidental file commits

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

CollateX format for GraphML output changed; parser update

fix various bugs

some debugger-friendly params

properly display & scale stemma graphs

CollateX format for GraphML output changed; parser update

replace collation relationships whenever we can

change pt to px in stemma graphic

reconfigure stexaminer layout

Prune the groupings we get back from IDP

use the straighten hack whenever explicitly specified, subgraph or no

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

add JSON export function

make text_from_paths actually work

don't include 'collated' relationships in viewer

don't error on relationship deletion no-op

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology

script to add orthographic links to case variants

Merge branch 'master' of github.com:tla/stemmatology