t/data/access/gdpdm.ddl

   1 DROP TABLE div_aa_annotation;
   2 CREATE TABLE div_aa_annotation
   3  (
   4         div_aa_annotation_id                    Long Integer (4),
   5         div_annotation_type_id                  Long Integer (4),
   6         div_allele_assay_id                     Long Integer (4),
   7         annotation_value                        Text (50)
   8
   9 );
  10 -- CREATE ANY INDEXES ...
  11
  12 DROP TABLE div_allele;
  13 CREATE TABLE div_allele
  14  (
  15         div_allele_id                   Long Integer (4),
  16         div_obs_unit_sample_id                  Long Integer (4),
  17         div_allele_assay_id                     Long Integer (4),
  18         allele_num                      Long Integer (4),
  19         quality                 Long Integer (4),
  20         value                   Text (50)
  21
  22 );
  23 -- CREATE ANY INDEXES ...
  24
  25 DROP TABLE div_allele_assay;
  26 CREATE TABLE div_allele_assay
  27  (
  28         div_allele_assay_id                     Long Integer (4),
  29         div_marker_id                   Long Integer (4),
  30         div_poly_type_id                        Long Integer (4),
  31         comments                        Text (50),
  32         date                    DateTime (Short) (8),
  33         name                    Text (50),
  34         phase_determined                        Text (50),
  35         producer                        Text (50),
  36         position                        Text (50),
  37         ref_seq                 Text (50),
  38         div_ref_stock_id                        Long Integer (4),
  39         source_assay                    Text (50),
  40         length                  Long Integer (4)
  41
  42 );
  43 -- CREATE ANY INDEXES ...
  44
  45 DROP TABLE div_annotation_type;
  46 CREATE TABLE div_annotation_type
  47  (
  48         div_annotation_type_id                  Long Integer (4),
  49         anno_type                       Text (50)
  50
  51 );
  52 -- CREATE ANY INDEXES ...
  53
  54 DROP TABLE div_exp_entry;
  55 CREATE TABLE div_exp_entry
  56  (
  57         div_exp_entry_id                        Long Integer (4),
  58         div_experiment_id                       Long Integer (4),
  59         div_obsunit_id                  Long Integer (4),
  60         div_stock_id                    Long Integer (4),
  61         plant                   Text (50)
  62
  63 );
  64 -- CREATE ANY INDEXES ...
  65
  66 DROP TABLE div_experiment;
  67 CREATE TABLE div_experiment
  68  (
  69         div_experiment_id                       Long Integer (4),
  70         name                    Text (50),
  71         design                  Text (50),
  72         originator                      Text (50)
  73
  74 );
  75 -- CREATE ANY INDEXES ...
  76
  77 DROP TABLE div_generation;
  78 CREATE TABLE div_generation
  79  (
  80         div_generation_id                       Long Integer (4),
  81         value                   Text (50)
  82
  83 );
  84 -- CREATE ANY INDEXES ...
  85
  86 DROP TABLE div_locality;
  87 CREATE TABLE div_locality
  88  (
  89         div_locality_id                 Long Integer (4),
  90         elevation                       Long Integer (4),
  91         city                    Text (50),
  92         country                 Text (50),
  93         origcty                 Text (50),
  94         latitude                        Long Integer (4),
  95         longitude                       Long Integer (4),
  96         locality_name                   Text (50),
  97         state_province                  Text (50)
  98
  99 );
 100 -- CREATE ANY INDEXES ...
 101
 102 DROP TABLE div_locus;
 103 CREATE TABLE div_locus
 104  (
 105         div_locus_id                    Long Integer (4),
 106         chromosome_number                       Long Integer (4),
 107         comments                        Text (50),
 108         genetic_bin                     Text (50),
 109         genetic_map                     Text (50),
 110         genetic_position                        Long Integer (4),
 111         locus_type                      Text (50),
 112         name                    Text (50),
 113         physical_position                       Long Integer (4)
 114
 115 );
 116 -- CREATE ANY INDEXES ...
 117
 118 DROP TABLE div_marker;
 119 CREATE TABLE div_marker
 120  (
 121         div_marker_id                   Long Integer (4),
 122         div_locus_id                    Long Integer (4),
 123         name                    Text (50),
 124         ref_seq                 Text (50),
 125         div_ref_stock_id                        Long Integer (4)
 126
 127 );
 128 -- CREATE ANY INDEXES ...
 129
 130 DROP TABLE div_obs_unit;
 131 CREATE TABLE div_obs_unit
 132  (
 133         div_obs_unit_id                 Long Integer (4),
 134         div_experiment_id                       Long Integer (4),
 135         div_stock_id                    Long Integer (4),
 136         div_locality_id                 Long Integer (4),
 137         name                    Text (50),
 138         field_coord_x                   Long Integer (4),
 139         field_coord_y                   Long Integer (4),
 140         rep                     Long Integer (4),
 141         block                   Long Integer (4),
 142         plot                    Long Integer (4),
 143         plant                   Text (50),
 144         planting_date                   DateTime (Short) (8),
 145         harvest_date                    DateTime (Short) (8),
 146         summary                 Boolean
 147
 148 );
 149 -- CREATE ANY INDEXES ...
 150
 151 DROP TABLE div_obs_unit_sample;
 152 CREATE TABLE div_obs_unit_sample
 153  (
 154         div_obs_unit_sample_id                  Long Integer (4),
 155         div_obs_unit_id                 Long Integer (4),
 156         date                    DateTime (Short) (8),
 157         name                    Text (50),
 158         producer                        Text (50)
 159
 160 );
 161 -- CREATE ANY INDEXES ...
