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nytprof run results of /variantgraph/<ID> and /relation/<ID>/relationships
[scpubgit/stemmatology.git] / stemmaweb / nytprof-runs / variantgraph-uuid / Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html
diff --git a/stemmaweb/nytprof-runs/variantgraph-uuid/Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html b/stemmaweb/nytprof-runs/variantgraph-uuid/Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8bb9c04
--- /dev/null
+++ b/stemmaweb/nytprof-runs/variantgraph-uuid/Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html
@@ -0,0 +1,503 @@
+    <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
+    <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
+<!--
+This file was generated by Devel::NYTProf version 4.06
+-->
+<head>
+    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
+    <meta http-equiv="Content-Language" content="en-us" />
+    <title>Profile of Graph/TransitiveClosure/Matrix.pm</title>
+<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css" />
+    <script type="text/javascript" src="js/jquery-min.js"></script> 
+
+    <script type="text/javascript" src="js/jquery-tablesorter-min.js"></script> 
+    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="js/style-tablesorter.css" />
+    <script type="text/javascript">
+    // when a column is first clicked on to sort it, use descending order
+    // XXX doesn't seem to work (and not just because the tablesorter formatSortingOrder() is broken)
+    $.tablesorter.defaults.sortInitialOrder = "desc";
+    // add parser through the tablesorter addParser method 
+    $.tablesorter.addParser({
+        id: 'fmt_time',   // name of this parser
+        is: function(s) { 
+            return false; // return false so this parser is not auto detected 
+        }, 
+        format: function(orig) { // format data for normalization 
+            // console.log(orig);
+            val = orig.replace(/ns/,'');
+            if (val != orig) { return val / (1000*1000*1000); } 
+            val = orig.replace(/µs/,''); /* XXX use &micro; ? */
+            if (val != orig) { return val / (1000*1000); } 
+            var val = orig.replace(/ms/,'');
+            if (val != orig) { return val / (1000); }
+            var val = orig.replace(/s/,'');
+            if (val != orig) { return val; }
+            if (orig == '0') { return orig; } 
+            console.log('no match for fmt_time of '.concat(orig));
+            return orig;
+        },
+        type: 'numeric' // set type, either numeric or text 
+    }); 
+    </script> 
+</head>
+
+<body > 
+<div class="header" style="position: relative; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; z-index: 0; ">
+<div class="header_back">
+            <a href="index.html">&larr; Index</a>
+        </div>
+<div class="headerForeground" style="float: left">
+    <span class="siteTitle">NYTProf Performance Profile</span>
+    <span class="siteSubtitle">&emsp;&emsp;<span>&laquo;&emsp;<span class="mode_btn"><a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-block.html">block view</a></span>&emsp;&bull;&emsp;<span class="mode_btn"><a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-line.html">line view</a></span>&emsp;&bull;&emsp;<span class="mode_btn mode_btn_selected">sub view</span>&emsp;&raquo;</span><br />
+            For script/nytprof.pl
+        </span>
+</div>
+<div class="headerForeground" style="float: right; text-align: right">
+    <span class="siteTitle">&nbsp;</span>
+    <span class="siteSubtitle">Run on Thu May 31 16:29:39 2012<br />Reported on Thu May 31 16:35:02 2012</span>
+</div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 0%; width: 100%; height: 101%; z-index: -1; background-color: rgb(17, 136, 255); "></div>
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+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 6%; width: 100%; height: 95%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 131, 250); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 8%; width: 100%; height: 93%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 130, 249); "></div>
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+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 12%; width: 100%; height: 89%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 127, 246); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 14%; width: 100%; height: 87%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 126, 245); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 16%; width: 100%; height: 85%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 125, 244); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 18%; width: 100%; height: 83%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 123, 242); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 20%; width: 100%; height: 81%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 122, 241); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 22%; width: 100%; height: 79%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 121, 240); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 24%; width: 100%; height: 77%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 119, 238); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 26%; width: 100%; height: 75%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 118, 237); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 28%; width: 100%; height: 73%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 116, 235); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 30%; width: 100%; height: 71%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 115, 234); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 32%; width: 100%; height: 69%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 114, 233); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 34%; width: 100%; height: 67%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 112, 231); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 36%; width: 100%; height: 65%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 111, 230); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 38%; width: 100%; height: 63%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 110, 229); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 40%; width: 100%; height: 61%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 108, 227); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 42%; width: 100%; height: 59%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 107, 226); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 44%; width: 100%; height: 57%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 106, 225); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 46%; width: 100%; height: 55%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 104, 223); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 48%; width: 100%; height: 53%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 103, 222); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 