stemmaweb/nytprof-runs/relation-uuid-relationships/Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html

   1     <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
   2     <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
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   8     <meta http-equiv="Content-Language" content="en-us" />
   9     <title>Profile of Bio/Phylo/IO.pm</title>
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  11     <script type="text/javascript" src="js/jquery-min.js"></script>
  12
  13     <script type="text/javascript" src="js/jquery-tablesorter-min.js"></script>
  14     <link rel="stylesheet" type="text/css" href="js/style-tablesorter.css" />
  15     <script type="text/javascript">
  16     // when a column is first clicked on to sort it, use descending order
  17     // XXX doesn't seem to work (and not just because the tablesorter formatSortingOrder() is broken)
  18     $.tablesorter.defaults.sortInitialOrder = "desc";
  19     // add parser through the tablesorter addParser method
  20     $.tablesorter.addParser({
  21         id: 'fmt_time',   // name of this parser
  22         is: function(s) {
  23             return false; // return false so this parser is not auto detected
  24         },
  25         format: function(orig) { // format data for normalization
  26             // console.log(orig);
  27             val = orig.replace(/ns/,'');
  28             if (val != orig) { return val / (1000*1000*1000); }
  29             val = orig.replace(/µs/,''); /* XXX use &micro; ? */
  30             if (val != orig) { return val / (1000*1000); }
  31             var val = orig.replace(/ms/,'');
  32             if (val != orig) { return val / (1000); }
  33             var val = orig.replace(/s/,'');
  34             if (val != orig) { return val; }
  35             if (orig == '0') { return orig; }
  36             console.log('no match for fmt_time of '.concat(orig));
  37             return orig;
  38         },
  39         type: 'numeric' // set type, either numeric or text
  40     });
  41     </script>
  42 </head>
  43
  44 <body >
  45 <div class="header" style="position: relative; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; z-index: 0; ">
  46 <div class="header_back">
  47             <a href="index.html">&larr; Index</a>
  48         </div>
  49 <div class="headerForeground" style="float: left">
  50     <span class="siteTitle">NYTProf Performance Profile</span>
  51     <span class="siteSubtitle">&emsp;&emsp;<span>&laquo;&emsp;<span class="mode_btn"><a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-block.html">block view</a></span>&emsp;&bull;&emsp;<span class="mode_btn"><a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-line.html">line view</a></span>&emsp;&bull;&emsp;<span class="mode_btn mode_btn_selected">sub view</span>&emsp;&raquo;</span><br />
  52             For script/nytprof.pl
  53         </span>
  54 </div>
  55 <div class="headerForeground" style="float: right; text-align: right">
  56     <span class="siteTitle">&nbsp;</span>
  57     <span class="siteSubtitle">Run on Thu May 31 16:49:15 2012<br />Reported on Thu May 31 16:50:49 2012</span>
  58 </div>
  59 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 0%; width: 100%; height: 101%; z-index: -1; background-color: rgb(17, 136, 255); "></div>
  60 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 2%; width: 100%; height: 99%; z-index: -1; background-color: rgb(16, 134, 253); "></div>
  61 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 4%; width: 100%; height: 97%; z-index: -1; background-color: rgb(16, 133, 252); "></div>
  62 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 6%; width: 100%; height: 95%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 131, 250); "></div>
  63 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 8%; width: 100%; height: 93%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 130, 249); "></div>
  64 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 10%; width: 100%; height: 91%; z-index: -1; background-color: rgb(15, 129, 248); "></div>
  65 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 12%; width: 100%; height: 89%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 127, 246); "></div>
  66 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 14%; width: 100%; height: 87%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 126, 245); "></div>
  67 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 16%; width: 100%; height: 85%; z-index: -1; background-color: rgb(14, 125, 244); "></div>
  68 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 18%; width: 100%; height: 83%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 123, 242); "></div>
  69 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 20%; width: 100%; height: 81%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 122, 241); "></div>
  70 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 22%; width: 100%; height: 79%; z-index: -1; background-color: rgb(13, 121, 240); "></div>
  71 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 24%; width: 100%; height: 77%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 119, 238); "></div>
  72 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 26%; width: 100%; height: 75%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 118, 237); "></div>
  73 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 28%; width: 100%; height: 73%; z-index: -1; background-color: rgb(12, 116, 235); "></div>
  74 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 30%; width: 100%; height: 71%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 115, 234); "></div>
  75 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 32%; width: 100%; height: 69%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 114, 233); "></div>
  76 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 34%; width: 100%; height: 67%; z-index: -1; background-color: rgb(11, 112, 231); "></div>
  77 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 36%; width: 100%; height: 65%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 111, 230); "></div>
  78 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 38%; width: 100%; height: 63%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 110, 229); "></div>
  79 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 40%; width: 100%; height: 61%; z-index: -1; background-color: rgb(10, 108, 227); "></div>
  80 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 42%; width: 100%; height: 59%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 107, 226); "></div>
  81 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 44%; width: 100%; height: 57%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 106, 225); "></div>
  82 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 46%; width: 100%; height: 55%; z-index: -1; background-color: rgb(9, 104, 223); "></div>
  83 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 48%; width: 100%; height: 53%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 103, 222); "></div>
  84 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 50%; width: 100%; height: 51%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 102, 221); "></div>
  85 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 52%; width: 100%; height: 49%; z-index: -1; background-color: rgb(8, 100, 219); "></div>
  86 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 54%; width: 100%; height: 47%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 99, 218); "></div>
  87 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 56%; width: 100%; height: 45%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 97, 216); "></div>
  88 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 58%; width: 100%; height: 43%; z-index: -1; background-color: rgb(7, 96, 215); "></div>
  89 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 60%; width: 100%; height: 41%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 95, 214); "></div>
  90 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 62%; width: 100%; height: 39%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 93, 212); "></div>
  91 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 64%; width: 100%; height: 37%; z-index: -1; background-color: rgb(6, 92, 211); "></div>
  92 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 66%; width: 100%; height: 35%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 91, 210); "></div>
  93 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 68%; width: 100%; height: 33%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 89, 208); "></div>
  94 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 70%; width: 100%; height: 31%; z-index: -1; background-color: rgb(5, 88, 207); "></div>
