overhaul of analysis with corresponding updates to stemma graph generation
[scpubgit/stemmatology.git] / lib / Text / Tradition / Stemma.pm
index 3969c6d..864ed43 100644 (file)
@@ -27,15 +27,14 @@ Text::Tradition::Stemma - a representation of a I<stemma codicum> for a Text::Tr
 =head1 DESCRIPTION
 
 Text::Tradition is a library for representation and analysis of collated
-texts, particularly medieval ones.  The Collation is the central feature of
-a Tradition, where the text, its sequence of readings, and its relationships
-between readings are actually kept.
+texts, particularly medieval ones.  The Stemma is a representation of the
+copying relationships between the witnesses in a Tradition, modelled with
+a connected rooted directed acyclic graph (CRDAG).
 
 =head1 DOT SYNTAX
 
-The easiest way to define a stemma (which is a directed acyclic graph, denoting 
-the scholar's hypothesis concerning which text(s) were copied from which other(s)) 
-is to use a special form of the 'dot' syntax of GraphViz.  
+The easiest way to define a stemma is to use a special form of the 'dot' 
+syntax of GraphViz.  
 
 Each stemma opens with the line
 
@@ -107,7 +106,7 @@ has graph => (
     isa => 'Graph',
     predicate => 'has_graph',
     );
-        
+               
 sub BUILD {
     my( $self, $args ) = @_;
     # If we have been handed a dotfile, initialize it into a graph.
@@ -156,6 +155,14 @@ See the GraphViz documentation for the list of available options.
 sub as_dot {
     my( $self, $opts ) = @_;
     
+       ## See if we are including any a.c. witnesses in this graph.
+       my $graph = $self->graph;
+       if( exists $opts->{'layerwits'} ) {
+               my $extant = {};
+               map { $extant->{$_} = 1 } $self->witnesses;
+               $graph = $self->situation_graph( $extant, $opts->{'layerwits'} );
+       }
+
     # Get default and specified options
     my %graphopts = (
        # 'ratio' => 1,
@@ -176,7 +183,7 @@ sub as_dot {
                if $opts->{'node'};
        @edgeopts{ keys %{$opts->{'edge'}} } = values %{$opts->{'edge'}} 
                if $opts->{'edge'};
-
+               
        my @dotlines;
        push( @dotlines, 'digraph stemma {' );
        ## Print out the global attributes
@@ -185,18 +192,19 @@ sub as_dot {
        push( @dotlines, _make_dotline( 'node', %nodeopts ) ) if keys %nodeopts;
 
        # Add each of the nodes.
-    foreach my $n ( $self->graph->vertices ) {
-        if( $self->graph->has_vertex_attribute( $n, 'label' ) ) {
-               my $ltext = $self->graph->get_vertex_attribute( $n, 'label' );
+    foreach my $n ( $graph->vertices ) {
+        if( $graph->has_vertex_attribute( $n, 'label' ) ) {
+               my $ltext = $graph->get_vertex_attribute( $n, 'label' );
                push( @dotlines, _make_dotline( $n, 'label' => $ltext ) );
         } else {
                # Use the default display settings.
+               $n = _dotquote( $n );
             push( @dotlines, "  $n;" );
         }
     }
     # Add each of our edges.
-    foreach my $e ( $self->graph->edges ) {
-       my( $from, $to ) = @$e;
+    foreach my $e ( $graph->edges ) {
+       my( $from, $to ) = map { _dotquote( $_ ) } @$e;
        push( @dotlines, "  $from -> $to;" );
     }
     push( @dotlines, '}' );
@@ -204,19 +212,41 @@ sub as_dot {
     return join( "\n", @dotlines );
 }
 
-=head2 editable
+=head2 editable( $opts )
+
+=head2 editable_graph( $graph, $opts )
+
+Returns a version of the graph rendered in our definition format.  The
+output separates statements with a newline; set $opts->{'linesep'} to the 
+empty string or to a space if the result is to be sent via JSON.
 
-Returns a version of the graph rendered in our definition format.
+If a situational version of the stemma is required, the arguments for 
+situation_graph should be passed via $opts->{'extant'} and $opts->{'layerwits'}.
 
