nytprof run results of /variantgraph/<ID> and /relation/<ID>/relationships
[scpubgit/stemmatology.git] / stemmaweb / nytprof-runs / relation-uuid-relationships / (eval 739)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1150-line.html
diff --git a/stemmaweb/nytprof-runs/relation-uuid-relationships/(eval 739)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1150-line.html b/stemmaweb/nytprof-runs/relation-uuid-relationships/(eval 739)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1150-line.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b256390
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,189 @@
+    <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
+    <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
+<!--
+This file was generated by Devel::NYTProf version 4.06
+-->
+<head>
+    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
+    <meta http-equiv="Content-Language" content="en-us" />
+    <title>Profile of (eval 739)[Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm:135]</title>
+<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css" />
+    <script type="text/javascript" src="js/jquery-min.js"></script> 
+
+    <script type="text/javascript" src="js/jquery-tablesorter-min.js"></script> 
+    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="js/style-tablesorter.css" />
+    <script type="text/javascript">
+    // when a column is first clicked on to sort it, use descending order
+    // XXX doesn't seem to work (and not just because the tablesorter formatSortingOrder() is broken)
+    $.tablesorter.defaults.sortInitialOrder = "desc";
+    // add parser through the tablesorter addParser method 
+    $.tablesorter.addParser({
+        id: 'fmt_time',   // name of this parser
+        is: function(s) { 
+            return false; // return false so this parser is not auto detected 
+        }, 
+        format: function(orig) { // format data for normalization 
+            // console.log(orig);
+            val = orig.replace(/ns/,'');
+            if (val != orig) { return val / (1000*1000*1000); } 
+            val = orig.replace(/µs/,''); /* XXX use &micro; ? */
+            if (val != orig) { return val / (1000*1000); } 
+            var val = orig.replace(/ms/,'');
+            if (val != orig) { return val / (1000); }
+            var val = orig.replace(/s/,'');
+            if (val != orig) { return val; }
+            if (orig == '0') { return orig; } 
+            console.log('no match for fmt_time of '.concat(orig));
+            return orig;
+        },
+        type: 'numeric' // set type, either numeric or text 
+    }); 
+    </script> 
+</head>
+
+<body > 
+<div class="header" style="position: relative; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; z-index: 0; ">
+<div class="header_back">
+            <a href="index.html">&larr; Index</a>
+        </div>
+<div class="headerForeground" style="float: left">
+    <span class="siteTitle">NYTProf Performance Profile</span>
+    <span class="siteSubtitle">&emsp;&emsp;<br />
+            For script/nytprof.pl
+        </span>
+</div>
+<div class="headerForeground" style="float: right; text-align: right">
+    <span class="siteTitle">&nbsp;</span>
+    <span class="siteSubtitle">Run on Thu May 31 16:49:15 2012<br />Reported on Thu May 31 16:55:37 2012</span>
+</div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 0%; width: 100%; height: 101%; z-index: -1; background-color: rgb(17, 136, 255); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 2%; width: 100%; height: 99%; z-index: -1; background-color: rgb(16, 134, 253); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 4%; width: 100%; height: 97%; z-index: -1; background-color: rgb(16, 133, 252); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 6%; width: 100%; height: 95%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 131, 250); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 8%; width: 100%; height: 93%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 130, 249); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 10%; width: 100%; height: 91%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 129, 248); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 12%; width: 100%; height: 89%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 127, 246); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 14%; width: 100%; height: 87%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 126, 245); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 16%; width: 100%; height: 85%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 125, 244); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 18%; width: 100%; height: 83%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 123, 242); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 20%; width: 100%; height: 81%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 122, 241); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 22%; width: 100%; height: 79%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 121, 240); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 24%; width: 100%; height: 77%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 119, 238); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 26%; width: 100%; height: 75%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 118, 237); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 28%; width: 100%; height: 73%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 116, 235); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 30%; width: 100%; height: 71%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 115, 234); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 32%; width: 100%; height: 69%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 114, 233); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 34%; width: 100%; height: 67%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 112, 231); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 36%; width: 100%; height: 65%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 111, 230); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 38%; width: 100%; height: 63%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 110, 229); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 40%; width: 100%; height: 61%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 108, 227); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 42%; width: 100%; height: 59%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 107, 226); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 44%; width: 100%; height: 57%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 106, 225); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 46%; width: 100%; height: 55%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 104, 223); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 48%; width: 100%; height: 53%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 103, 222); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 50%; width: 100%; height: 51%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 102, 221); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 52%; width: 100%; height: 49%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 100, 219); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 54%; width: 100%; height: 47%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 99, 218); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 56%; width: 100%; height: 45%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 97, 216); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 58%; width: 100%; height: 43%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 96, 215); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 60%; width: 100%; height: 41%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 95, 214); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 62%; width: 100%; height: 39%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 93, 212); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 64%; width: 100%; height: 37%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 92, 211); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 66%; width: 100%; height: 35%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 91, 210); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 68%; width: 100%; height: 33%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 89, 208); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 70%; width: 100%; height: 31%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 88, 207); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 72%; width: 100%; height: 29%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 87, 206); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 74%; width: 100%; height: 27%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 85, 204); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 76%; width: 100%; height: 25%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 84, 203); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 78%; width: 100%; height: 23%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 82, 201); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 80%; width: 100%; height: 21%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 81, 200); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 82%; width: 100%; height: 19%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 80, 199); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 84%; width: 100%; height: 17%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 78, 197); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 86%; width: 100%; height: 15%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 77, 196); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 88%; width: 100%; height: 13%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 76, 195); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 90%; width: 100%; height: 11%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 74, 193); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 92%; width: 100%; height: 9%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 73, 192); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 94%; width: 100%; height: 7%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 72, 191); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 96%; width: 100%; height: 5%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 70, 189); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 98%; width: 100%; height: 3%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 69, 188); "></div>
+<div style="position: absolute; left: 0px; top: 100%; width: 100%; height: 1%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 68, 187); "></div>
+</div>
+
+<div class="body_content"><br />
+<table class="file_summary"><tr><td class="h">Filename</td><td align="left">(eval 739)[/Users/edenc/perl5/lib/perl5/Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm:135]</td></tr>
+<tr><td class="h">Statements</td><td align="left">Executed 8 statements in 146&micro;s</td></tr>
+<tr><td class="h">Eval Invoked At</td><td align="left"><a href="Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-1142-line.html#135">/Users/edenc/perl5/lib/perl5/Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm line 135</a></td></tr>
+<tr><td class="h">Sibling evals</td><td align="left"><a href="(eval 734)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1145-line.html">1</a>, <a href="(eval 735)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1146-line.html">2</a>, <a href="(eval 736)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1147-line.html">3</a>, <a href="(eval 737)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1148-line.html">4</a>, <a href="(eval 738)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1149-line.html">5</a>, 6, <a href="(eval 740)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1151-line.html">7</a>, <a href="(eval 741)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1152-line.html">8</a>, <a href="(eval 742)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1153-line.html">9</a>, <a href="(eval 743)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1154-line.html">10</a>, <a href="(eval 744)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1155-line.html">11</a>, <a href="(eval 745)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1156-line.html">12</a>, <a href="(eval 746)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1157-line.html">13</a>, <a href="(eval 747)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1158-line.html">14</a>, <a href="(eval 748)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1159-line.html">15</a>, <a href="(eval 749)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1160-line.html">16</a>, <a href="(eval 750)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1161-line.html">17</a></td></tr></table>
+        
+        <table id="subs_table" border="1" cellpadding="0" class="tablesorter">
+        <caption>Subroutines</caption>
+        <thead>
+        <tr>
+        <th>Calls</th>
+        <th><span title="Number of Places sub is called from">P</span></th>
+        <th><span title="Number of Files sub is called from">F</span></th>
+        <th>Exclusive<br />Time</th>
+        <th>Inclusive<br />Time</th>
+        <th>Subroutine</th>
+        </tr>
+        </thead>
+    <tbody>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">16&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">50&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::Exceptions::NetworkError::::BEGIN@2</span>Bio::Phylo::Util::Exceptions::NetworkError::<a href="(eval 739)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1150-line.html#2">BEGIN@2</a></span></td></tr>
+<tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">5&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">5&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::Util::Exceptions::NetworkError::::description</span>Bio::Phylo::Util::Exceptions::NetworkError::<a href="(eval 739)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1150-line.html#5">description</a></span></td></tr>
+</tbody></table>
+                Call graph for these subroutines as a
+                <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Graphviz">Graphviz</a>
+                <a href="(eval 739)[-Users-edenc-perl5-lib-perl5-Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135].dot">dot language file</a>.