  95 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 72%; width: 100%; height: 29%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 87, 206); "></div>
  96 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 74%; width: 100%; height: 27%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 85, 204); "></div>
  97 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 76%; width: 100%; height: 25%; z-index: -1; background-color: rgb(4, 84, 203); "></div>
  98 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 78%; width: 100%; height: 23%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 82, 201); "></div>
  99 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 80%; width: 100%; height: 21%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 81, 200); "></div>
 100 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 82%; width: 100%; height: 19%; z-index: -1; background-color: rgb(3, 80, 199); "></div>
 101 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 84%; width: 100%; height: 17%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 78, 197); "></div>
 102 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 86%; width: 100%; height: 15%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 77, 196); "></div>
 103 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 88%; width: 100%; height: 13%; z-index: -1; background-color: rgb(2, 76, 195); "></div>
 104 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 90%; width: 100%; height: 11%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 74, 193); "></div>
 105 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 92%; width: 100%; height: 9%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 73, 192); "></div>
 106 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 94%; width: 100%; height: 7%; z-index: -1; background-color: rgb(1, 72, 191); "></div>
 107 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 96%; width: 100%; height: 5%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 70, 189); "></div>
 108 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 98%; width: 100%; height: 3%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 69, 188); "></div>
 109 <div style="position: absolute; left: 0px; top: 100%; width: 100%; height: 1%; z-index: -1; background-color: rgb(0, 68, 187); "></div>
 110 </div>
 111
 112 <div class="body_content"><br />
 113 <table class="file_summary"><tr><td class="h">Filename</td><td align="left"><a href="file:///Users/edenc/perl5/lib/perl5/Bio/Phylo/IO.pm">/Users/edenc/perl5/lib/perl5/Bio/Phylo/IO.pm</a></td></tr>
 114 <tr><td class="h">Statements</td><td align="left">Executed 14 statements in 1.62ms</td></tr></table>
 115
 116         <table id="subs_table" border="1" cellpadding="0" class="tablesorter">
 117         <caption>Subroutines</caption>
 118         <thead>
 119         <tr>
 120         <th>Calls</th>
 121         <th><span title="Number of Places sub is called from">P</span></th>
 122         <th><span title="Number of Files sub is called from">F</span></th>
 123         <th>Exclusive<br />Time</th>
 124         <th>Inclusive<br />Time</th>
 125         <th>Subroutine</th>
 126         </tr>
 127         </thead>
 128     <tbody>
 129 <tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c0"><span title="0.0%">5.80ms</span></td><td class="c0"><span title="0.0%">19.3ms</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::BEGIN@4</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#4">BEGIN@4</a></span></td></tr>
 130 <tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">28&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">265&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::BEGIN@7</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#7">BEGIN@7</a></span></td></tr>
 131 <tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">27&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">34&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::BEGIN@2</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#2">BEGIN@2</a></span></td></tr>
 132 <tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">17&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">150&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::BEGIN@3</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#3">BEGIN@3</a></span></td></tr>
 133 <tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">16&micro;s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">62&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::BEGIN@6</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#6">BEGIN@6</a></span></td></tr>
 134 <tr><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="0.0%">16&micro;s</span></td><td class="c0"><span title="0.0%">895&micro;s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::BEGIN@5</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#5">BEGIN@5</a></span></td></tr>
 135 <tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::DESTROY</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#331">DESTROY</a></span></td></tr>
 136 <tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::can_read</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#303">can_read</a></span></td></tr>
 137 <tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::can_write</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#323">can_write</a></span></td></tr>
 138 <tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::parse</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#155">parse</a></span></td></tr>
 139 <tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::parse_matrix</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#211">parse_matrix</a></span></td></tr>
 140 <tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::parse_tree</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#237">parse_tree</a></span></td></tr>
 141 <tr><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3">0</td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="c3"><span title="0.0%">0s</span></td><td class="sub_name"><span style="display: none;">Bio::Phylo::IO::::unparse</span>Bio::Phylo::IO::<a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#265">unparse</a></span></td></tr>
 142 </tbody></table>
 143                 Call graph for these subroutines as a
 144                 <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Graphviz">Graphviz</a>
 145                 <a href="Users-edenc-perl5-lib-perl5-Bio-Phylo-IO-pm.dot">dot language file</a>.
 146
 147       <table border="1" cellpadding="0">
 148       <thead>
 149       <tr><th>Line</th>
 150       <th><span title="Number of statements executed">State<br />ments</span></th>
 151       <th><span title="Time spend executing statements on the line,
 152         excluding time spent executing statements in any called subroutines">Time<br />on line</span></th>
 153       <th><span title="Number of subroutines calls">Calls</span></th>
 154       <th><span title="Time spent in subroutines called (inclusive)">Time<br />in subs</span></th>
 155       <th class="left_indent_header">Code</th>
 156       </tr>
 157
 158       </thead>
 159       <tbody>
 160     <tr><td class="h"><a name="1"></a>1</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">package Bio::Phylo::IO;</td></tr>
 161 <tr><td class="h"><a name="2"></a>2</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 25&micro;s">49&micro;s</span></td><td class="c3">2</td><td class="c3">41&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 34&micro;s (27+7) within Bio::Phylo::IO::BEGIN@2 which was called:
 162 #    once (27&micro;s+7&micro;s) by Text::Tradition::Stemma::BEGIN@3 at <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#2">line 2</a></div></div>use strict;<div class="calls"><div class="calls_out"># spent    34&micro;s making 1 call to <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#2">Bio::Phylo::IO::BEGIN@2</a>
 163 # spent     7&micro;s making 1 call to <a href="strict-pm-3-sub.html#34">strict::import</a></div></div></td></tr>
 164 <tr><td class="h"><a name="3"></a>3</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 24&micro;s">48&micro;s</span></td><td class="c3">2</td><td class="c3">282&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 150&micro;s (17+132) within Bio::Phylo::IO::BEGIN@3 which was called:
 165 #    once (17&micro;s+132&micro;s) by Text::Tradition::Stemma::BEGIN@3 at <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#3">line 3</a></div></div>use base 'Exporter';<div class="calls"><div class="calls_out"># spent   150&micro;s making 1 call to <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#3">Bio::Phylo::IO::BEGIN@3</a>
 166 # spent   133&micro;s making 1 call to <a href="base-pm-22-sub.html#58">base::import</a></div></div></td></tr>
