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nytprof run results of /variantgraph/<ID> and /relation/<ID>/relationships
[scpubgit/stemmatology.git] / stemmaweb / nytprof-runs / variantgraph-uuid / Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html
diff --git a/stemmaweb/nytprof-runs/variantgraph-uuid/Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html b/stemmaweb/nytprof-runs/variantgraph-uuid/Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..052941b
--- /dev/null
+++ b/stemmaweb/nytprof-runs/variantgraph-uuid/Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html
@@ -0,0 +1,457 @@
+    <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
+    <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
+<!--
+This file was generated by Devel::NYTProf version 4.06
+-->
+<head>
+    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
+    <meta http-equiv="Content-Language" content="en-us" />
+    <title>Profile of Bio/Phylo/Util/CONSTANT.pm</title>
+<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css" />
+    <script type="text/javascript" src="js/jquery-min.js"></script> 
+
+    <script type="text/javascript" src="js/jquery-tablesorter-min.js"></script> 
+    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="js/style-tablesorter.css" />
+    <script type="text/javascript">
+    // when a column is first clicked on to sort it, use descending order
+    // XXX doesn't seem to work (and not just because the tablesorter formatSortingOrder() is broken)
+    $.tablesorter.defaults.sortInitialOrder = "desc";
+    // add parser through the tablesorter addParser method 
+    $.tablesorter.addParser({
+        id: 'fmt_time',   // name of this parser
+        is: function(s) { 
+            return false; // return false so this parser is not auto detected 
+        }, 
+        format: function(orig) { // format data for normalization 
+            // console.log(orig);
+            val = orig.replace(/ns/,'');
+            if (val != orig) { return val / (1000*1000*1000); } 
+            val = orig.replace(/µs/,''); /* XXX use &micro; ? */
+            if (val != orig) { return val / (1000*1000); } 
+            var val = orig.replace(/ms/,'');
+            if (val != orig) { return val / (1000); }
+            var val = orig.replace(/s/,'');
+            if (val != orig) { return val; }
+            if (orig == '0') { return orig; } 
+            console.log('no match for fmt_time of '.concat(orig));
+            return orig;
+        },
+        type: 'numeric' // set type, either numeric or text 
+    }); 
+    </script> 
+</head>
+
+<body > 
+<div class="header" style="position: relative; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; z-index: 0; ">
+<div class="header_back">
+            <a href="index.html">&larr; Index</a>
+        </div>
+<div class="headerForeground" style="float: left">
+    <span class="siteTitle">NYTProf Performance Profile</span>
+    <span class="siteSubtitle">&emsp;&emsp;<span>&laquo;&emsp;<span class="mode_btn"><a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-block.html">block view</a></span>&emsp;&bull;&emsp;<span class="mode_btn mode_btn_selected">line view</span>&emsp;&bull;&emsp;<span class="mode_btn"><a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-sub.html">sub view</a></span>&emsp;&raquo;</span><br />
+            For script/nytprof.pl
+        </span>
+</div>
+<div class="headerForeground" style="float: right; text-align: right">
+    <span class="siteTitle">&nbsp;</span>
+    <span class="siteSubtitle">Run on Thu May 31 16:29:39 2012<br />Reported on Thu May 31 16:40:05 2012</span>
+</div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 0%; width: 100%; height: 101%; z-index: -1; background-color: rgb(17, 136, 255); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 2%; width: 100%; height: 99%; z-index: -1; background-color: rgb(16, 134, 253); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 4%; width: 100%; height: 97%; z-index: -1; background-color: rgb(16, 133, 252); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 6%; width: 100%; height: 95%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 131, 250); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 8%; width: 100%; height: 93%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 130, 249); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 10%; width: 100%; height: 91%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 129, 248); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 12%; width: 100%; height: 89%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 127, 246); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 14%; width: 100%; height: 87%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 126, 245); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 16%; width: 100%; height: 85%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 125, 244); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 18%; width: 100%; height: 83%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 123, 242); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 20%; width: 100%; height: 81%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 122, 241); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 22%; width: 100%; height: 79%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 121, 240); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 24%; width: 100%; height: 77%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 119, 238); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 26%; width: 100%; height: 75%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 118, 237); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 28%; width: 100%; height: 73%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 116, 235); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 30%; width: 100%; height: 71%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 115, 234); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 32%; width: 100%; height: 69%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 114, 233); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 34%; width: 100%; height: 67%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 112, 231); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 36%; width: 100%; height: 65%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 111, 230); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 38%; width: 100%; height: 63%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 110, 229); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 40%; width: 100%; height: 61%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 108, 227); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 42%; width: 100%; height: 59%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 107, 226); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 44%; width: 100%; height: 57%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 106, 225); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 46%; width: 100%; height: 55%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 104, 223); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 48%; width: 100%; height: 53%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 103, 222); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 