t/analysis.t

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use lib 'lib';
   6 use feature 'say';
   7 use Test::More;
   8 use Text::Tradition;
   9 use Text::Tradition::Analysis qw/ run_analysis /;
  10
  11 binmode STDOUT, ':utf8';
  12 binmode STDERR, ':utf8';
  13 eval { no warnings; binmode $DB::OUT, ':utf8'; $DB::deep = 1000 };
  14
  15 my $tradition = Text::Tradition->new(
  16         'input' => 'Self',
  17         'file' => 't/data/besoin.xml' );
  18 $tradition->add_stemma( 'dotfile' => 't/data/besoin.dot' );
  19
  20 # Run the analysis of the tradition
  21 ## TODO Make proper test db
  22 my $calcdsn = 'dbi:SQLite:dbname=t/data/analysis.db';
  23
  24 my %expected = (
  25     2 => 'type1',
  26     3 => 'genealogical',
  27     28 => 'genealogical',
  28     39 => 'genealogical',
  29     62 => 'type1',
  30     63 => 'type1',
  31     73 => 'reverted',
  32     76 => 'genealogical',
  33     91 => 'conflict',
  34     93 => 'genealogical',
  35     94 => 'genealogical',
  36     99 => 'reverted',
  37     110 => 'type1',
  38     117 => 'type1',
  39     136 => 'reverted',
  40     142 => 'conflict',
  41     155 => 'genealogical',
  42     170 => 'genealogical',
  43     182 => 'type1',
  44     205 => 'genealogical',
  45     219 => 'genealogical',
  46     239 => 'genealogical',
  47     244 => 'genealogical',
  48     245 => 'type1',
  49     251 => 'genealogical',
  50     252 => 'genealogical',
  51     293 => 'genealogical',
  52     295 => 'genealogical',
  53     309 => 'genealogical',
  54     310 => 'type1',
  55     314 => 'type1',
  56     315 => 'type1',
  57     317 => 'reverted',
  58     318 => 'genealogical',
  59     319 => 'genealogical',
  60     324 => 'type1',
  61     328 => 'reverted',
  62     334 => 'type1',
  63     335 => 'genealogical',
  64     350 => 'reverted',
  65     361 => 'reverted',
  66     367 => 'type1',
  67     370 => 'type1',
  68     382 => 'reverted',
  69     385 => 'reverted',
  70     406 => 'genealogical',
  71     413 => 'genealogical',
  72     417 => 'type1',
  73     418 => 'reverted',
  74     459 => 'type1',
  75     493 => 'genealogical',
  76     497 => 'reverted',
  77     499 => 'type1',
  78     500 => 'reverted',
  79     515 => 'reverted',
  80     556 => 'type1',
  81     558 => 'conflict',
  82     597 => 'type1',
  83     615 => 'type1',
  84     617 => 'type1',
  85     632 => 'genealogical',
  86     634 => 'genealogical',
  87     636 => 'genealogical',
  88     685 => 'genealogical',
  89     737 => 'genealogical',
  90     742 => 'reverted',
  91     743 => 'reverted',
  92     744 => 'reverted',
  93     745 => 'type1',
  94     746 => 'type1',
  95     747 => 'type1',
  96     757 => 'type1',
  97     762 => 'type1',
  98     763 => 'type1',
  99     777 => 'reverted',
 100     780 => 'genealogical',
 101     802 => 'type1',
 102     803 => 'type1',
 103     815 => 'type1',
 104     837 => 'genealogical',
 105     854 => 'type1',
 106     855 => 'type1',
 107     856 => 'type1',
 108     857 => 'type1',
 109     858 => 'type1',
 110     859 => 'type1',
 111     860 => 'type1',
 112     861 => 'type1',
 113     862 => 'type1',
 114     863 => 'type1',
 115     864 => 'type1',
 116     865 => 'type1',
 117     866 => 'type1',
 118     867 => 'type1',
 119     868 => 'type1',
 120     869 => 'type1',
 121     870 => 'type1',
 122     871 => 'type1',
 123     872 => 'type1',
 124     873 => 'type1',
 125     874 => 'type1',
 126     875 => 'type1',
 127     876 => 'type1',
 128     877 => 'type1',
 129     878 => 'type1',
 130     879 => 'type1',
 131     880 => 'type1',
 132     881 => 'type1',
 133     882 => 'type1',
 134     883 => 'type1',
 135     884 => 'type1',
 136     885 => 'type1',
 137     886 => 'type1',
 138     887 => 'type1',
 139     888 => 'type1',
 140     889 => 'type1',
 141     890 => 'type1',
 142     891 => 'type1',
 143     892 => 'type1',
 144     893 => 'type1',
 145     894 => 'type1',
 146     895 => 'type1',
 147     896 => 'type1',
 148     897 => 'conflict',
 149     898 => 'conflict',
 150     899 => 'type1',
 151     900 => 'type1',
 152     901 => 'type1',
 153     902 => 'type1',
 154     903 => 'type1',
 155     904 => 'type1',
 156     905 => 'type1',
 157     906 => 'type1',
 158     907 => 'type1',
 159     915 => 'type1',
 160     916 => 'type1',
 161     925 => 'genealogical',
 162     927 => 'type1',
 163     952 => 'genealogical',
 164     954 => 'genealogical',
 165     969 => 'genealogical',
 166     972 => 'genealogical',
 167     973 => 'genealogical',
 168     974 => 'type1',
 169     1003 => 'genealogical',
 170     1004 => 'genealogical' # check for transp
 171 );
 172
 173 my %num_readings;
 174
 175 my @all_variant_ranks = sort { $a <=> $b } keys( %expected );
 176 # Look through the results
 177 my $c = $tradition->collation;
 178 my %analysis_opts;
 179 my $results = run_analysis( $tradition, %analysis_opts );
 180 my @analyzed;
 181 foreach my $row ( @{$results->{'variants'}} ) {
 182         push( @analyzed, $row->{id} );
 183         $num_readings{$row->{id}} = scalar @{$row->{'readings'}};
 184         my $type = 'genealogical';
 185         if( grep { $_->{'is_conflict'} } @{$row->{'readings'}} ) {
 186                 $type = 'conflict';
 187         } elsif( grep { $_->{'is_reverted'} } @{$row->{'readings'}} ) {
 188                 $type = 'reverted';
 189         }
 190         my $expected = $expected{$row->{'id'}};
 191         $expected = 'genealogical' if $expected eq 'type1';
 192         is( $type, $expected, "Got expected genealogical result for rank " . $row->{'id'} );
 193         # If the row is genealogical, there should be one reading with no parents,
 194         # every reading should independently occur exactly once, and the total
 195         # number of changes + maybe-changes should equal the total number of
 196         # readings who have that one as a parent.