 167 <tr><td class="h"><a name="4"></a>4</td><td class="c3">2</td><td class="c0"><span title="Avg 86&micro;s">171&micro;s</span></td><td class="c3">2</td><td class="c0">19.3ms</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 19.3ms (5.80+13.5) within Bio::Phylo::IO::BEGIN@4 which was called:
 168 #    once (5.80ms+13.5ms) by Text::Tradition::Stemma::BEGIN@3 at <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#4">line 4</a></div></div>use Bio::Phylo;<div class="calls"><div class="calls_out"># spent  19.3ms making 1 call to <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#4">Bio::Phylo::IO::BEGIN@4</a>
 169 # spent     6&micro;s making 1 call to <a href="Bio-Phylo-pm-1138-sub.html#34">Bio::Phylo::import</a></div></div></td></tr>
 170 <tr><td class="h"><a name="5"></a>5</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 32&micro;s">64&micro;s</span></td><td class="c3">2</td><td class="c0">1.77ms</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 895&micro;s (16+879) within Bio::Phylo::IO::BEGIN@5 which was called:
 171 #    once (16&micro;s+879&micro;s) by Text::Tradition::Stemma::BEGIN@3 at <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#5">line 5</a></div></div>use Bio::Phylo::Util::CONSTANT qw'/looks_like/ :objecttypes';<div class="calls"><div class="calls_out"># spent   895&micro;s making 1 call to <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#5">Bio::Phylo::IO::BEGIN@5</a>
 172 # spent   879&micro;s making 1 call to <a href="Exporter-pm-8-sub.html#28">Exporter::import</a></div></div></td></tr>
 173 <tr><td class="h"><a name="6"></a>6</td><td class="c3">2</td><td class="c3"><span title="Avg 22&micro;s">43&micro;s</span></td><td class="c3">2</td><td class="c3">108&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 62&micro;s (16+46) within Bio::Phylo::IO::BEGIN@6 which was called:
 174 #    once (16&micro;s+46&micro;s) by Text::Tradition::Stemma::BEGIN@3 at <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#6">line 6</a></div></div>use Bio::Phylo::Util::Exceptions 'throw';<div class="calls"><div class="calls_out"># spent    62&micro;s making 1 call to <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#6">Bio::Phylo::IO::BEGIN@6</a>
 175 # spent    46&micro;s making 1 call to <a href="Exporter-pm-8-sub.html#28">Exporter::import</a></div></div></td></tr>
 176 <tr><td class="h"><a name="7"></a>7</td><td class="c3">2</td><td class="c0"><span title="Avg 617&micro;s">1.23ms</span></td><td class="c3">2</td><td class="c3">502&micro;s</td><td class="s"><div class="calls"><div class="calls_in"># spent 265&micro;s (28+237) within Bio::Phylo::IO::BEGIN@7 which was called:
 177 #    once (28&micro;s+237&micro;s) by Text::Tradition::Stemma::BEGIN@3 at <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#7">line 7</a></div></div>use IO::File;<div class="calls"><div class="calls_out"># spent   265&micro;s making 1 call to <a href="Bio-Phylo-IO-pm-1136-sub.html#7">Bio::Phylo::IO::BEGIN@7</a>
 178 # spent   237&micro;s making 1 call to <a href="Exporter-pm-8-sub.html#28">Exporter::import</a></div></div></td></tr>
 179 <tr><td class="h"><a name="8"></a>8</td><td class="c3">1</td><td class="c3"><span title="Avg 4&micro;s">4&micro;s</span></td><td></td><td></td><td class="s">our @EXPORT_OK = qw'parse unparse parse_matrix parse_tree';</td></tr>
 180 <tr><td class="h"><a name="9"></a>9</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 181 <tr><td class="h"><a name="10"></a>10</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=head1 NAME</td></tr>
 182 <tr><td class="h"><a name="11"></a>11</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 183 <tr><td class="h"><a name="12"></a>12</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">Bio::Phylo::IO - Front end for parsers and serializers</td></tr>
 184 <tr><td class="h"><a name="13"></a>13</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 185 <tr><td class="h"><a name="14"></a>14</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=head1 SYNOPSIS</td></tr>
 186 <tr><td class="h"><a name="15"></a>15</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 187 <tr><td class="h"><a name="16"></a>16</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> use Bio::Phylo::IO qw(parse unparse);</td></tr>
 188 <tr><td class="h"><a name="17"></a>17</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 189 <tr><td class="h"><a name="18"></a>18</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # returns an unblessed array reference of block objects,</td></tr>
 190 <tr><td class="h"><a name="19"></a>19</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # i.e. taxa, matrix or forest objects</td></tr>
 191 <tr><td class="h"><a name="20"></a>20</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> my $blocks = parse(</td></tr>
 192 <tr><td class="h"><a name="21"></a>21</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-file'     =&gt; $file,</td></tr>
 193 <tr><td class="h"><a name="22"></a>22</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-format'   =&gt; 'nexus',</td></tr>
 194 <tr><td class="h"><a name="23"></a>23</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-encoding' =&gt; ':encoding(UTF-8)', # optional, default is system-dependent</td></tr>
 195 <tr><td class="h"><a name="24"></a>24</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> );</td></tr>
 196 <tr><td class="h"><a name="25"></a>25</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> </td></tr>
 197 <tr><td class="h"><a name="26"></a>26</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> for my $block ( @{ $blocks } ) {</td></tr>
 198 <tr><td class="h"><a name="27"></a>27</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( $block-&gt;isa('Bio::Phylo::Taxa') ) {</td></tr>
 199 <tr><td class="h"><a name="28"></a>28</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $taxa = $block;</td></tr>
 200 <tr><td class="h"><a name="29"></a>29</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        # do something with the taxa</td></tr>
 201 <tr><td class="h"><a name="30"></a>30</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
 202 <tr><td class="h"><a name="31"></a>31</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> }</td></tr>
 203 <tr><td class="h"><a name="32"></a>32</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> </td></tr>
 204 <tr><td class="h"><a name="33"></a>33</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # returns a Bio::Phylo::Project object</td></tr>
 205 <tr><td class="h"><a name="34"></a>34</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> my $project = parse(</td></tr>
 206 <tr><td class="h"><a name="35"></a>35</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">         '-file'       =&gt; $file,</td></tr>
 207 <tr><td class="h"><a name="36"></a>36</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">         '-format'     =&gt; 'nexus',</td></tr>
 208 <tr><td class="h"><a name="37"></a>37</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">         '-as_project' =&gt; 1</td></tr>
 209 <tr><td class="h"><a name="38"></a>38</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> )</td></tr>
 210 <tr><td class="h"><a name="39"></a>39</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> my ($taxa) = @{ $project-&gt;get_taxa };</td></tr>
 211 <tr><td class="h"><a name="40"></a>40</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 212 <tr><td class="h"><a name="41"></a>41</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # parsing a tree from a newick string</td></tr>
 213 <tr><td class="h"><a name="42"></a>42</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> my $tree_string = '(((A,B),C),D);';</td></tr>
 214 <tr><td class="h"><a name="43"></a>43</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> my $tree = Bio::Phylo::IO-&gt;parse(</td></tr>
 215 <tr><td class="h"><a name="44"></a>44</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-string' =&gt; $tree_string,</td></tr>
 216 <tr><td class="h"><a name="45"></a>45</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-format' =&gt; 'newick',</td></tr>
 217 <tr><td class="h"><a name="46"></a>46</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> )-&gt;first;</td></tr>
 218 <tr><td class="h"><a name="47"></a>47</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 219 <tr><td class="h"><a name="48"></a>48</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # note: newick parsers return </td></tr>
 220 <tr><td class="h"><a name="49"></a>49</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # 'Bio::Phylo::Forest'! Call </td></tr>
 221 <tr><td class="h"><a name="50"></a>50</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # -&gt;first to retrieve the first </td></tr>
 222 <tr><td class="h"><a name="51"></a>51</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # tree of the forest.</td></tr>
