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nytprof run results of /variantgraph/<ID> and /relation/<ID>/relationships
[scpubgit/stemmatology.git] / stemmaweb / nytprof-runs / variantgraph-uuid / Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html
diff --git a/stemmaweb/nytprof-runs/variantgraph-uuid/Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html b/stemmaweb/nytprof-runs/variantgraph-uuid/Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a2706fe
--- /dev/null
+++ b/stemmaweb/nytprof-runs/variantgraph-uuid/Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html
@@ -0,0 +1,295 @@
+    <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
+    <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
+<!--
+This file was generated by Devel::NYTProf version 4.06
+-->
+<head>
+    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
+    <meta http-equiv="Content-Language" content="en-us" />
+    <title>Profile of Graph/AdjacencyMatrix.pm</title>
+<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css" />
+    <script type="text/javascript" src="js/jquery-min.js"></script> 
+
+    <script type="text/javascript" src="js/jquery-tablesorter-min.js"></script> 
+    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="js/style-tablesorter.css" />
+    <script type="text/javascript">
+    // when a column is first clicked on to sort it, use descending order
+    // XXX doesn't seem to work (and not just because the tablesorter formatSortingOrder() is broken)
+    $.tablesorter.defaults.sortInitialOrder = "desc";
+    // add parser through the tablesorter addParser method 
+    $.tablesorter.addParser({
+        id: 'fmt_time',   // name of this parser
+        is: function(s) { 
+            return false; // return false so this parser is not auto detected 
+        }, 
+        format: function(orig) { // format data for normalization 
+            // console.log(orig);
+            val = orig.replace(/ns/,'');
+            if (val != orig) { return val / (1000*1000*1000); } 
+            val = orig.replace(/µs/,''); /* XXX use &micro; ? */
+            if (val != orig) { return val / (1000*1000); } 
+            var val = orig.replace(/ms/,'');
+            if (val != orig) { return val / (1000); }
+            var val = orig.replace(/s/,'');
+            if (val != orig) { return val; }
+            if (orig == '0') { return orig; } 
+            console.log('no match for fmt_time of '.concat(orig));
+            return orig;
+        },
+        type: 'numeric' // set type, either numeric or text 
+    }); 
+    </script> 
+</head>
+
+<body > 
+<div class="header" style="position: relative; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; z-index: 0; ">
+<div class="header_back">
+            <a href="index.html">&larr; Index</a>
+        </div>
+<div class="headerForeground" style="float: left">
+    <span class="siteTitle">NYTProf Performance Profile</span>
+    <span class="siteSubtitle">&emsp;&emsp;<span>&laquo;&emsp;<span class="mode_btn mode_btn_selected">block view</span>&emsp;&bull;&emsp;<span class="mode_btn"><a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-line.html">line view</a></span>&emsp;&bull;&emsp;<span class="mode_btn"><a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-sub.html">sub view</a></span>&emsp;&raquo;</span><br />
+            For script/nytprof.pl
+        </span>
+</div>
+<div class="headerForeground" style="float: right; text-align: right">
+    <span class="siteTitle">&nbsp;</span>
+    <span class="siteSubtitle">Run on Thu May 31 16:29:39 2012<br />Reported on Thu May 31 16:36:15 2012</span>
+</div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 0%; width: 100%; height: 101%; z-index: -1; background-color: rgb(17, 136, 255); "></div>
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+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 14%; width: 100%; height: 87%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 126, 245); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 16%; width: 100%; height: 85%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 125, 244); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 18%; width: 100%; height: 83%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 123, 242); "></div>
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+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 22%; width: 100%; height: 79%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 121, 240); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 24%; width: 100%; height: 77%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 119, 238); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 26%; width: 100%; height: 75%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 118, 237); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 28%; width: 100%; height: 73%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 116, 235); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 30%; width: 100%; height: 71%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 115, 234); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 32%; width: 100%; height: 69%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 114, 233); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 34%; width: 100%; height: 67%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 112, 231); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 36%; width: 100%; height: 65%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 111, 230); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 38%; width: 100%; height: 63%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 110, 229); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 40%; width: 100%; height: 61%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 108, 227); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 42%; width: 100%; height: 59%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 107, 226); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 44%; width: 100%; height: 57%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 106, 225); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 46%; width: 100%; height: 55%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 104, 223); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 48%; width: 100%; height: 53%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 103, 222); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 50%; width: 100%; height: 51%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 102, 221); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 52%; width: 100%; height: 49%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 100, 219); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 