 =cut
 
 sub editable {
-       my $self = shift;
+       my( $self, $opts ) = @_;        
+       my $graph = $self->graph;
+       ## See if we need an editable version of a situational graph.
+       if( exists $opts->{'layerwits'} || exists $opts->{'extant'} ) {
+               my $extant = delete $opts->{'extant'} || {};
+               my $layerwits = delete $opts->{'layerwits'} || [];
+               $graph = $self->situation_graph( $extant, $layerwits );
+       }
+       return editable_graph( $graph, $opts );
+}
+
+sub editable_graph {
+       my( $graph, $opts ) = @_;
+
+       # Create the graph
+       my $join = ( $opts && exists $opts->{'linesep'} ) ? $opts->{'linesep'} : "\n";
        my @dotlines;
        push( @dotlines, 'digraph stemma {' );
        my @real; # A cheap sort
-    foreach my $n ( sort $self->graph->vertices ) {
-       my $c = $self->graph->get_vertex_attribute( $n, 'class' );
+    foreach my $n ( sort $graph->vertices ) {
+       my $c = $graph->get_vertex_attribute( $n, 'class' );
        $c = 'extant' unless $c;
        if( $c eq 'extant' ) {
                push( @real, $n );
@@ -228,29 +258,96 @@ sub editable {
        foreach my $n ( @real ) {
                push( @dotlines, _make_dotline( $n, 'class' => 'extant' ) );
        }
-       foreach my $e ( sort _by_vertex $self->graph->edges ) {
-               my( $from, $to ) = @$e;
+       foreach my $e ( sort _by_vertex $graph->edges ) {
+               my( $from, $to ) = map { _dotquote( $_ ) } @$e;
                push( @dotlines, "  $from -> $to;" );
        }
     push( @dotlines, '}' );
-    return join( "\n", @dotlines );
+    return join( $join, @dotlines );
 }
 
 sub _make_dotline {
        my( $obj, %attr ) = @_;
        my @pairs;
        foreach my $k ( keys %attr ) {
-               my $v = $attr{$k};
-               $v =~ s/\"/\\\"/g;
-               push( @pairs, "$k=\"$v\"" );
+               my $v = _dotquote( $attr{$k} );
+               push( @pairs, "$k=$v" );
        }
-       return sprintf( "  %s [ %s ];", $obj, join( ', ', @pairs ) );
+       return sprintf( "  %s [ %s ];", _dotquote( $obj ), join( ', ', @pairs ) );
 }
        
+sub _dotquote {
+       my( $str ) = @_;
+       return $str if $str =~ /^[A-Za-z0-9]+$/;
+       $str =~ s/\"/\\\"/g;
+       $str = '"' . $str . '"';
+       return $str;
+}
+
 sub _by_vertex {
        return $a->[0].$a->[1] cmp $b->[0].$b->[1];
 }
 