 223 <tr><td class="h"><a name="52"></a>52</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 224 <tr><td class="h"><a name="53"></a>53</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # prints 'Bio::Phylo::Forest::Tree'</td></tr>
 225 <tr><td class="h"><a name="54"></a>54</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> print ref $tree, &quot;\n&quot;;</td></tr>
 226 <tr><td class="h"><a name="55"></a>55</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 227 <tr><td class="h"><a name="56"></a>56</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # parsing a table</td></tr>
 228 <tr><td class="h"><a name="57"></a>57</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> my $table_string = qq(A,1,2|B,1,2|C,2,2|D,2,1);</td></tr>
 229 <tr><td class="h"><a name="58"></a>58</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> my $matrix = Bio::Phylo::IO-&gt;parse(</td></tr>
 230 <tr><td class="h"><a name="59"></a>59</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-string'   =&gt; $table_string,</td></tr>
 231 <tr><td class="h"><a name="60"></a>60</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-format'   =&gt; 'table',</td></tr>
 232 <tr><td class="h"><a name="61"></a>61</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 233 <tr><td class="h"><a name="62"></a>62</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # Data type, see Bio::Phylo::Parsers::Table</td></tr>
 234 <tr><td class="h"><a name="63"></a>63</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-type'     =&gt; 'STANDARD',</td></tr>
 235 <tr><td class="h"><a name="64"></a>64</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 236 <tr><td class="h"><a name="65"></a>65</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # field separator  </td></tr>
 237 <tr><td class="h"><a name="66"></a>66</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-fieldsep' =&gt; ',',</td></tr>
 238 <tr><td class="h"><a name="67"></a>67</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 239 <tr><td class="h"><a name="68"></a>68</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # line separator</td></tr>
 240 <tr><td class="h"><a name="69"></a>69</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-linesep'  =&gt; '|'          </td></tr>
 241 <tr><td class="h"><a name="70"></a>70</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> );</td></tr>
 242 <tr><td class="h"><a name="71"></a>71</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 243 <tr><td class="h"><a name="72"></a>72</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # prints 'Bio::Phylo::Matrices::Matrix'</td></tr>
 244 <tr><td class="h"><a name="73"></a>73</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> print ref $matrix, &quot;\n&quot;; </td></tr>
 245 <tr><td class="h"><a name="74"></a>74</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 246 <tr><td class="h"><a name="75"></a>75</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # parsing a list of taxa</td></tr>
 247 <tr><td class="h"><a name="76"></a>76</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> my $taxa_string = 'A:B:C:D';</td></tr>
 248 <tr><td class="h"><a name="77"></a>77</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> my $taxa = Bio::Phylo::IO-&gt;parse(</td></tr>
 249 <tr><td class="h"><a name="78"></a>78</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-string'   =&gt; $taxa_string,</td></tr>
 250 <tr><td class="h"><a name="79"></a>79</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-format'   =&gt; 'taxlist',</td></tr>
 251 <tr><td class="h"><a name="80"></a>80</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-fieldsep' =&gt; ':'</td></tr>
 252 <tr><td class="h"><a name="81"></a>81</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> );</td></tr>
 253 <tr><td class="h"><a name="82"></a>82</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 254 <tr><td class="h"><a name="83"></a>83</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # prints 'Bio::Phylo::Taxa'</td></tr>
 255 <tr><td class="h"><a name="84"></a>84</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> print ref $taxa, &quot;\n&quot;;</td></tr>
 256 <tr><td class="h"><a name="85"></a>85</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 257 <tr><td class="h"><a name="86"></a>86</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # matches taxon names in tree to $taxa object</td></tr>
 258 <tr><td class="h"><a name="87"></a>87</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> $tree-&gt;cross_reference($taxa);  </td></tr>
 259 <tr><td class="h"><a name="88"></a>88</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 260 <tr><td class="h"><a name="89"></a>89</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # likewise for matrix  </td></tr>
 261 <tr><td class="h"><a name="90"></a>90</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> $matrix-&gt;cross_reference($taxa);</td></tr>
 262 <tr><td class="h"><a name="91"></a>91</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 263 <tr><td class="h"><a name="92"></a>92</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> print unparse(</td></tr>
 264 <tr><td class="h"><a name="93"></a>93</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 265 <tr><td class="h"><a name="94"></a>94</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # pass the tree object, </td></tr>
 266 <tr><td class="h"><a name="95"></a>95</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # crossreferenced to taxa, which</td></tr>
 267 <tr><td class="h"><a name="96"></a>96</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # are crossreferenced to the matrix</td></tr>
 268 <tr><td class="h"><a name="97"></a>97</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-phylo' =&gt; $tree,                         </td></tr>
 269 <tr><td class="h"><a name="98"></a>98</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    '-format' =&gt; 'pagel'</td></tr>
 270 <tr><td class="h"><a name="99"></a>99</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> );</td></tr>
 271 <tr><td class="h"><a name="100"></a>100</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 272 <tr><td class="h"><a name="101"></a>101</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> # prints a pagel data file:</td></tr>
 273 <tr><td class="h"><a name="102"></a>102</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> #4 2</td></tr>
 274 <tr><td class="h"><a name="103"></a>103</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> #A,n1,0.000000,1,2</td></tr>
 275 <tr><td class="h"><a name="104"></a>104</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> #B,n1,0.000000,1,2</td></tr>
 276 <tr><td class="h"><a name="105"></a>105</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> #n1,n2,0.000000</td></tr>
 277 <tr><td class="h"><a name="106"></a>106</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> #C,n2,0.000000,2,2</td></tr>
 278 <tr><td class="h"><a name="107"></a>107</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> #n2,n3,0.000000</td></tr>
 279 <tr><td class="h"><a name="108"></a>108</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> #D,n3,0.000000,2,1</td></tr>
 280 <tr><td class="h"><a name="109"></a>109</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 281 <tr><td class="h"><a name="110"></a>110</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=head1 DESCRIPTION</td></tr>
 282 <tr><td class="h"><a name="111"></a>111</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 283 <tr><td class="h"><a name="112"></a>112</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">The IO module is the front end for parsing and serializing phylogenetic</td></tr>
 284 <tr><td class="h"><a name="113"></a>113</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">data objects. It is a non-OO module that optionally exports the 'parse' and</td></tr>
 285 <tr><td class="h"><a name="114"></a>114</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">'unparse' subroutines into the caller's namespace, using the</td></tr>
 286 <tr><td class="h"><a name="115"></a>115</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">C&lt;&lt; use Bio::Phylo::IO qw(parse unparse); &gt;&gt; directive. Alternatively, you can</td></tr>
 287 <tr><td class="h"><a name="116"></a>116</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">call the subroutines as class methods. The C&lt;&lt; parse &gt;&gt; and</td></tr>
 288 <tr><td class="h"><a name="117"></a>117</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">C&lt;&lt; unparse &gt;&gt; subroutines load and dispatch the appropriate sub-modules at</td></tr>
 289 <tr><td class="h"><a name="118"></a>118</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">runtime, depending on the '-format' argument.</td></tr>
