fix circular-path bugs in the graph
[scpubgit/stemmatology.git] / lib / Text / Tradition / Collation.pm
index ea194ef..21b3c96 100644 (file)
@@ -69,9 +69,15 @@ has 'baselabel' => (
     );
 
 has 'collapsed' => (
-                   is => 'rw',
-                   isa => 'Bool',
-                   );
+    is => 'rw',
+    isa => 'Bool',
+    );
+
+has 'linear' => (
+    is => 'rw',
+    isa => 'Bool',
+    default => 1,
+    );
 
 
 # The collation can be created two ways:
@@ -135,6 +141,14 @@ sub merge_readings {
     return $self->graph->merge_nodes( @_ );
 }
 
+# Extra graph-alike utility
+sub has_path {
+    my( $self, $source, $target, $label ) = @_;
+    my @paths = $source->edges_to( $target );
+    my @relevant = grep { $_->label eq $label } @paths;
+    return scalar @paths;
+}
+
 =head2 Output method(s)
 
 =over
@@ -299,15 +313,15 @@ sub collapse_graph_edges {
                $label = join( ', ', @{$newlabels->{$newdest}} );
            } else {
                ## TODO FIX THIS HACK
-               my @pclabels;
+               my @aclabels;
                foreach my $wit ( @{$newlabels->{$newdest}} ) {
-                   if( $wit =~ /^(.*?)(\s*\(?p\.\s*c\.\)?)$/ ) {
-                       push( @pclabels, $wit );
+                   if( $wit =~ /^(.*?)(\s*\(?a\.\s*c\.\)?)$/ ) {
+                       push( @aclabels, $wit );
                    } else {
                        push( @compressed_wits, $wit );
                    }
                }
-               $label = join( ', ', 'majority', @pclabels );
+               $label = join( ', ', 'majority', @aclabels );
            }
            
            my $newedge = 
@@ -555,83 +569,35 @@ sub _remove_common {
 
 
 # An alternative to walk_witness_paths, for use when a collation is
-# constructed from a base text and an apparatus.  Also modifies the
-# collation graph to remove all 'base text' paths and replace them
-# with real witness paths.
+# constructed from a base text and an apparatus.  We have the
+# sequences of readings and just need to add path edges.
 
-sub walk_and_expand_base {
-    my( $self, $end ) = @_;
+sub make_witness_paths {
+    my( $self ) = @_;
 
     my @common_readings;
     foreach my $wit ( @{$self->tradition->witnesses} ) {
-       my $sig = $wit->sigil;
-       $DB::single = 1 if $sig eq 'Vb5';
-       my $post_sig;
-       $post_sig = $wit->post_correctione 
-           if $wit->has_post_correctione;
-       
-       my @wit_path = $self->reading_sequence( $self->start, $end, $sig );
-       $wit->path( \@wit_path );
-       $self->connect_readings_for_witness( $wit );
-       @common_readings = _find_common( \@common_readings, \@wit_path );
-
-       # If there is a post-correctio, get its path and compare.
-       # Add a correction range for each divergence.
-       if( $post_sig ) {
-           my @corr_wit_path = $self->reading_sequence( $self->start, $end, 
-                                                        "$sig$post_sig", $sig );
-
-           # Map ante-corr readings to their indices
-           my %in_orig; 
-           my $i = 0;
-           map { $in_orig{$_->name} = $i++ } @wit_path;
-
-           # Look for divergences
-           my $diverged = 0;
-           my $last_common;
-           my @correction;
-           foreach my $rdg ( @corr_wit_path ) {
-               if( exists( $in_orig{$rdg->name} ) && !$diverged ) {
-                   # We are reading the same here
-                   $last_common = $in_orig{$rdg->name};
-               } elsif ( exists( $in_orig{$rdg->name} ) ) {
-                   # We have been diverging but are reading the same again.
-                   # Add the correction to the witness.
-                   my $offset = $last_common + 1;
-                   my $length = $in_orig{$rdg->name} - $offset;
-                   $wit->add_correction( $offset, $length, @correction );
-                   $diverged = 0;
-                   @common_readings = _remove_common( \@common_readings, \@correction );
-                   @correction = ();
-                   $last_common = $in_orig{$rdg->name};
-               } elsif( $diverged ) {
-                   # We are in the middle of a divergence.
-                   push( @correction, $rdg );
-               } else {
-                   # We have started to diverge.  Note it.
-                   $diverged = 1;
-                   push( @correction, $rdg );
-               }
-           }
-           # Add any divergence that is at the end of the text
-           if( $diverged ) {
-               $wit->add_correction( $last_common+1, $#wit_path, \@correction );
-           }
-       }
-    }
-
-    # Remove any 'base text' paths.
-    foreach my $path ( $self->paths ) {
-       $self->del_path( $path ) 
-           if $path->label eq $self->baselabel;
+       print STDERR "Making path for " . $wit->sigil . "\n";
+       $self->make_witness_path( $wit );
+       @common_readings = _find_common( \@common_readings, $wit->path );
+       @common_readings = _find_common( \@common_readings, $wit->uncorrected_path );
     }
+    return @common_readings;
 }
 
-sub connect_readings_for_witness {
+sub make_witness_path {
     my( $self, $wit ) = @_;
     my @chain = @{$wit->path};
+    my $sig = $wit->sigil;
     foreach my $idx ( 0 .. $#chain-1 ) {
-       $self->add_path( $chain[$idx], $chain[$idx+1], $wit->sigil );
+       $self->add_path( $chain[$idx], $chain[$idx+1], $sig );
+    }
+    @chain = @{$wit->uncorrected_path};
+    foreach my $idx( 0 .. $#chain-1 ) {
+       my $source = $chain[$idx];
+       my $target = $chain[$idx+1];
+       $self->add_path( $source, $target, "$sig (a.c.)" )
+           unless $self->has_path( $source, $target, $sig );
     }
 }
 
@@ -656,8 +622,8 @@ sub calculate_positions {
     foreach my $wit ( @{$self->tradition->witnesses} ) {
        print STDERR "Calculating positions in " . $wit->sigil . "\n";
        _update_positions_from_path( $wit->path, @ordered_common );
-       _update_positions_from_path( $wit->corrected_path, @ordered_common )
-           if $wit->has_post_correctione;
+       _update_positions_from_path( $wit->uncorrected_path, @ordered_common )
+           if $wit->has_ante_corr;
     }
     
     # DEBUG
@@ -676,7 +642,6 @@ sub _update_positions_from_path {
     # that corresponds to its eventual position identifier.  Common
     # nodes always start a new row, and are thus always in the first
     # column.
-    
     my $wit_matrix = [];
     my $cn = 0;  # We should hit the common readings in order.
     my $row = [];
@@ -703,6 +668,7 @@ sub _update_positions_from_path {
        foreach my $di ( 1..scalar(@{$wit_matrix->[$li-1]}) ) {
            my $reading = $wit_matrix->[$li-1]->[$di-1];
            my $position = "$li,$di";
+
            # If we have seen this node before, we need to compare
            # its position with what went before.
            unless( $reading->has_position &&