50%; width: 100%; height: 51%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 102, 221); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 52%; width: 100%; height: 49%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 100, 219); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 54%; width: 100%; height: 47%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 99, 218); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 56%; width: 100%; height: 45%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 97, 216); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 58%; width: 100%; height: 43%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 96, 215); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 60%; width: 100%; height: 41%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 95, 214); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 62%; width: 100%; height: 39%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 93, 212); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 64%; width: 100%; height: 37%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 92, 211); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 66%; width: 100%; height: 35%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 91, 210); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 68%; width: 100%; height: 33%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 89, 208); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 70%; width: 100%; height: 31%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 88, 207); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 72%; width: 100%; height: 29%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 87, 206); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 74%; width: 100%; height: 27%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 85, 204); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 76%; width: 100%; height: 25%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 84, 203); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 78%; width: 100%; height: 23%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 82, 201); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 80%; width: 100%; height: 21%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 81, 200); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 82%; width: 100%; height: 19%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 80, 199); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 84%; width: 100%; height: 17%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 78, 197); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 86%; width: 100%; height: 15%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 77, 196); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 88%; width: 100%; height: 13%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 76, 195); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 90%; width: 100%; height: 11%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 74, 193); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 92%; width: 100%; height: 9%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 73, 192); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 94%; width: 100%; height: 7%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 72, 191); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 96%; width: 100%; height: 5%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 70, 189); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 98%; width: 100%; height: 3%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 69, 188); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 100%; width: 100%; height: 1%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 68, 187); "></div>
+</div>
+
+<div class="body_content"><br />
+<table class="file_summary"><tr><td class="h">Filename</td><td align="left"><a href="file:///Users/edenc/perl5/lib/perl5/Graph/TransitiveClosure/Matrix.pm">/Users/edenc/perl5/lib/perl5/Graph/TransitiveClosure/Matrix.pm</a></td></tr>
+<tr><td class="h">Statements</td><td align="left">Executed 7 statements in 1.39ms</td></tr></table>
+        
+        <table id="subs_table" border="1" cellpadding="0" class="tablesorter">
+        <caption>Subroutines</caption>
+        <thead>
+        <tr>
+        <th>Calls</th>
+        <th><span title="Number of Places sub is called from">P</span></th>
+        <th><span title="Number of Files sub is called from">F</span></th>
+        <th>Exclusive<br />Time</th>
+        <th>Inclusive<br />Time</th>
+        <th>Subroutine</th>
+        </tr>
+        </thead>
+    <tbody>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c0"><span title="0.0%">661&micro;s</span></td><td class="c0"><span title="0.0%">1.96ms</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::BEGIN@5</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#5">BEGIN@5</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">16&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">19&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::BEGIN@3</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#3">BEGIN@3</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">5&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">5&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::BEGIN@6</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#6">BEGIN@6</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::_new</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#8">_new</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::has_vertices</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#261">has_vertices</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::is_reachable</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#269">is_reachable</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::is_transitive</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#276">is_transitive</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::new</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#213">new</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::path_length</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#291">path_length</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::path_predecessor</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#298">path_predecessor</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::path_vertices</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#305">path_vertices</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::TransitiveClosure::Matrix::::vertices</span>Graph::TransitiveClosure::Matrix::<a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#286">vertices</a></span></td></tr>
+</tbody></table>
+                Call graph for these subroutines as a
+                <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Graphviz">Graphviz</a>
+                <a href="Users-edenc-perl5-lib-perl5-Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm.dot">dot language file</a>.