 290 <tr><td class="h"><a name="119"></a>119</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 291 <tr><td class="h"><a name="120"></a>120</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=head2 CLASS METHODS</td></tr>
 292 <tr><td class="h"><a name="121"></a>121</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 293 <tr><td class="h"><a name="122"></a>122</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=over</td></tr>
 294 <tr><td class="h"><a name="123"></a>123</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 295 <tr><td class="h"><a name="124"></a>124</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item parse()</td></tr>
 296 <tr><td class="h"><a name="125"></a>125</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 297 <tr><td class="h"><a name="126"></a>126</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">Parses a file or string.</td></tr>
 298 <tr><td class="h"><a name="127"></a>127</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 299 <tr><td class="h"><a name="128"></a>128</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Type    : Class method</td></tr>
 300 <tr><td class="h"><a name="129"></a>129</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Title   : parse</td></tr>
 301 <tr><td class="h"><a name="130"></a>130</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Usage   : my $obj = Bio::Phylo::IO-&gt;parse(%options);</td></tr>
 302 <tr><td class="h"><a name="131"></a>131</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Function: Creates (file) handle, </td></tr>
 303 <tr><td class="h"><a name="132"></a>132</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           instantiates appropriate parser.</td></tr>
 304 <tr><td class="h"><a name="133"></a>133</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Returns : A Bio::Phylo::* object</td></tr>
 305 <tr><td class="h"><a name="134"></a>134</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Args    : -file    =&gt; (path),</td></tr>
 306 <tr><td class="h"><a name="135"></a>135</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            or</td></tr>
 307 <tr><td class="h"><a name="136"></a>136</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           -string  =&gt; (scalar),</td></tr>
 308 <tr><td class="h"><a name="137"></a>137</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           -format  =&gt; (description format),</td></tr>
 309 <tr><td class="h"><a name="138"></a>138</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           -(other) =&gt; (parser specific options)</td></tr>
 310 <tr><td class="h"><a name="139"></a>139</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Comments: The parse method makes assumptions about </td></tr>
 311 <tr><td class="h"><a name="140"></a>140</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           the capabilities of Bio::Phylo::Parsers::* </td></tr>
 312 <tr><td class="h"><a name="141"></a>141</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           modules: i) their names match those of the</td></tr>
 313 <tr><td class="h"><a name="142"></a>142</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           -format =&gt; (blah) arguments, insofar that </td></tr>
 314 <tr><td class="h"><a name="143"></a>143</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           ucfirst(blah) . '.pm' is an existing module; </td></tr>
 315 <tr><td class="h"><a name="144"></a>144</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           ii) the modules implement a _from_handle, </td></tr>
 316 <tr><td class="h"><a name="145"></a>145</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           or a _from_string method. Exceptions are </td></tr>
 317 <tr><td class="h"><a name="146"></a>146</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           thrown if either assumption is violated. </td></tr>
 318 <tr><td class="h"><a name="147"></a>147</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           </td></tr>
 319 <tr><td class="h"><a name="148"></a>148</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           If @ARGV contains even key/value pairs such</td></tr>
 320 <tr><td class="h"><a name="149"></a>149</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           as &quot;format newick file &lt;filename&gt;&quot; (note: no</td></tr>
 321 <tr><td class="h"><a name="150"></a>150</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           dashes) these will be prepended to @_, for</td></tr>
 322 <tr><td class="h"><a name="151"></a>151</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           one-liners.          </td></tr>
 323 <tr><td class="h"><a name="152"></a>152</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 324 <tr><td class="h"><a name="153"></a>153</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=cut</td></tr>
 325 <tr><td class="h"><a name="154"></a>154</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 326 <tr><td class="h"><a name="155"></a>155</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub parse {</td></tr>
 327 <tr><td class="h"><a name="156"></a>156</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 328 <tr><td class="h"><a name="157"></a>157</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # first argument could be the package name or an object reference</td></tr>
 329 <tr><td class="h"><a name="158"></a>158</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # if called as Bio::Phylo::IO-&gt;parse or as $io-&gt;parse, respectively</td></tr>
 330 <tr><td class="h"><a name="159"></a>159</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    shift if $_[0] and $_[0] eq __PACKAGE__ or ref $_[0] eq __PACKAGE__;</td></tr>
 331 <tr><td class="h"><a name="160"></a>160</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 332 <tr><td class="h"><a name="161"></a>161</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # arguments were provided on the command line, in @ARGV</td></tr>
 333 <tr><td class="h"><a name="162"></a>162</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if (@ARGV) {</td></tr>
 334 <tr><td class="h"><a name="163"></a>163</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        my $i = 0;</td></tr>
 335 <tr><td class="h"><a name="164"></a>164</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        while ( $i &lt; @ARGV ) {</td></tr>
 336 <tr><td class="h"><a name="165"></a>165</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            my ( $key, $value ) = ( $ARGV[$i], $ARGV[ $i + 1 ] );</td></tr>
 337 <tr><td class="h"><a name="166"></a>166</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 338 <tr><td class="h"><a name="167"></a>167</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            # shell words have no -dash prefix, so we</td></tr>
 339 <tr><td class="h"><a name="168"></a>168</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            # add it here</td></tr>
 340 <tr><td class="h"><a name="169"></a>169</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            $key = &quot;-$key&quot; if $key !~ /^-/;</td></tr>
 341 <tr><td class="h"><a name="170"></a>170</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 342 <tr><td class="h"><a name="171"></a>171</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            # we put @ARGV key/value pairs at the</td></tr>
 343 <tr><td class="h"><a name="172"></a>172</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            # front of the @_ array</td></tr>
 344 <tr><td class="h"><a name="173"></a>173</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            unshift @_, $key, $value;</td></tr>
 345 <tr><td class="h"><a name="174"></a>174</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            $i += 2;</td></tr>
 346 <tr><td class="h"><a name="175"></a>175</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        }</td></tr>
 347 <tr><td class="h"><a name="176"></a>176</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
 348 <tr><td class="h"><a name="177"></a>177</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 349 <tr><td class="h"><a name="178"></a>178</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # turn merged @ARGV and @_ arguments into a hash</td></tr>
 350 <tr><td class="h"><a name="179"></a>179</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my %opts = looks_like_hash @_;</td></tr>
 351 <tr><td class="h"><a name="180"></a>180</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 352 <tr><td class="h"><a name="181"></a>181</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # there must be at least one of these args as a data source</td></tr>
 353 <tr><td class="h"><a name="182"></a>182</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my @sources = qw(-file -string -handle -url);</td></tr>