50%; width: 100%; height: 51%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 102, 221); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 52%; width: 100%; height: 49%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 100, 219); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 54%; width: 100%; height: 47%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 99, 218); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 56%; width: 100%; height: 45%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 97, 216); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 58%; width: 100%; height: 43%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 96, 215); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 60%; width: 100%; height: 41%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 95, 214); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 62%; width: 100%; height: 39%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 93, 212); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 64%; width: 100%; height: 37%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 92, 211); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 66%; width: 100%; height: 35%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 91, 210); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 68%; width: 100%; height: 33%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 89, 208); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 70%; width: 100%; height: 31%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 88, 207); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 72%; width: 100%; height: 29%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 87, 206); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 74%; width: 100%; height: 27%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 85, 204); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 76%; width: 100%; height: 25%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 84, 203); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 78%; width: 100%; height: 23%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 82, 201); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 80%; width: 100%; height: 21%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 81, 200); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 82%; width: 100%; height: 19%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 80, 199); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 84%; width: 100%; height: 17%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 78, 197); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 86%; width: 100%; height: 15%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 77, 196); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 88%; width: 100%; height: 13%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 76, 195); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 90%; width: 100%; height: 11%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 74, 193); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 92%; width: 100%; height: 9%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 73, 192); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 94%; width: 100%; height: 7%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 72, 191); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 96%; width: 100%; height: 5%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 70, 189); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 98%; width: 100%; height: 3%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 69, 188); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 100%; width: 100%; height: 1%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 68, 187); "></div>
+</div>
+
+<div class="body_content"><br />
+<table class="file_summary"><tr><td class="h">Filename</td><td align="left"><a href="file:///Users/edenc/perl5/lib/perl5/Bio/Phylo/Util/CONSTANT.pm">/Users/edenc/perl5/lib/perl5/Bio/Phylo/Util/CONSTANT.pm</a></td></tr>
+<tr><td class="h">Statements</td><td align="left">Executed 19 statements in 1.78ms</td></tr></table>
+        
+        <table id="subs_table" border="1" cellpadding="0" class="tablesorter">
+        <caption>Subroutines</caption>
+        <thead>
+        <tr>
+        <th>Calls</th>
+        <th><span title="Number of Places sub is called from">P</span></th>
+        <th><span title="Number of Files sub is called from">F</span></th>
+        <th>Exclusive<br />Time</th>
+        <th>Inclusive<br />Time</th>
+        <th>Subroutine</th>
+        </tr>
+        </thead>
+    <tbody>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c0"><span title="0.0%">49&micro;s</span></td><td class="c1"><span title="0.0%">49&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::BEGIN@7</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#7">BEGIN@7</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c0"><span title="0.0%">16&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">20&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::BEGIN@2</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#2">BEGIN@2</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">7&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">30&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::BEGIN@4</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#4">BEGIN@4</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">7&micro;s</span></td><td class="c0"><span title="0.0%">69&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::BEGIN@3</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#3">BEGIN@3</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">7&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">27&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::BEGIN@5</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#5">BEGIN@5</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::__ANON__[:205]</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#197">__ANON__[:205]</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::looks_like_class</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#254">looks_like_class</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::looks_like_hash</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#245">looks_like_hash</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::looks_like_implementor</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#226">looks_like_implementor</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::looks_like_instance</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#230">looks_like_instance</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::looks_like_number</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#212">looks_like_number</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::CONSTANT::::looks_like_object</span>Bio::Phylo::Util::CONSTANT::<a href="Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm-1162-line.html#214">looks_like_object</a></span></td></tr>
+</tbody></table>
+                Call graph for these subroutines as a
+                <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Graphviz">Graphviz</a>
+                <a href="Users-edenc-perl5-lib-perl5-Bio-Phylo-Util-CONSTANT-pm.dot">dot language file</a>.