+            
+      <table border="1" cellpadding="0">
+      <thead>
+      <tr><th>Line</th>
+      <th><span title="Number of statements executed">State<br />ments</span></th>
+      <th><span title="Time spend executing statements on the line,
+        excluding time spent executing statements in any called subroutines">Time<br />on line</span></th>
+      <th><span title="Number of subroutines calls">Calls</span></th>
+      <th><span title="Time spent in subroutines called (inclusive)">Time<br />in subs</span></th>
+      <th class="left_indent_header">Code</th>
+      </tr>
+
+      </thead>
+      <tbody>
+    <tr><td class="h"><a name="1"></a>1</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">package Graph::TransitiveClosure::Matrix;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="2"></a>2</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="3"></a>3</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 13&micro;s">25&micro;s</span></td><td class="c1">2</td><td class="c3">22&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 19&micro;s (16+3) within Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@3 which was called:
+#    once (16&micro;s+3&micro;s) by Graph::TransitiveClosure::BEGIN@10 at <a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#3">line 3</a></div></div>use strict;<div class="calls"><div class="calls_out"># spent    19&micro;s making 1 call to <a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#3">Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@3</a>
+# spent     3&micro;s making 1 call to <a href="strict-pm-3-sub.html#34">strict::import</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="4"></a>4</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="5"></a>5</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 60&micro;s">119&micro;s</span></td><td class="c3">1</td><td class="c0">1.96ms</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 1.96ms (661&micro;s+1.30) within Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@5 which was called:
+#    once (661&micro;s+1.30ms) by Graph::TransitiveClosure::BEGIN@10 at <a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#5">line 5</a></div></div>use Graph::AdjacencyMatrix;<div class="calls"><div class="calls_out"># spent  1.96ms making 1 call to <a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#5">Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@5</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="6"></a>6</td><td class="c3">2</td><td class="c0"><span title="Avg 620&micro;s">1.24ms</span></td><td class="c3">1</td><td class="c3">5&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 5&micro;s within Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@6 which was called:
+#    once (5&micro;s+0s) by Graph::TransitiveClosure::BEGIN@10 at <a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#6">line 6</a></div></div>use Graph::Matrix;<div class="calls"><div class="calls_out"># spent     5&micro;s making 1 call to <a href="Graph-TransitiveClosure-Matrix-pm-707-sub.html#6">Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@6</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="7"></a>7</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="8"></a>8</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _new {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="9"></a>9</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($g, $class, $opt, $want_transitive, $want_reflexive, $want_path, $want_path_vertices) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="10"></a>10</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $m = Graph::AdjacencyMatrix-&gt;new($g, %$opt);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="11"></a>11</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my @V = $g-&gt;vertices;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="12"></a>12</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $am = $m-&gt;adjacency_matrix;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="13"></a>13</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $dm; # The distance matrix.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="14"></a>14</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $pm; # The predecessor matrix.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="15"></a>15</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my @di;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="16"></a>16</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my %di; @di{ @V } = 0..$#V;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="17"></a>17</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my @ai = @{ $am-&gt;[0] };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="18"></a>18</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my %ai = %{ $am-&gt;[1] };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="19"></a>19</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my @pi;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="20"></a>20</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my %pi;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="21"></a>21</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    unless ($want_transitive) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="22"></a>22</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $dm = $m-&gt;distance_matrix;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="23"></a>23</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        @di = @{ $dm-&gt;[0] };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="24"></a>24</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        %di = %{ $dm-&gt;[1] };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="25"></a>25</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $pm = Graph::Matrix-&gt;new($g);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="26"></a>26</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        @pi = @{ $pm-&gt;[0] };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="27"></a>27</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        %pi = %{ $pm-&gt;[1] };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="28"></a>28</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        for my $u (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="29"></a>29</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            my $diu = $di{$u};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="30"></a>30</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            my $aiu = $ai{$u};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="31"></a>31</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            for my $v (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="32"></a>32</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $div = $di{$v};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="33"></a>33</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $aiv = $ai{$v};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="34"></a>34</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                next unless</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="35"></a>35</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    # $am-&gt;get($u, $v)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="36"></a>36</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    vec($ai[$aiu], $aiv, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="37"></a>37</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        ;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="38"></a>38</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                # $dm-&gt;set($u, $v, $u eq $v ? 0 : 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="39"></a>39</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                $di[$diu]-&gt;[$div] = $u eq $v ? 0 : 1</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="40"></a>40</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    unless</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="41"></a>41</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        defined</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="42"></a>42</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                            # $dm-&gt;get($u, $v)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="43"></a>43</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                            $di[$diu]-&gt;[$div]</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="44"></a>44</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                            ;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="45"></a>45</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                $pi[$diu]-&gt;[$div] = $v unless $u eq $v;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="46"></a>46</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="47"></a>47</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="48"></a>48</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="49"></a>49</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # XXX (see the bits below): sometimes, being nice and clean is the</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="50"></a>50</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # wrong thing to do.  