 162
 163 DROP TABLE div_passport;
 164 CREATE TABLE div_passport
 165  (
 166         div_passport_id                 Long Integer (4),
 167         div_locality_id                 Long Integer (4),
 168         accename                        Text (50),
 169         collnumb                        Long Integer (4),
 170         collector                       Text (50),
 171         remarks                 Text (50),
 172         genus                   Text (50),
 173         germplasm_type                  Text (50),
 174         local_name                      Text (50),
 175         population                      Text (50),
 176         race_name                       Text (50),
 177         reference                       Text (50),
 178         secondary_source                        Text (50),
 179         source                  Text (50),
 180         species                 Text (50),
 181         subspecies                      Text (50),
 182         instcode                        Text (50),
 183         accenumb                        Long Integer (4),
 184         collcode                        Text (50),
 185         spauthor                        Text (50),
 186         subtaxa                 Text (50),
 187         subtauthor                      Text (50),
 188         cropname                        Text (50),
 189         acqdate                 DateTime (Short) (8),
 190         colldate                        DateTime (Short) (8),
 191         bredcode                        Text (50),
 192         sampstat                        Text (50),
 193         collsrc                 Text (50),
 194         donorcode                       Text (50),
 195         donornumb                       Long Integer (4),
 196         othernumb                       Long Integer (4),
 197         duplsite                        Text (50),
 198         storage                 Text (50)
 199
 200 );
 201 -- CREATE ANY INDEXES ...
 202
 203 DROP TABLE div_poly_type;
 204 CREATE TABLE div_poly_type
 205  (
 206         div_poly_type_id                        Long Integer (4),
 207         poly_type                       Text (50)
 208
 209 );
 210 -- CREATE ANY INDEXES ...
 211
 212 DROP TABLE div_statistic_type;
 213 CREATE TABLE div_statistic_type
 214  (
 215         div_statistic_type_id                   Long Integer (4),
 216         stat_type                       Text (50)
 217
 218 );
 219 -- CREATE ANY INDEXES ...
 220
 221 DROP TABLE div_stock;
 222 CREATE TABLE div_stock
 223  (
 224         div_stock_id                    Long Integer (4),
 225         div_generation_id                       Long Integer (4),
 226         div_passport_id                 Long Integer (4),
 227         seed_lot                        Text (50)
 228
 229 );
 230 -- CREATE ANY INDEXES ...
 231
 232 DROP TABLE div_stock_parent;
 233 CREATE TABLE div_stock_parent
 234  (
 235         div_stock_parent_id                     Long Integer (4),
 236         div_stock_id                    Long Integer (4),
 237         div_parent_id                   Long Integer (4),
 238         recurrent                       Boolean,
 239         role                    Text (50)
 240
 241 );
 242 -- CREATE ANY INDEXES ...
 243
 244 DROP TABLE div_trait;
 245 CREATE TABLE div_trait
 246  (
 247         div_trait_id                    Long Integer (4),
 248         div_trait_uom_id                        Long Integer (4),
 249         div_statistic_type_id                   Long Integer (4),
 250         div_obs_unit_id                 Long Integer (4),
 251         date                    DateTime (Short) (8),
 252         value                   Text (50)
 253
 254 );
 255 -- CREATE ANY INDEXES ...
 256
 257 DROP TABLE div_trait_uom;
 258 CREATE TABLE div_trait_uom
 259  (
 260         div_trait_uom_id                        Long Integer (4),
 261         qtl_trait_ontology_id                   Long Integer (4),
 262         div_unit_of_measure_id                  Long Integer (4),
 263         local_trait_name                        Text (50)
 264
 265 );
 266 -- CREATE ANY INDEXES ...
 267
 268 DROP TABLE div_treatment;
 269 CREATE TABLE div_treatment
 270  (
 271         div_treatment_id                        Long Integer (4),
 272         div_treatment_uom_id                    Long Integer (4),
 273         div_obs_unit_id                 Long Integer (4),
 274         value                   Text (50)
 275
 276 );
 277 -- CREATE ANY INDEXES ...
 278
 279 DROP TABLE div_treatment_uom;
 280 CREATE TABLE div_treatment_uom
 281  (
 282         div_treatment_uom_id                    Long Integer (4),
 283         qtl_treatment_ontology_id                       Long Integer (4),
 284         div_unit_of_measure_id                  Long Integer (4)
 285
 286 );
 287 -- CREATE ANY INDEXES ...
 288
 289 DROP TABLE div_unit_of_measure;
 290 CREATE TABLE div_unit_of_measure
 291  (
 292         div_unit_of_measure_id                  Long Integer (4),
 293         unit_type                       Text (50)
 294
 295 );
 296 -- CREATE ANY INDEXES ...
 297
 298 DROP TABLE qtl_trait_ontology;
 299 CREATE TABLE qtl_trait_ontology
 300  (
 301         qtl_trait_ontology_id                   Long Integer (4)
 302
 303 );
 304 -- CREATE ANY INDEXES ...
 305
 306 DROP TABLE qtl_treatment_ontology;
 307 CREATE TABLE qtl_treatment_ontology
 308  (
 309         qtl_treatment_ontology_id                       Long Integer (4)
 310
 311 );
 312 -- CREATE ANY INDEXES ...
 313
 314
 315
 316 -- CREATE ANY Relationships ...