 197         ok( !exists $row->{'unsolved'}, "Got a solution for the stated problem" );
 198         next if exists $row->{'unsolved'};
 199         if( $row->{'genealogical'} ) {
 200                 # Make the mapping of parent -> child readings
 201                 my %is_parent;
 202                 my @has_no_parent;
 203                 foreach my $rdg ( @{$row->{'readings'}} ) {
 204                         my $parents = $rdg->{'source_parents'} || {};
 205                         foreach my $p ( keys %$parents ) {
 206                                 push( @{$is_parent{$p}}, $rdg->{'readingid'} );
 207                         }
 208                         push( @has_no_parent, $rdg->{'readingid'} ) unless keys %$parents;
 209                 }
 210                 # Test some stuff
 211                 foreach my $rdg ( @{$row->{'readings'}} ) {
 212                         is( @{$rdg->{'independent_occurrence'}}, 1,
 213                                 "Genealogical reading originates exactly once" );
 214                 }
 215                 is( @has_no_parent, 1, "Only one genealogical reading lacks a parent" );
 216         }
 217 }
 218 # Check that run_analysis ran an analysis on all our known variant ranks
 219 is_deeply( \@all_variant_ranks, \@analyzed, "Ran analysis for all expected rows" );
 220
 221 # Now run it again, excluding type 1 variants.
 222 map { delete $expected{$_} if $expected{$_} eq 'type1' } keys %expected;
 223 my @useful_variant_ranks = sort { $a <=> $b } keys( %expected );
 224 $analysis_opts{'exclude_type1'} = 1;
 225 @analyzed = ();
 226 $results = run_analysis( $tradition, %analysis_opts );
 227 foreach my $row ( @{$results->{'variants'}} ) {
 228         ok( !exists $row->{'unsolved'}, "Got a solution for the stated problem" );
 229         next if exists $row->{'unsolved'};
 230         push( @analyzed, $row->{id} );
 231         my $type = 'genealogical';
 232         if( grep { $_->{'is_conflict'} } @{$row->{'readings'}} ) {
 233                 $type = 'conflict';
 234         } elsif( grep { $_->{'is_reverted'} } @{$row->{'readings'}} ) {
 235                 $type = 'reverted';
 236         }
 237         is( $type, $expected{$row->{'id'}}, "Got expected genealogical result on exclude_type1 run for rank " . $row->{'id'} );
 238 }
 239 is_deeply( \@analyzed, \@useful_variant_ranks, "Ran analysis for all useful rows" );
 240
 241 # Now run it again, excluding orthography / spelling.
 242 my @merged_exclude = qw/ 76 136 142 155 293 317 319 335 350 361 413 500 515 636 685
 243         737 954 1003 /;
 244 # 205 now conflicts; it and 493 should also have one fewer reading
 245 $expected{205} = 'conflict';
 246 $num_readings{205}--;
 247 $num_readings{493}--;
 248 map { delete $expected{$_} } @merged_exclude;
 249 my @merged_remaining = sort { $a <=> $b } keys( %expected );
 250 $analysis_opts{'merge_types'} = [ qw/ orthographic spelling / ];
 251 @analyzed = ();
 252 $results = run_analysis( $tradition, %analysis_opts );
 253 foreach my $row ( @{$results->{'variants'}} ) {
 254         push( @analyzed, $row->{id} );
 255         ok( !exists $row->{'unsolved'}, "Got a solution for the stated problem" );
 256         next if exists $row->{'unsolved'};
 257         my $type = 'genealogical';
 258         if( grep { $_->{'is_conflict'} } @{$row->{'readings'}} ) {
 259                 $type = 'conflict';
 260         } elsif( grep { $_->{'is_reverted'} } @{$row->{'readings'}} ) {
 261                 $type = 'reverted';
 262         }
 263         is( $type, $expected{$row->{'id'}}, "Got expected genealogical result on merge_types run for rank " . $row->{'id'} );
 264         is( scalar @{$row->{'readings'}}, $num_readings{$row->{id}}, "Got expected number of readings during merge" );
 265 }
 266 is_deeply( \@analyzed, \@merged_remaining, "Ran analysis for all useful unmerged rows" );
 267
 268 done_testing();