54%; width: 100%; height: 47%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 99, 218); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 56%; width: 100%; height: 45%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 97, 216); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 58%; width: 100%; height: 43%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 96, 215); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 60%; width: 100%; height: 41%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 95, 214); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 62%; width: 100%; height: 39%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 93, 212); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 64%; width: 100%; height: 37%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 92, 211); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 66%; width: 100%; height: 35%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 91, 210); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 68%; width: 100%; height: 33%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 89, 208); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 70%; width: 100%; height: 31%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 88, 207); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 72%; width: 100%; height: 29%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 87, 206); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 74%; width: 100%; height: 27%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 85, 204); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 76%; width: 100%; height: 25%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 84, 203); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 78%; width: 100%; height: 23%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 82, 201); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 80%; width: 100%; height: 21%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 81, 200); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 82%; width: 100%; height: 19%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 80, 199); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 84%; width: 100%; height: 17%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 78, 197); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 86%; width: 100%; height: 15%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 77, 196); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 88%; width: 100%; height: 13%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 76, 195); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 90%; width: 100%; height: 11%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 74, 193); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 92%; width: 100%; height: 9%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 73, 192); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 94%; width: 100%; height: 7%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 72, 191); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 96%; width: 100%; height: 5%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 70, 189); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 98%; width: 100%; height: 3%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 69, 188); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 100%; width: 100%; height: 1%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 68, 187); "></div>
+</div>
+
+<div class="body_content"><br />
+<table class="file_summary"><tr><td class="h">Filename</td><td align="left"><a href="file:///Users/edenc/perl5/lib/perl5/Graph/AdjacencyMatrix.pm">/Users/edenc/perl5/lib/perl5/Graph/AdjacencyMatrix.pm</a></td></tr>
+<tr><td class="h">Statements</td><td align="left">Executed 11 statements in 750&micro;s</td></tr></table>
+        
+        <table id="subs_table" border="1" cellpadding="0" class="tablesorter">
+        <caption>Subroutines</caption>
+        <thead>
+        <tr>
+        <th>Calls</th>
+        <th><span title="Number of Places sub is called from">P</span></th>
+        <th><span title="Number of Files sub is called from">F</span></th>
+        <th>Exclusive<br />Time</th>
+        <th>Inclusive<br />Time</th>
+        <th>Subroutine</th>
+        </tr>
+        </thead>
+    <tbody>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c0"><span title="0.0%">696&micro;s</span></td><td class="c0"><span title="0.0%">711&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::BEGIN@5</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#5">BEGIN@5</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c0"><span title="0.0%">226&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">242&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::BEGIN@6</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#6">BEGIN@6</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">17&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">19&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::BEGIN@3</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#3">BEGIN@3</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">8&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">264&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::BEGIN@10</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#10">BEGIN@10</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">8&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">65&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::BEGIN@8</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#8">BEGIN@8</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::adjacency_matrix</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#82">adjacency_matrix</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::distance</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#102">distance</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::distance_matrix</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#87">distance_matrix</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::is_adjacent</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#97">is_adjacent</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::new</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#15">new</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Graph::AdjacencyMatrix::::vertices</span>Graph::AdjacencyMatrix::<a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#92">vertices</a></span></td></tr>
+</tbody></table>
+                Call graph for these subroutines as a
+                <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Graphviz">Graphviz</a>
+                <a href="Users-edenc-perl5-lib-perl5-Graph-AdjacencyMatrix-pm.dot">dot language file</a>.
