t/data/pgsql/Chado-CV-PostGreSQL.sql

   1 -- The cvterm module design is based on the ontology
   2
   3 -- ================================================
   4 -- TABLE: cv
   5 -- ================================================
   6
   7 create table cv (
   8        cv_id serial not null,
   9        primary key (cv_id),
  10        cvname varchar not null,
  11        cvdefinition text,
  12
  13        unique(cvname)
  14 );
  15
  16 -- ================================================
  17 -- TABLE: cvterm
  18 -- ================================================
  19
  20 create table cvterm (
  21        cvterm_id serial not null,
  22        primary key (cvterm_id),
  23        cv_id int not null,
  24        foreign key (cv_id) references cv (cv_id),
  25        name varchar(255) not null,
  26        termdefinition text,
  27 -- the primary dbxref for this term.  Other dbxrefs may be cvterm_dbxref
  28        dbxref_id int,
  29        foreign key (dbxref_id) references dbxref (dbxref_id),
  30
  31        unique(termname, cv_id)
  32 -- The unique key on termname, termtype_id ensures that all terms are
  33 -- unique within a given cv
  34 );
  35 create index cvterm_idx1 on cvterm (cv_id);
  36
  37
  38 -- ================================================
  39 -- TABLE: cvrelationship
  40 -- ================================================
  41
  42 create table cvrelationship (
  43        cvrelationship_id serial not null,
  44        primary key (cvrelationship_id),
  45        reltype_id int not null,
  46        foreign key (reltype_id) references cvterm (cvterm_id),
  47        subjterm_id int not null,
  48        foreign key (subjterm_id) references cvterm (cvterm_id),
  49        objterm_id int not null,
  50        foreign key (objterm_id) references cvterm (cvterm_id),
  51
  52        unique(reltype_id, subjterm_id, objterm_id)
  53 );
  54 create index cvrelationship_idx1 on cvrelationship (reltype_id);
  55 create index cvrelationship_idx2 on cvrelationship (subjterm_id);
  56 create index cvrelationship_idx3 on cvrelationship (objterm_id);
  57
  58
  59 -- ================================================
  60 -- TABLE: cvpath
  61 -- ================================================
  62
  63 create table cvpath (
  64        cvpath_id serial not null,
  65        primary key (cvpath_id),
  66        reltype_id int,
  67        foreign key (reltype_id) references cvterm (cvterm_id),
  68        subjterm_id int not null,
  69        foreign key (subjterm_id) references cvterm (cvterm_id),
  70        objterm_id int not null,
  71        foreign key (objterm_id) references cvterm (cvterm_id),
  72        cv_id int not null,
  73        foreign key (cv_id) references cv (cv_id),
  74        pathdistance int,
  75
  76        unique (subjterm_id, objterm_id)
  77 );
  78 create index cvpath_idx1 on cvpath (reltype_id);
  79 create index cvpath_idx2 on cvpath (subjterm_id);
  80 create index cvpath_idx3 on cvpath (objterm_id);
  81 create index cvpath_idx4 on cvpath (cv_id);
  82
  83
  84 -- ================================================
  85 -- TABLE: cvtermsynonym
  86 -- ================================================
  87
  88 create table cvtermsynonym (
  89        cvterm_id int not null,
  90        foreign key (cvterm_id) references cvterm (cvterm_id),
  91        termsynonym varchar(255) not null,
  92
  93        unique(cvterm_id, termsynonym)
  94 );
  95 create index cvterm_synonym_idx1 on cvterm_synonym (cvterm_id);
  96
  97
  98 -- ================================================
  99 -- TABLE: cvterm_dbxref
 100 -- ================================================
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 102 create table cvterm_dbxref (
 103        cvterm_dbxref_id serial not null,
 104        primary key (cvterm_dbxref_id),
 105        cvterm_id int not null,
 106        foreign key (cvterm_id) references cvterm (cvterm_id),
 107        dbxref_id int not null,
 108        foreign key (dbxref_id) references dbxref (dbxref_id),
 109
 110        unique(cvterm_id, dbxref_id)
 111 );
 112 create index cvterm_dbxref_idx1 on cvterm_dbxref (cvterm_id);
 113 create index cvterm_dbxref_idx2 on cvterm_dbxref (dbxref_id);
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