+            
+      <table border="1" cellpadding="0">
+      <thead>
+      <tr><th>Line</th>
+      <th><span title="Number of statements executed">State<br />ments</span></th>
+      <th><span title="Time spend executing statements on the line,
+        excluding time spent executing statements in any called subroutines">Time<br />on line</span></th>
+      <th><span title="Number of subroutines calls">Calls</span></th>
+      <th><span title="Time spent in subroutines called (inclusive)">Time<br />in subs</span></th>
+      <th class="left_indent_header">Code</th>
+      </tr>
+
+      </thead>
+      <tbody>
+    <tr><td class="h"><a name="1"></a>1</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">package Bio::Phylo::Util::CONSTANT;</td></tr>
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+<tr><td class="h"><a name="134"></a>134</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"># If the result after optimization and constant folding is either a constant</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="135"></a>135</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"># or a lexically-scoped scalar which has no other references, then it will</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="136"></a>136</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"># be used in place of function calls made without &amp; or do.&quot;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="137"></a>137</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_OWL_ ()      { 'http://www.w3.org/2002/07/owl#' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="138"></a>138</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_DC_ ()       { 'http://purl.org/dc/elements/1.1/' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="139"></a>139</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_DCTERMS_ ()  { 'http://purl.org/dc/terms/' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="140"></a>140</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_NEXML_ ()    { 'http://www.nexml.org/2009' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="141"></a>141</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_RDF_ ()      { 'http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="142"></a>142</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_RDFS_ ()     { 'http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="143"></a>143</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_XSI_ ()      { 'http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="144"></a>144</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_XSD_ ()      { 'http://www.w3.org/2001/XMLSchema#' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="145"></a>145</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_XML_ ()      { 'http://www.w3.org/XML/1998/namespace' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="146"></a>146</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_TOL_ ()      { 'http://tolweb.org/tree/home.pages/downloadtree.html#' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="147"></a>147</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_CDAO_ ()     { 'http://www.evolutionaryontology.org/cdao/1.0/cdao.owl#' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="148"></a>148</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_BIOPHYLO_ () { 'http://search.cpan.org/dist/Bio-Phylo/terms#' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="149"></a>149</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_SKOS_ ()     { 'http://www.w3.org/2004/02/skos/core#' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="150"></a>150</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_PHYLOXML_ () { 'http://www.phyloxml.org/1.10/terms#' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="151"></a>151</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NS_TB2PURL_ ()  { 'http://purl.org/phylo/treebase/phylows/' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="152"></a>152</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="153"></a>153</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NEXML_VERSION_ () { '0.9' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="154"></a>154</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NONE_ ()          { 1 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="155"></a>155</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _NODE_ ()          { 2 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="156"></a>156</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _TREE_ ()          { 3 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="157"></a>157</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _FOREST_ ()        { 4 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="158"></a>158</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _TAXON_ ()         { 5 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="159"></a>159</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _TAXA_ ()          { 6 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="160"></a>160</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _DATUM_ ()         { 7 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="161"></a>161</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _MATRIX_ ()        { 8 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="162"></a>162</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _MATRICES_ ()      { 9 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="163"></a>163</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _SEQUENCE_ ()      { 10 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="164"></a>164</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _ALIGNMENT_ ()     { 11 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="165"></a>165</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _CHAR_ ()          { 12 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="166"></a>166</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _PROJECT_ ()       { 9 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="167"></a>167</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _CHARSTATE_ ()     { 13 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="168"></a>168</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _CHARSTATESEQ_ ()  { 14 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="169"></a>169</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _MATRIXROW_ ()     { 15 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="170"></a>170</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _ANNOTATION_ ()    { 16 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="171"></a>171</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _DICTIONARY_ ()    { 17 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="172"></a>172</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _DOMCREATOR_ ()    { 18 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="173"></a>173</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _META_ ()          { 19 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="174"></a>174</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _DESCRIPTION_ ()   { 20 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="175"></a>175</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _RESOURCE_ ()      { 21 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="176"></a>176</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _DOCUMENT_ ()      { 22 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="177"></a>177</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _ELEMENT_ ()       { 23 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="178"></a>178</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _CHARACTERS_ ()    { 24 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="179"></a>179</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _CHARACTER_ ()     { 25 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="180"></a>180</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _SET_ ()           { 26 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="181"></a>181</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _MODEL_ ()         { 27 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="182"></a>182</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _OPERATION_ ()     { 28 }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="183"></a>183</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="184"></a>184</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"># for PhyloWS</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="185"></a>185</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _HTTP_SC_SEE_ALSO_ () { '303 See Other' }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="186"></a>186</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="187"></a>187</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"># for tree drawing</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="188"></a>188</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub _PI_ () { 4 * atan2(1,1) }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="189"></a>189</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="190"></a>190</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"># this is a drop in replacement for Scalar::Util's function</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="191"></a>191</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 300ns">300ns</span></td><td></td><td></td><td class="s">my $looks_like_number;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="192"></a>192</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">{</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="193"></a>193</td><td class="c0">3</td><td class="c3"><span title="Avg 8&micro;s">23&micro;s</span></td><td class="c3">1</td><td class="c3">11&micro;s</td><td class="s">    eval { Scalar::Util::looks_like_number(0) };<div class="calls"><div class="calls_out">    # spent    11&micro;s making 1 call to <a href="Scalar-Util-pm-63-line.html#Scalar__Util__looks_like_number">Scalar::Util::looks_like_number</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="194"></a>194</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 600ns">600ns</span></td><td></td><td></td><td class="s">    if ($@) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="195"></a>195</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $LOOKS_LIKE_NUMBER_RE =</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="196"></a>196</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">          qr/^([-+]?