In this case, using the public API for graph</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="51"></a>51</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # transitive matrices and bitmatrices makes things awfully slow.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="52"></a>52</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # Instead, we go straight for the jugular of the data structures.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="53"></a>53</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    for my $u (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="54"></a>54</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $diu = $di{$u};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="55"></a>55</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $aiu = $ai{$u};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="56"></a>56</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $didiu = $di[$diu];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="57"></a>57</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $aiaiu = $ai[$aiu];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="58"></a>58</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        for my $v (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="59"></a>59</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            my $div = $di{$v};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="60"></a>60</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            my $aiv = $ai{$v};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="61"></a>61</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            my $didiv = $di[$div];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="62"></a>62</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            my $aiaiv = $ai[$aiv];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="63"></a>63</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            if (</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="64"></a>64</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                # $am-&gt;get($v, $u)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="65"></a>65</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                vec($aiaiv, $aiu, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="66"></a>66</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                || ($want_reflexive &amp;&amp; $u eq $v)) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="67"></a>67</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $aivivo = $aiaiv;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="68"></a>68</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                if ($want_transitive) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="69"></a>69</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    if ($want_reflexive) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="70"></a>70</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        for my $w (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="71"></a>71</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                            next if $w eq $u;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="72"></a>72</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                            my $aiw = $ai{$w};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="73"></a>73</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                            return 0</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="74"></a>74</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                                if  vec($aiaiu, $aiw, 1) &amp;&amp;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="75"></a>75</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                                   !vec($aiaiv, $aiw, 1);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="76"></a>76</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="77"></a>77</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # See XXX above.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="78"></a>78</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # for my $w (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="79"></a>79</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #    my $aiw = $ai{$w};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="80"></a>80</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #    if (</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="81"></a>81</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        # $am-&gt;get($u, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="82"></a>82</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        vec($aiaiu, $aiw, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="83"></a>83</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        || ($u eq $w)) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="84"></a>84</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        return 0</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="85"></a>85</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #            if $u ne $w &amp;&amp;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="86"></a>86</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #                # !$am-&gt;get($v, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="87"></a>87</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #                !vec($aiaiv, $aiw, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="88"></a>88</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #                    ;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="89"></a>89</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        # $am-&gt;set($v, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="90"></a>90</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        vec($aiaiv, $aiw, 1) = 1</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="91"></a>91</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #            ;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="92"></a>92</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #     }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="93"></a>93</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="94"></a>94</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    } else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="95"></a>95</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # See XXX above.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="96"></a>96</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # for my $w (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="97"></a>97</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #     my $aiw = $ai{$w};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="98"></a>98</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #     if (</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="99"></a>99</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        # $am-&gt;get($u, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="100"></a>100</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        vec($aiaiu, $aiw, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="101"></a>101</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #       ) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="102"></a>102</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        return 0</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="103"></a>103</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #            if $u ne $w &amp;&amp;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="104"></a>104</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #                # !$am-&gt;get($v, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="105"></a>105</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #                !vec($aiaiv, $aiw, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="106"></a>106</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #                    ;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="107"></a>107</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #         # $am-&gt;set($v, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="108"></a>108</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #         vec($aiaiv, $aiw, 1) = 1</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="109"></a>109</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #             ;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="110"></a>110</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #     }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="111"></a>111</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="112"></a>112</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $aiaiv |= $aiaiu;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="113"></a>113</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="114"></a>114</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                } else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="115"></a>115</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    if ($want_reflexive) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="116"></a>116</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $aiaiv |= $aiaiu;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="117"></a>117</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        vec($aiaiv, $aiu, 1) = 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="118"></a>118</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # See XXX above.