 354 <tr><td class="h"><a name="183"></a>183</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($source) = grep { defined $_ } @opts{@sources};</td></tr>
 355 <tr><td class="h"><a name="184"></a>184</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 356 <tr><td class="h"><a name="185"></a>185</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # check provided arguments</td></tr>
 357 <tr><td class="h"><a name="186"></a>186</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    throw 'OddHash' =&gt; 'Odd number of elements in hash assignment' if !@_;</td></tr>
 358 <tr><td class="h"><a name="187"></a>187</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    throw 'BadArgs' =&gt; 'No format specified' unless $opts{'-format'};</td></tr>
 359 <tr><td class="h"><a name="188"></a>188</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    throw 'BadArgs' =&gt; 'No parseable data source specified' unless $source;</td></tr>
 360 <tr><td class="h"><a name="189"></a>189</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 361 <tr><td class="h"><a name="190"></a>190</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    # instantiate parser subclass and process data</td></tr>
 362 <tr><td class="h"><a name="191"></a>191</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $lib = 'Bio::Phylo::Parsers::' . ucfirst $opts{'-format'};</td></tr>
 363 <tr><td class="h"><a name="192"></a>192</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return looks_like_class($lib)-&gt;_new(@_)-&gt;_process;</td></tr>
 364 <tr><td class="h"><a name="193"></a>193</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
 365 <tr><td class="h"><a name="194"></a>194</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 366 <tr><td class="h"><a name="195"></a>195</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item parse_matrix()</td></tr>
 367 <tr><td class="h"><a name="196"></a>196</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 368 <tr><td class="h"><a name="197"></a>197</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">Parses a file or string.</td></tr>
 369 <tr><td class="h"><a name="198"></a>198</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 370 <tr><td class="h"><a name="199"></a>199</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Type    : Class method</td></tr>
 371 <tr><td class="h"><a name="200"></a>200</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Title   : parse_matrix</td></tr>
 372 <tr><td class="h"><a name="201"></a>201</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Usage   : my $matrix = Bio::Phylo::IO-&gt;parse_matrix(%options);</td></tr>
 373 <tr><td class="h"><a name="202"></a>202</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Function: Creates (file) handle, </td></tr>
 374 <tr><td class="h"><a name="203"></a>203</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           instantiates appropriate parser.</td></tr>
 375 <tr><td class="h"><a name="204"></a>204</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Returns : A Bio::Phylo::Matrices::Matrix object</td></tr>
 376 <tr><td class="h"><a name="205"></a>205</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Args    : Same as parse()</td></tr>
 377 <tr><td class="h"><a name="206"></a>206</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Comments: This method is syntactical sugar to get the first matrix</td></tr>
 378 <tr><td class="h"><a name="207"></a>207</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           out of a file/handle/string</td></tr>
 379 <tr><td class="h"><a name="208"></a>208</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 380 <tr><td class="h"><a name="209"></a>209</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=cut</td></tr>
 381 <tr><td class="h"><a name="210"></a>210</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 382 <tr><td class="h"><a name="211"></a>211</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub parse_matrix {</td></tr>
 383 <tr><td class="h"><a name="212"></a>212</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($matrix) = @{</td></tr>
 384 <tr><td class="h"><a name="213"></a>213</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        parse(</td></tr>
 385 <tr><td class="h"><a name="214"></a>214</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            @_,</td></tr>
 386 <tr><td class="h"><a name="215"></a>215</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            '-as_project' =&gt; 1,</td></tr>
 387 <tr><td class="h"><a name="216"></a>216</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        )-&gt;get_items(_MATRIX_)</td></tr>
 388 <tr><td class="h"><a name="217"></a>217</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    };</td></tr>
 389 <tr><td class="h"><a name="218"></a>218</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return $matrix;</td></tr>
 390 <tr><td class="h"><a name="219"></a>219</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
 391 <tr><td class="h"><a name="220"></a>220</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 392 <tr><td class="h"><a name="221"></a>221</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item parse_tree()</td></tr>
 393 <tr><td class="h"><a name="222"></a>222</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 394 <tr><td class="h"><a name="223"></a>223</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">Parses a file or string.</td></tr>
 395 <tr><td class="h"><a name="224"></a>224</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 396 <tr><td class="h"><a name="225"></a>225</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Type    : Class method</td></tr>
 397 <tr><td class="h"><a name="226"></a>226</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Title   : parse_tree</td></tr>
 398 <tr><td class="h"><a name="227"></a>227</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Usage   : my $tree = Bio::Phylo::IO-&gt;parse_tree(%options);</td></tr>
 399 <tr><td class="h"><a name="228"></a>228</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Function: Creates (file) handle, </td></tr>
 400 <tr><td class="h"><a name="229"></a>229</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           instantiates appropriate parser.</td></tr>
 401 <tr><td class="h"><a name="230"></a>230</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Returns : A Bio::Phylo::Forest::Tree object</td></tr>
 402 <tr><td class="h"><a name="231"></a>231</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Args    : Same as parse()</td></tr>
 403 <tr><td class="h"><a name="232"></a>232</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Comments: This method is syntactical sugar to get the first tree</td></tr>
 404 <tr><td class="h"><a name="233"></a>233</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           out of a file/handle/string</td></tr>
 405 <tr><td class="h"><a name="234"></a>234</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 406 <tr><td class="h"><a name="235"></a>235</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=cut</td></tr>
 407 <tr><td class="h"><a name="236"></a>236</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 408 <tr><td class="h"><a name="237"></a>237</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub parse_tree {</td></tr>
 409 <tr><td class="h"><a name="238"></a>238</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ($tree) = @{</td></tr>
 410 <tr><td class="h"><a name="239"></a>239</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        parse(</td></tr>
 411 <tr><td class="h"><a name="240"></a>240</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            @_,</td></tr>
 412 <tr><td class="h"><a name="241"></a>241</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">            '-as_project' =&gt; 1,</td></tr>
 413 <tr><td class="h"><a name="242"></a>242</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        )-&gt;get_items(_TREE_)</td></tr>
 414 <tr><td class="h"><a name="243"></a>243</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    };</td></tr>
 415 <tr><td class="h"><a name="244"></a>244</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return $tree;</td></tr>
 416 <tr><td class="h"><a name="245"></a>245</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
 417 <tr><td class="h"><a name="246"></a>246</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 418 <tr><td class="h"><a name="247"></a>247</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item unparse()</td></tr>
 419 <tr><td class="h"><a name="248"></a>248</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 420 <tr><td class="h"><a name="249"></a>249</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">Unparses object(s) to a string.</td></tr>
 421 <tr><td class="h"><a name="250"></a>250</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 422 <tr><td class="h"><a name="251"></a>251</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Type    : Class method</td></tr>