\d+(\.\d+)?([eE][-+]\d+)?|Inf|NaN)$/;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="197"></a>197</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        $looks_like_number = sub {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="198"></a>198</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            my $num = shift;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="199"></a>199</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            if ( defined $num and $num =~ $LOOKS_LIKE_NUMBER_RE ) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="200"></a>200</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                return 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="201"></a>201</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="202"></a>202</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="203"></a>203</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                return;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="204"></a>204</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="205"></a>205</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">          }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="206"></a>206</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="207"></a>207</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="208"></a>208</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 1&micro;s">1&micro;s</span></td><td></td><td></td><td class="s">        $looks_like_number = \&amp;Scalar::Util::looks_like_number;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="209"></a>209</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="210"></a>210</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 1&micro;s">1&micro;s</span></td><td></td><td></td><td class="s">    undef($@);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="211"></a>211</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="212"></a>212</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub looks_like_number($) { return $looks_like_number-&gt;(shift) }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="213"></a>213</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="214"></a>214</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub looks_like_object($$) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="215"></a>215</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ( $object, $constant ) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="216"></a>216</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $type;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="217"></a>217</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    eval { $type = $object-&gt;_type };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="218"></a>218</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( $@ or $type != $constant ) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="219"></a>219</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        throw 'ObjectMismatch' =&gt; 'Invalid object!';</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="220"></a>220</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="221"></a>221</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="222"></a>222</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        return 1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="223"></a>223</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="224"></a>224</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="225"></a>225</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="226"></a>226</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub looks_like_implementor($$) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="227"></a>227</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return UNIVERSAL::can( $_[0], $_[1] );</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="228"></a>228</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="229"></a>229</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="230"></a>230</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub looks_like_instance($$) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="231"></a>231</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ( $object, $class ) = @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="232"></a>232</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( ref $object ) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="233"></a>233</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        if ( blessed $object ) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="234"></a>234</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            return $object-&gt;isa($class);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="235"></a>235</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="236"></a>236</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="237"></a>237</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            return ref $object eq $class;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="238"></a>238</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="239"></a>239</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="240"></a>240</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="241"></a>241</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        return;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="242"></a>242</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="243"></a>243</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="244"></a>244</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="245"></a>245</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub looks_like_hash(@) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="246"></a>246</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( scalar(@_) % 2 ) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="247"></a>247</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        throw 'OddHash' =&gt; 'Odd number of elements in hash assignment';</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="248"></a>248</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="249"></a>249</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    else {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="250"></a>250</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        return @_;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="251"></a>251</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="252"></a>252</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="253"></a>253</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="254"></a>254</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub looks_like_class($) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="255"></a>255</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $class = shift;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="256"></a>256</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $path  = $class;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="257"></a>257</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $path =~ s|::|/|g;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="258"></a>258</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    $path .= '.pm';</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="259"></a>259</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( not exists $INC{$path} ) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="260"></a>260</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        eval { require $path };</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="261"></a>261</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        if ($@) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="262"></a>262</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            throw 'ExtensionError' =&gt; $@;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="263"></a>263</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="264"></a>264</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="265"></a>265</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return $class;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="266"></a>266</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="267"></a>267</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 15&micro;s">15&micro;s</span></td><td></td><td></td><td class="s">1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="268"></a>268</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">__END__</td></tr>
+</tbody></table></div>
+        
+            <script type="text/javascript"> $(document).ready(function() { 
+
+        $("#subs_table").tablesorter({
+            sortList: [[3,1]],
+            headers: {
+                3: { sorter: 'fmt_time' },
+                4: { sorter: 'fmt_time' }
+            }
+        });
+    
+ } ); </script>
+        
+        <div class="footer">Report produced by the
+        <a href="http://search.cpan.org/dist/Devel-NYTProf/">NYTProf 4.06</a>
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+        </div>
+        <br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br />
+    </body></html>
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