+=head2 situation_graph( $extant, $layered )
+
+Returns a graph which is the original stemma with all witnesses not in the
+%$extant hash marked as hypothetical, and witness layers added to the graph
+according to the list in @$layered.  A layered (a.c.) witness is added as a
+parent of its main version, and additionally shares all other parents and
+children with that version.
+
+=cut
+
+sub situation_graph {
+       my( $self, $extant, $layerwits ) = @_;
+       
+       my $graph = $self->graph->copy;
+       foreach my $vertex ( $graph->vertices ) {
+               # Set as extant any vertex that is extant in the stemma AND 
+               # exists in the $extant hash.
+               my $class = 'hypothetical';
+               $class = 'extant' if exists $extant->{$vertex} && $extant->{$vertex} &&
+                       $self->graph->get_vertex_attribute( $vertex, 'class' ) ne 'hypothetical';
+               $graph->set_vertex_attribute( $vertex, 'class', $class );
+       }
+       
+       # For each 'layered' witness in the layerwits array, add it to the graph
+       # as an ancestor of the 'main' witness, and otherwise with the same parent/
+       # child links as its main analogue.
+       # TOOD Handle case where B is copied from A but corrected from C
+       my $aclabel = $self->collation->ac_label;
+       foreach my $lw ( @$layerwits ) {
+               # Add the layered witness and set it with the same attributes as
+               # its 'main' analogue
+               throw( "Cannot add a layer to a hypothetical witness $lw" )
+                       unless $graph->get_vertex_attribute( $lw, 'class' ) eq 'extant';
+               my $lwac = $lw . $aclabel;
+               $graph->add_vertex( $lwac );
+               $graph->set_vertex_attributes( $lwac,
+                       $graph->get_vertex_attributes( $lw ) );
+                       
+               # Set it as ancestor to the main witness
+               $graph->add_edge( $lwac, $lw );
+               
+               # Give it the same ancestors and descendants as the main witness has,
+               # bearing in mind that those ancestors and descendants might also just
+               # have had a layered witness defined.
+               foreach my $v ( $graph->predecessors( $lw ) ) {
+                       next if $v eq $lwac; # Don't add a loop
+                       $graph->add_edge( $v, $lwac );
+                       $graph->add_edge( $v.$aclabel, $lwac )
+                               if $graph->has_vertex( $v.$aclabel );
+               }
+               foreach my $v ( $graph->successors( $lw ) ) {
+                       next if $v eq $lwac; # but this shouldn't occur
+                       $graph->add_edge( $lwac, $v );
+                       $graph->add_edge( $lwac, $v.$aclabel )
+                               if $graph->has_vertex( $v.$aclabel );
+               }
+       }
+       return $graph;
+}
+
 =head2 as_svg
 
 Returns an SVG representation of the graph, calling as_dot first.
@@ -261,7 +358,7 @@ sub as_svg {
     my( $self, $opts ) = @_;
     my $dot = $self->as_dot( $opts );
     my @cmd = qw/dot -Tsvg/;
-    my( $svg, $err );
+    my $svg;
     my $dotfile = File::Temp->new();
     ## TODO REMOVE
     # $dotfile->unlink_on_destroy(0);
@@ -269,8 +366,35 @@ sub as_svg {
     print $dotfile $dot;
     push( @cmd, $dotfile->filename );
     run( \@cmd, ">", binary(), \$svg );
-    $svg = decode_utf8( $svg );
-    return $svg;
+    # HACK: Parse the SVG and change the dimensions.
+    # Get rid of width and height attributes to allow scaling.
+    if( $opts->{'size'} ) {
+       require XML::LibXML;
+               my $parser = XML::LibXML->new();
+               my $svgdoc = $parser->parse_string( decode_utf8( $svg ) );
+       my( $ew, $eh ) = @{$opts->{'size'}};
+       # If the graph is wider than it is tall, set width to ew and remove height.
+       # Otherwise set height to eh and remove width.
+               my $width = $svgdoc->documentElement->getAttribute('width');
+               my $height = $svgdoc->documentElement->getAttribute('height');
+               $width =~ s/\D+//g;
+               $height =~ s/\D+//g;
+               my( $remove, $keep, $val );
+               if( $width > $height ) {
+                       $remove = 'height';
+                       $keep = 'width';
+                       $val = $ew . 'px';
+               } else {
+                       $remove = 'width';
+                       $keep = 'height';
+                       $val = $eh . 'px';
+               }
+               $svgdoc->documentElement->removeAttribute( $remove );
+               $svgdoc->documentElement->setAttribute( $keep, $val );
+               $svg = $svgdoc->toString();
+       }
+    # Return the result
+    return decode_utf8( $svg );
 }
 
 =head2 witnesses
@@ -286,6 +410,20 @@ sub witnesses {
     return @wits;
 }
 
+=head2 hypotheticals
+
+Returns a list of the hypothetical witnesses represented in the stemma.
+
+=cut
+
+sub hypotheticals {
+    my $self = shift;
+    my @wits = grep 
+       { $self->graph->get_vertex_attribute( $_, 'class' ) eq 'hypothetical' }
+        $self->graph->vertices;
+    return @wits;
+}
+
 sub throw {
        Text::Tradition::Error->throw( 
                'ident' => 'Stemma error',