 423 <tr><td class="h"><a name="252"></a>252</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Title   : unparse</td></tr>
 424 <tr><td class="h"><a name="253"></a>253</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Usage   : my $string = Bio::Phylo::IO-&gt;unparse(</td></tr>
 425 <tr><td class="h"><a name="254"></a>254</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">               %options</td></tr>
 426 <tr><td class="h"><a name="255"></a>255</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           );</td></tr>
 427 <tr><td class="h"><a name="256"></a>256</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Function: Turns Bio::Phylo object into a </td></tr>
 428 <tr><td class="h"><a name="257"></a>257</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           string according to specified format.</td></tr>
 429 <tr><td class="h"><a name="258"></a>258</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Returns : SCALAR</td></tr>
 430 <tr><td class="h"><a name="259"></a>259</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Args    : -phylo   =&gt; (Bio::Phylo object),</td></tr>
 431 <tr><td class="h"><a name="260"></a>260</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           -format  =&gt; (description format),</td></tr>
 432 <tr><td class="h"><a name="261"></a>261</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">           -(other) =&gt; (parser specific options)</td></tr>
 433 <tr><td class="h"><a name="262"></a>262</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 434 <tr><td class="h"><a name="263"></a>263</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=cut</td></tr>
 435 <tr><td class="h"><a name="264"></a>264</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 436 <tr><td class="h"><a name="265"></a>265</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub unparse {</td></tr>
 437 <tr><td class="h"><a name="266"></a>266</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( $_[0] and $_[0] eq __PACKAGE__ or ref $_[0] eq __PACKAGE__ ) {</td></tr>
 438 <tr><td class="h"><a name="267"></a>267</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        shift;</td></tr>
 439 <tr><td class="h"><a name="268"></a>268</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
 440 <tr><td class="h"><a name="269"></a>269</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my %opts;</td></tr>
 441 <tr><td class="h"><a name="270"></a>270</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( !@_ || scalar @_ % 2 ) {</td></tr>
 442 <tr><td class="h"><a name="271"></a>271</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        throw 'OddHash' =&gt; 'Odd number of elements in hash assignment';</td></tr>
 443 <tr><td class="h"><a name="272"></a>272</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
 444 <tr><td class="h"><a name="273"></a>273</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    %opts = looks_like_hash @_;</td></tr>
 445 <tr><td class="h"><a name="274"></a>274</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( !$opts{-format} ) {</td></tr>
 446 <tr><td class="h"><a name="275"></a>275</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        throw 'BadFormat' =&gt; 'no format specified.';</td></tr>
 447 <tr><td class="h"><a name="276"></a>276</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
 448 <tr><td class="h"><a name="277"></a>277</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( !$opts{-phylo} ) {</td></tr>
 449 <tr><td class="h"><a name="278"></a>278</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        throw 'BadArgs' =&gt; 'no object to unparse specified.';</td></tr>
 450 <tr><td class="h"><a name="279"></a>279</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
 451 <tr><td class="h"><a name="280"></a>280</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $lib      = 'Bio::Phylo::Unparsers::' . ucfirst $opts{-format};</td></tr>
 452 <tr><td class="h"><a name="281"></a>281</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $unparser = looks_like_class($lib)-&gt;_new(%opts);</td></tr>
 453 <tr><td class="h"><a name="282"></a>282</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    if ( $unparser-&gt;can('_to_string') ) {</td></tr>
 454 <tr><td class="h"><a name="283"></a>283</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        return $unparser-&gt;_to_string;</td></tr>
 455 <tr><td class="h"><a name="284"></a>284</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
 456 <tr><td class="h"><a name="285"></a>285</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    else {</td></tr>
 457 <tr><td class="h"><a name="286"></a>286</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">        throw 'ObjectMismatch' =&gt; 'the unparser can\'t convert to strings.';</td></tr>
 458 <tr><td class="h"><a name="287"></a>287</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    }</td></tr>
 459 <tr><td class="h"><a name="288"></a>288</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
 460 <tr><td class="h"><a name="289"></a>289</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 461 <tr><td class="h"><a name="290"></a>290</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item can_read()</td></tr>
 462 <tr><td class="h"><a name="291"></a>291</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 463 <tr><td class="h"><a name="292"></a>292</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">Tests whether L&lt;Bio::Phylo::IO&gt; can read provided syntax format.</td></tr>
 464 <tr><td class="h"><a name="293"></a>293</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 465 <tr><td class="h"><a name="294"></a>294</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Type    : Class method</td></tr>
 466 <tr><td class="h"><a name="295"></a>295</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Title   : can_read</td></tr>
 467 <tr><td class="h"><a name="296"></a>296</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Usage   : &amp;do_something if Bio::Phylo::IO-&gt;can_read('foo');</td></tr>
 468 <tr><td class="h"><a name="297"></a>297</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Function: Tests whether Bio::Phylo::IO can read provided syntax format.</td></tr>
 469 <tr><td class="h"><a name="298"></a>298</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Returns : Boolean</td></tr>
 470 <tr><td class="h"><a name="299"></a>299</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Args    : A syntax format name, like &quot;nexml&quot;</td></tr>
 471 <tr><td class="h"><a name="300"></a>300</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 472 <tr><td class="h"><a name="301"></a>301</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=cut</td></tr>
 473 <tr><td class="h"><a name="302"></a>302</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 474 <tr><td class="h"><a name="303"></a>303</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub can_read {</td></tr>
 475 <tr><td class="h"><a name="304"></a>304</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ( $self, $format ) = @_;</td></tr>
 476 <tr><td class="h"><a name="305"></a>305</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $package = 'Bio::Phylo::Parsers::' . ucfirst($format);</td></tr>
 477 <tr><td class="h"><a name="306"></a>306</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    eval { looks_like_class $package };</td></tr>
 478 <tr><td class="h"><a name="307"></a>307</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return ! $@;</td></tr>
 479 <tr><td class="h"><a name="308"></a>308</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
 480 <tr><td class="h"><a name="309"></a>309</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 481 <tr><td class="h"><a name="310"></a>310</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item can_write()</td></tr>
 482 <tr><td class="h"><a name="311"></a>311</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 483 <tr><td class="h"><a name="312"></a>312</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">Tests whether L&lt;Bio::Phylo::IO&gt; can write provided syntax format.</td></tr>
 484 <tr><td class="h"><a name="313"></a>313</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 485 <tr><td class="h"><a name="314"></a>314</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Type    : Class method</td></tr>
 486 <tr><td class="h"><a name="315"></a>315</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Title   : can_write</td></tr>
 487 <tr><td class="h"><a name="316"></a>316</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Usage   : &amp;do_something if Bio::Phylo::IO-&gt;can_write('foo');</td></tr>