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="119"></a>119</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # for my $w (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="120"></a>120</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #     my $aiw = $ai{$w};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="121"></a>121</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #     if (</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="122"></a>122</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #         # $am-&gt;get($u, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="123"></a>123</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        vec($aiaiu, $aiw, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="124"></a>124</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        || ($u eq $w)) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="125"></a>125</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        # $am-&gt;set($v, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="126"></a>126</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        vec($aiaiv, $aiw, 1) = 1</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="127"></a>127</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #            ;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="128"></a>128</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #     }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="129"></a>129</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="130"></a>130</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    } else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="131"></a>131</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $aiaiv |= $aiaiu;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="132"></a>132</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # See XXX above.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="133"></a>133</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # for my $w (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="134"></a>134</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #    my $aiw = $ai{$w};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="135"></a>135</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #    if (</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="136"></a>136</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        # $am-&gt;get($u, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="137"></a>137</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        vec($aiaiu, $aiw, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="138"></a>138</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #       ) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="139"></a>139</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        # $am-&gt;set($v, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="140"></a>140</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #        vec($aiaiv, $aiw, 1) = 1</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="141"></a>141</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #            ;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="142"></a>142</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        #     }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="143"></a>143</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="144"></a>144</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="145"></a>145</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="146"></a>146</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                if ($aiaiv ne $aivivo) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="147"></a>147</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    $ai[$aiv] = $aiaiv;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="148"></a>148</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    $aiaiu = $aiaiv if $u eq $v;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="149"></a>149</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="150"></a>150</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="151"></a>151</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            if ($want_path &amp;&amp; !$want_transitive) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="152"></a>152</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                for my $w (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="153"></a>153</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    my $aiw = $ai{$w};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="154"></a>154</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    next unless</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="155"></a>155</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # See XXX above.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="156"></a>156</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # $am-&gt;get($v, $u)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="157"></a>157</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        vec($aiaiv, $aiu, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="158"></a>158</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                            &amp;&amp;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="159"></a>159</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # See XXX above.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="160"></a>160</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # $am-&gt;get($u, $w)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="161"></a>161</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        vec($aiaiu, $aiw, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="162"></a>162</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                            ;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="163"></a>163</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    my $diw = $di{$w};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="164"></a>164</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    my ($d0, $d1a, $d1b);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="165"></a>165</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    if (defined $dm) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="166"></a>166</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # See XXX above.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="167"></a>167</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # $d0  = $dm-&gt;get($v, $w);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="168"></a>168</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # $d1a = $dm-&gt;get($v, $u) || 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="169"></a>169</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # $d1b = $dm-&gt;get($u, $w) || 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="170"></a>170</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $d0  = $didiv-&gt;[$diw];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="171"></a>171</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $d1a = $didiv-&gt;[$diu] || 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="172"></a>172</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $d1b = $didiu-&gt;[$diw] || 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="173"></a>173</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    } else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="174"></a>174</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $d1a = 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="175"></a>175</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $d1b = 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="176"></a>176</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="177"></a>177</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    my $d1 = $d1a + $d1b;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="178"></a>178</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    if (!defined $d0 || ($d1 &lt; $d0)) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="179"></a>179</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # print &quot;d1 = $d1a ($v, $u) + $d1b ($u, $w) = $d1 ($v, $w) (&quot;.(defined$d0?$d0:&quot;-&quot;).&quot;)\n&quot;;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="180"></a>180</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # See XXX above.