+            
+      <table border="1" cellpadding="0">
+      <thead>
+      <tr><th>Line</th>
+      <th><span title="Number of statements executed">State<br />ments</span></th>
+      <th><span title="Time spend executing statements on the line,
+        excluding time spent executing statements in any called subroutines">Time<br />on line</span></th>
+      <th><span title="Number of subroutines calls">Calls</span></th>
+      <th><span title="Time spent in subroutines called (inclusive)">Time<br />in subs</span></th>
+      <th class="left_indent_header">Code</th>
+      </tr>
+
+      </thead>
+      <tbody>
+    <tr><td class="h"><a name="1"></a>1</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">package Bio::Phylo::Util::Exceptions::NetworkError;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="2"></a>2</td><td class="c1">2</td><td class="c0"><span title="Avg 40&micro;s">81&micro;s</span></td><td class="c3">2</td><td class="c3">84&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 50&micro;s (16+34) within Bio::Phylo::Util::Exceptions::NetworkError::BEGIN@2 which was called:
+#    once (16&micro;s+34&micro;s) by Bio::Phylo::Util::Exceptions::_make_exceptions at <a href="(eval 739)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1150-line.html#2">line 2</a></div></div>use vars '@ISA';<div class="calls"><div class="calls_out"># spent    50&micro;s making 1 call to <a href="(eval 739)[Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-135]-1150-line.html#2">Bio::Phylo::Util::Exceptions::NetworkError::BEGIN@2</a>
+# spent    34&micro;s making 1 call to <a href="vars-pm-6-line.html#10">vars::import</a></div></div></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="3"></a>3</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 8&micro;s">8&micro;s</span></td><td></td><td></td><td class="s">@ISA=qw(Bio::Phylo::Util::Exceptions::System);</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="4"></a>4</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 200ns">200ns</span></td><td></td><td></td><td class="s">my $desc;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="5"></a>5</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 5&micro;s within Bio::Phylo::Util::Exceptions::NetworkError::description which was called:
+#    once (5&micro;s+0s) by Bio::Phylo::Util::Exceptions::_make_exceptions at <a href="Bio-Phylo-Util-Exceptions-pm-1142-line.html#136">line 136 of Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm</a></div></div>sub description { </td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="6"></a>6</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 700ns">700ns</span></td><td></td><td></td><td class="s">        my $self = shift;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="7"></a>7</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 900ns">900ns</span></td><td></td><td></td><td class="s">        if ( @_ ) {</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="8"></a>8</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">                $desc = shift;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="9"></a>9</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        }</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="10"></a>10</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 7&micro;s">7&micro;s</span></td><td></td><td></td><td class="s">        return $desc;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="11"></a>11</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="12"></a>12</td><td class="c3">1</td><td class="c0"><span title="Avg 48&micro;s">48&micro;s</span></td><td></td><td></td><td class="s">1;</td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="13"></a>13</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
+<tr><td class="h"><a name="14"></a>14</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">;</td></tr>
+</tbody></table></div>
+        
+            <script type="text/javascript"> $(document).ready(function() { 
+
+        $("#subs_table").tablesorter({
+            sortList: [[3,1]],
+            headers: {
+                3: { sorter: 'fmt_time' },
+                4: { sorter: 'fmt_time' }
+            }
+        });
+    
+ } ); </script>
+        
+        <div class="footer">Report produced by the
+        <a href="http://search.cpan.org/dist/Devel-NYTProf/">NYTProf 4.06</a>
+        Perl profiler, developed by
+        <a href="http://www.linkedin.com/in/timbunce">Tim Bunce</a> and
+        <a href="http://code.nytimes.com">Adam Kaplan</a>.
+        </div>
+        <br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br /><br />
+    </body></html>
\ No newline at end of file