+            
+      <table border="1" cellpadding="0">
+      <thead>
+      <tr><th>Line</th>
+      <th><span title="Number of statements executed">State<br />ments</span></th>
+      <th><span title="Time spend executing statements on the line,
+        excluding time spent executing statements in any called subroutines">Time<br />on line</span></th>
+      <th><span title="Number of subroutines calls">Calls</span></th>
+      <th><span title="Time spent in subroutines called (inclusive)">Time<br />in subs</span></th>
+      <th class="left_indent_header">Code</th>
+      </tr>
+
+      </thead>
+      <tbody>
+    <tr><td class="h"><a name="1"></a>1</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">package Graph::AdjacencyMatrix;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="2"></a>2</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="3"></a>3</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 12&micro;s">24&micro;s</span></td><td class="c3">2</td><td class="c3">22&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 19&micro;s (17+3) within Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@3 which was called:
+#    once (17&micro;s+3&micro;s) by Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@5 at <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#3">line 3</a></div></div>use strict;<div class="calls"><div class="calls_out"># spent    19&micro;s making 1 call to <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#3">Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@3</a>
+# spent     3&micro;s making 1 call to <a href="strict-pm-3-block.html#34">strict::import</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="4"></a>4</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="5"></a>5</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 54&micro;s">108&micro;s</span></td><td class="c3">1</td><td class="c0">711&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 711&micro;s (696+15) within Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@5 which was called:
+#    once (696&micro;s+15&micro;s) by Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@5 at <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#5">line 5</a></div></div>use Graph::BitMatrix;<div class="calls"><div class="calls_out"># spent   711&micro;s making 1 call to <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#5">Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@5</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="6"></a>6</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 50&micro;s">99&micro;s</span></td><td class="c3">1</td><td class="c3">242&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 242&micro;s (226+16) within Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@6 which was called:
+#    once (226&micro;s+16&micro;s) by Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@5 at <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#6">line 6</a></div></div>use Graph::Matrix;<div class="calls"><div class="calls_out"># spent   242&micro;s making 1 call to <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#6">Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@6</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="7"></a>7</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="8"></a>8</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 14&micro;s">28&micro;s</span></td><td class="c3">2</td><td class="c3">123&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 65&micro;s (8+58) within Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@8 which was called:
+#    once (8&micro;s+58&micro;s) by Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@5 at <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#8">line 8</a></div></div>use base 'Graph::BitMatrix';<div class="calls"><div class="calls_out"># spent    65&micro;s making 1 call to <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#8">Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@8</a>
+# spent    58&micro;s making 1 call to <a href="base-pm-22-block.html#58">base::import</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="9"></a>9</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="10"></a>10</td><td class="c3">2</td><td class="c0"><span title="Avg 245&micro;s">489&micro;s</span></td><td class="c3">2</td><td class="c1">520&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 264&micro;s (8+256) within Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@10 which was called:
+#    once (8&micro;s+256&micro;s) by Graph::TransitiveClosure::Matrix::BEGIN@5 at <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#10">line 10</a></div></div>use Graph::AdjacencyMap qw(:flags :fields);<div class="calls"><div class="calls_out"># spent   264&micro;s making 1 call to <a href="Graph-AdjacencyMatrix-pm-708-block.html#10">Graph::AdjacencyMatrix::BEGIN@10</a>
+# spent   256&micro;s making 1 call to <a href="Exporter-pm-8-block.html#28">Exporter::import</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="11"></a>11</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="12"></a>12</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _V () { 2 } # Graph::_V</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="13"></a>13</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _E () { 3 } # Graph::_E</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="14"></a>14</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="15"></a>15</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub new {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="16"></a>16</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($class, $g, %opt) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="17"></a>17</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $n;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="18"></a>18</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my @V = $g-&gt;vertices;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="19"></a>19</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $want_distance;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="20"></a>20</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (exists $opt{distance_matrix}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="21"></a>21</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $want_distance = $opt{distance_matrix};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="22"></a>22</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        delete $opt{distance_matrix};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="23"></a>23</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="24"></a>24</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $d = Graph::_defattr();</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="25"></a>25</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (exists $opt{attribute_name}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="26"></a>26</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $d = $opt{attribute_name};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="27"></a>27</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $want_distance++;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="28"></a>28</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="29"></a>29</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    delete $opt{attribute_name};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="30"></a>30</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $want_transitive = 0;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="31"></a>31</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (exists $opt{is_transitive}) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="32"></a>32</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $want_transitive = $opt{is_transitive};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="33"></a>33</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        delete $opt{is_transitive};</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="34"></a>34</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="35"></a>35</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    Graph::_opt_unknown(\%opt);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="36"></a>36</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ($want_distance) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="37"></a>37</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $n = Graph::Matrix-&gt;new($g);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="38"></a>38</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        for my $v (@V) { $n-&gt;set($v, $v, 0) }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="39"></a>39</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="40"></a>40</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $m = Graph::BitMatrix-&gt;new($g, connect_edges =&gt; $want_distance);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="41"></a>41</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ($want_distance) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="42"></a>42</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        # for my $u (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="43"></a>43</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        #     for my $v (@V) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="44"></a>44</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        #         if ($g-&gt;has_edge($u, $v)) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="45"></a>45</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        #             $n-&gt;set($u, $v,</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="46"></a>46</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        #                    $g-&gt;get_edge_attribute($u, $v, $d));</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="47"></a>47</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        #        }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="48"></a>48</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        #     }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="49"></a>49</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        # }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="50"></a>50</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $Vi = $g-&gt;[_V]-&gt;[_i];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="51"></a>51</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $Ei = $g-&gt;[_E]-&gt;[_i];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="52"></a>52</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my %V; @V{ @V } = 0 .. $#V;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="53"></a>53</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $n0 = $n-&gt;[0];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="54"></a>54</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $n1 = $n-&gt;[1];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="55"></a>55</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        if ($g-&gt;is_undirected) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="56"></a>56</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            for my $e (keys %{ $Ei }) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="57"></a>57</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my ($i0, $j0) = @{ $Ei-&gt;{ $e } };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="58"></a>58</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $i1 = $V{ $Vi-&gt;{ $i0 } };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="59"></a>59</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $j1 = $V{ $Vi-&gt;{ $j0 } };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="60"></a>60</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $u = $V[ $i1 ];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="61"></a>61</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $v = $V[ $j1 ];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="62"></a>62</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                $n0-&gt;[ $i1 ]-&gt;[ $j1 ] = </td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="63"></a>63</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    $g-&gt;get_edge_attribute($u, $v, $d);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="64"></a>64</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                $n0-&gt;[ $j1 ]-&gt;[ $i1 ] =</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="65"></a>65</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    $g-&gt;get_edge_attribute($v, $u, $d);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="66"></a>66</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="67"></a>67</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        } else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="68"></a>68</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            for my $e (keys %{ $Ei }) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="69"></a>69</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my ($i0, $j0) = @{ $Ei-&gt;{ $e } };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="70"></a>70</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $i1 = $V{ $Vi-&gt;{ $i0 } };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="71"></a>71</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $j1 = $V{ $Vi-&gt;{ $j0 } };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="72"></a>72</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $u = $V[ $i1 ];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="73"></a>73</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                my $v = $V[ $j1 ];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="74"></a>74</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                $n0-&gt;[ $i1 ]-&gt;[ $j1 ] =</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="75"></a>75</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                    $g-&gt;get_edge_attribute($u, $v, $d);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="76"></a>76</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="77"></a>77</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="78"></a>78</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="79"></a>79</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    bless [ $m, $n, [ @V ] ], $class;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="80"></a>80</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="81"></a>81</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="82"></a>82</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub adjacency_matrix {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="83"></a>83</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $am = shift;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="84"></a>84</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $am-&gt;[0];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="85"></a>85</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="86"></a>86</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="87"></a>87</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub distance_matrix {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="88"></a>88</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $am = shift;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="89"></a>89</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $am-&gt;[1];</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="90"></a>90</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="91"></a>91</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="92"></a>92</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub vertices {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="93"></a>93</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $am = shift;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="94"></a>94</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    @{ $am-&gt;[2] };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="95"></a>95</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="96"></a>96</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="97"></a>97</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub is_adjacent {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="98"></a>98</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($m, $u, $v) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="99"></a>99</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $m-&gt;[0]-&gt;get($u, $v) ? 1 : 0;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="100"></a>100</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="101"></a>101</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="102"></a>102</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub distance {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="103"></a>103</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($m, $u, $v) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="104"></a>104</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    defined $m-&gt;[1] ? $m-&gt;[1]-&gt;get($u, $v) : undef;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="105"></a>105</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="106"></a>106</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="107"></a>107</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 2&micro;s">2&micro;s</span></td><td></td><td></td><td class="s">1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="108"></a>108</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">__END__</td></tr>
+</tbody></table></div>
+        
+            <script type="text/javascript"> $(document).ready(function() { 
+
+        $("#subs_table").tablesorter({
+            sortList: [[3,1]],
+            headers: {
+                3: { sorter: 'fmt_time' },
+                4: { sorter: 'fmt_time' }
+            }
+        });
+    
+ } ); </script>
+        
+        <div class="footer">Report produced by the
+        <a href="http://search.cpan.org/dist/Devel-NYTProf/">NYTProf 4.06</a>
+        Perl profiler, developed by
+        <a href="http://www.linkedin.com/in/timbunce">Tim Bunce</a> and
+        <a href="http://code.nytimes.com">Adam Kaplan</a>.
+        </div>
+        <br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br />
+    </body></html>
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