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="181"></a>181</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        # $dm-&gt;set($v, $w, $d1);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="182"></a>182</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $didiv-&gt;[$diw] = $d1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="183"></a>183</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                        $pi[$div]-&gt;[$diw] = $pi[$div]-&gt;[$diu]</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="184"></a>184</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                            if $want_path_vertices;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="185"></a>185</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="186"></a>186</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="187"></a>187</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                # $dm-&gt;set($u, $v, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="188"></a>188</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                $didiu-&gt;[$div] = 1</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="189"></a>189</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    if $u ne $v &amp;&amp;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="190"></a>190</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                       # $am-&gt;get($u, $v)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="191"></a>191</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                       vec($aiaiu, $aiv, 1)</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="192"></a>192</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                           &amp;&amp;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="193"></a>193</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                       # !defined $dm-&gt;get($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="194"></a>194</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                       !defined $didiu-&gt;[$div];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="195"></a>195</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="196"></a>196</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="197"></a>197</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="198"></a>198</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return 1 if $want_transitive;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="199"></a>199</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my %V; @V{ @V } = @V;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="200"></a>200</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $am-&gt;[0] = \@ai;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="201"></a>201</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $am-&gt;[1] = \%ai;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="202"></a>202</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (defined $dm) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="203"></a>203</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $dm-&gt;[0] = \@di;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="204"></a>204</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $dm-&gt;[1] = \%di;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="205"></a>205</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="206"></a>206</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (defined $pm) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="207"></a>207</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $pm-&gt;[0] = \@pi;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="208"></a>208</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $pm-&gt;[1] = \%pi;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="209"></a>209</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="210"></a>210</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    bless [ $am, $dm, $pm, \%V ], $class;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="211"></a>211</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="212"></a>212</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="213"></a>213</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub new {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="214"></a>214</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($class, $g, %opt) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="215"></a>215</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my %am_opt = (distance_matrix =&gt; 1);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="216"></a>216</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (exists $opt{attribute_name}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="217"></a>217</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $am_opt{attribute_name} = $opt{attribute_name};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="218"></a>218</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        delete $opt{attribute_name};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="219"></a>219</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="220"></a>220</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ($opt{distance_matrix}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="221"></a>221</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $am_opt{distance_matrix} = $opt{distance_matrix};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="222"></a>222</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="223"></a>223</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    delete $opt{distance_matrix};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="224"></a>224</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (exists $opt{path}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="225"></a>225</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $opt{path_length}   = $opt{path};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="226"></a>226</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $opt{path_vertices} = $opt{path};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="227"></a>227</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        delete $opt{path};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="228"></a>228</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="229"></a>229</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $want_path_length;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="230"></a>230</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (exists $opt{path_length}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="231"></a>231</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $want_path_length = $opt{path_length};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="232"></a>232</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        delete $opt{path_length};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="233"></a>233</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="234"></a>234</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $want_path_vertices;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="235"></a>235</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (exists $opt{path_vertices}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="236"></a>236</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $want_path_vertices = $opt{path_vertices};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="237"></a>237</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        delete $opt{path_vertices};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="238"></a>238</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="239"></a>239</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $want_reflexive;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="240"></a>240</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (exists $opt{reflexive}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="241"></a>241</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $want_reflexive = $opt{reflexive};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="242"></a>242</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        delete $opt{reflexive};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="243"></a>243</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="244"></a>244</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $want_transitive;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="245"></a>245</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (exists $opt{is_transitive}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="246"></a>246</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $want_transitive = $opt{is_transitive};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="247"></a>247</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $am_opt{is_transitive} = $want_transitive;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="248"></a>248</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        delete $opt{is_transitive};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="249"></a>249</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="250"></a>250</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    die &quot;Graph::TransitiveClosure::Matrix::new: Unknown options: @{[map { qq['$_' =&gt; $opt{$_}]} keys %opt]}&quot;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="251"></a>251</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        if keys %opt;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="252"></a>252</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $want_reflexive = 1 unless defined $want_reflexive;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="253"></a>253</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $want_path = $want_path_length || $want_path_vertices;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="254"></a>254</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # $g-&gt;expect_dag if $want_path;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="255"></a>255</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    _new($g, $class,</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="256"></a>256</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">         \%am_opt,</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="257"></a>257</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">         $want_transitive, $want_reflexive,</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="258"></a>258</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">         $want_path, $want_path_vertices);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="259"></a>259</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="260"></a>260</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="261"></a>261</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub has_vertices {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="262"></a>262</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $tc = shift;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="263"></a>263</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    for my $v (@_) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="264"></a>264</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        return 0 unless exists $tc-&gt;[3]-&gt;{ $v };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="265"></a>265</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="266"></a>266</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="267"></a>267</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="268"></a>268</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="269"></a>269</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub is_reachable {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="270"></a>270</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($tc, $u, $v) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="271"></a>271</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return undef unless $tc-&gt;has_vertices($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="272"></a>272</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return 1 if $u eq $v;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="273"></a>273</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $tc-&gt;[0]-&gt;get($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="274"></a>274</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="275"></a>275</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="276"></a>276</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub is_transitive {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="277"></a>277</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (@_ == 1) {        # Any graph.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="278"></a>278</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        __PACKAGE__-&gt;new($_[0], is_transitive =&gt; 1);        # Scary.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="279"></a>279</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    } else {                # A TC graph.</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="280"></a>280</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my ($tc, $u, $v) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="281"></a>281</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        return undef unless $tc-&gt;has_vertices($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="282"></a>282</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $tc-&gt;[0]-&gt;get($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="283"></a>283</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="284"></a>284</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="285"></a>285</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="286"></a>286</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub vertices {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="287"></a>287</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $tc = shift;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="288"></a>288</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    values %{ $tc-&gt;[3] };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="289"></a>289</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="290"></a>290</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="291"></a>291</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub path_length {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="292"></a>292</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($tc, $u, $v) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="293"></a>293</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return undef unless $tc-&gt;has_vertices($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="294"></a>294</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return 0 if $u eq $v;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="295"></a>295</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $tc-&gt;[1]-&gt;get($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="296"></a>296</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="297"></a>297</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="298"></a>298</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub path_predecessor {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="299"></a>299</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($tc, $u, $v) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="300"></a>300</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return undef if $u eq $v;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="301"></a>301</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return undef unless $tc-&gt;has_vertices($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="302"></a>302</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $tc-&gt;[2]-&gt;get($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="303"></a>303</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="304"></a>304</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="305"></a>305</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub path_vertices {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="306"></a>306</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($tc, $u, $v) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="307"></a>307</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return unless $tc-&gt;is_reachable($u, $v);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="308"></a>308</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return wantarray ? () : 0 if $u eq $v;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="309"></a>309</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my @v = ( $u );</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="310"></a>310</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    while ($u ne $v) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="311"></a>311</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        last unless defined($u = $tc-&gt;path_predecessor($u, $v));</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="312"></a>312</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        push @v, $u;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="313"></a>313</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="314"></a>314</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $tc-&gt;[2]-&gt;set($u, $v, [ @v ]) if @v;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="315"></a>315</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return @v;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="316"></a>316</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="317"></a>317</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="318"></a>318</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 3&micro;s">3&micro;s</span></td><td></td><td></td><td class="s">1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="319"></a>319</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">__END__</td></tr>
+</tbody></table></div>
+        
+            <script type="text/javascript"> $(document).ready(function() { 
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+        $("#subs_table").tablesorter({
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+ } ); </script>
+        
+        <div class="footer">Report produced by the
+        <a href="http://search.cpan.org/dist/Devel-NYTProf/">NYTProf 4.06</a>
+        Perl profiler, developed by
+        <a href="http://www.linkedin.com/in/timbunce">Tim Bunce</a> and
+        <a href="http://code.nytimes.com">Adam Kaplan</a>.
+        </div>
+        <br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br />
+    </body></html>
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