 488 <tr><td class="h"><a name="317"></a>317</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Function: Tests whether Bio::Phylo::IO can write provided syntax format.</td></tr>
 489 <tr><td class="h"><a name="318"></a>318</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Returns : Boolean</td></tr>
 490 <tr><td class="h"><a name="319"></a>319</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"> Args    : A syntax format name, like &quot;nexml&quot;</td></tr>
 491 <tr><td class="h"><a name="320"></a>320</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 492 <tr><td class="h"><a name="321"></a>321</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=cut</td></tr>
 493 <tr><td class="h"><a name="322"></a>322</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 494 <tr><td class="h"><a name="323"></a>323</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub can_write {</td></tr>
 495 <tr><td class="h"><a name="324"></a>324</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my ( $self, $format ) = @_;</td></tr>
 496 <tr><td class="h"><a name="325"></a>325</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    my $package = 'Bio::Phylo::Unparsers::' . ucfirst($format);</td></tr>
 497 <tr><td class="h"><a name="326"></a>326</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    eval { looks_like_class $package };</td></tr>
 498 <tr><td class="h"><a name="327"></a>327</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return ! $@;    </td></tr>
 499 <tr><td class="h"><a name="328"></a>328</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
 500 <tr><td class="h"><a name="329"></a>329</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 501 <tr><td class="h"><a name="330"></a>330</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"># this just to prevent from calling __PACKAGE__-&gt;SUPER::DESTROY</td></tr>
 502 <tr><td class="h"><a name="331"></a>331</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">sub DESTROY {</td></tr>
 503 <tr><td class="h"><a name="332"></a>332</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">    return 1;</td></tr>
 504 <tr><td class="h"><a name="333"></a>333</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">}</td></tr>
 505 <tr><td class="h"><a name="334"></a>334</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 506 <tr><td class="h"><a name="335"></a>335</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=back</td></tr>
 507 <tr><td class="h"><a name="336"></a>336</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 508 <tr><td class="h"><a name="337"></a>337</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=head1 SEE ALSO</td></tr>
 509 <tr><td class="h"><a name="338"></a>338</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 510 <tr><td class="h"><a name="339"></a>339</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">There is a mailing list at L&lt;https://groups.google.com/forum/#!forum/bio-phylo&gt; </td></tr>
 511 <tr><td class="h"><a name="340"></a>340</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">for any user or developer questions and discussions.</td></tr>
 512 <tr><td class="h"><a name="341"></a>341</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 513 <tr><td class="h"><a name="342"></a>342</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=over</td></tr>
 514 <tr><td class="h"><a name="343"></a>343</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 515 <tr><td class="h"><a name="344"></a>344</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Parsers::Fasta&gt;</td></tr>
 516 <tr><td class="h"><a name="345"></a>345</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 517 <tr><td class="h"><a name="346"></a>346</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Parsers::Newick&gt;</td></tr>
 518 <tr><td class="h"><a name="347"></a>347</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 519 <tr><td class="h"><a name="348"></a>348</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Parsers::Nexml&gt;</td></tr>
 520 <tr><td class="h"><a name="349"></a>349</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 521 <tr><td class="h"><a name="350"></a>350</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Parsers::Nexus&gt;</td></tr>
 522 <tr><td class="h"><a name="351"></a>351</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 523 <tr><td class="h"><a name="352"></a>352</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Parsers::Phylip&gt;</td></tr>
 524 <tr><td class="h"><a name="353"></a>353</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 525 <tr><td class="h"><a name="354"></a>354</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml&gt;</td></tr>
 526 <tr><td class="h"><a name="355"></a>355</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 527 <tr><td class="h"><a name="356"></a>356</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Parsers::Table&gt;</td></tr>
 528 <tr><td class="h"><a name="357"></a>357</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 529 <tr><td class="h"><a name="358"></a>358</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Parsers::Taxlist&gt;</td></tr>
 530 <tr><td class="h"><a name="359"></a>359</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 531 <tr><td class="h"><a name="360"></a>360</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Parsers::Tolweb&gt;</td></tr>
 532 <tr><td class="h"><a name="361"></a>361</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 533 <tr><td class="h"><a name="362"></a>362</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Unparsers::Mrp&gt;</td></tr>
 534 <tr><td class="h"><a name="363"></a>363</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 535 <tr><td class="h"><a name="364"></a>364</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Unparsers::Newick&gt;</td></tr>
 536 <tr><td class="h"><a name="365"></a>365</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 537 <tr><td class="h"><a name="366"></a>366</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Unparsers::Nexml&gt;</td></tr>
 538 <tr><td class="h"><a name="367"></a>367</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 539 <tr><td class="h"><a name="368"></a>368</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Unparsers::Nexus&gt;</td></tr>
 540 <tr><td class="h"><a name="369"></a>369</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 541 <tr><td class="h"><a name="370"></a>370</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Unparsers::Pagel&gt;</td></tr>
 542 <tr><td class="h"><a name="371"></a>371</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 543 <tr><td class="h"><a name="372"></a>372</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Unparsers::Phylip&gt;</td></tr>
 544 <tr><td class="h"><a name="373"></a>373</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 545 <tr><td class="h"><a name="374"></a>374</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml&gt;</td></tr>
 546 <tr><td class="h"><a name="375"></a>375</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 547 <tr><td class="h"><a name="376"></a>376</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=item L&lt;Bio::Phylo::Manual&gt;</td></tr>
 548 <tr><td class="h"><a name="377"></a>377</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 549 <tr><td class="h"><a name="378"></a>378</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">Also see the manual: L&lt;Bio::Phylo::Manual&gt; and L&lt;http://rutgervos.blogspot.com&gt;</td></tr>
 550 <tr><td class="h"><a name="379"></a>379</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 551 <tr><td class="h"><a name="380"></a>380</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=back</td></tr>
 552 <tr><td class="h"><a name="381"></a>381</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 553 <tr><td class="h"><a name="382"></a>382</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">=head1 CITATION</td></tr>
 554 <tr><td class="h"><a name="383"></a>383</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 555 <tr><td class="h"><a name="384"></a>384</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">If you use Bio::Phylo in published research, please cite it:</td></tr>
 556 <tr><td class="h"><a name="385"></a>385</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
 557 <tr><td class="h"><a name="386"></a>386</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">B&lt;Rutger A Vos&gt;, B&lt;Jason Caravas&gt;, B&lt;Klaas Hartmann&gt;, B&lt;Mark A Jensen&gt;</td></tr>
 558 <tr><td class="h"><a name="387"></a>387</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">and B&lt;Chase Miller&gt;, 2011. Bio::Phylo - phyloinformatic analysis using Perl.</td></tr>
 559 <tr><td class="h"><a name="388"></a>388</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">I&lt;BMC Bioinformatics&gt; B&lt;12&gt;:63.</td></tr>
 560 <tr><td class="h"><a name="389"></a>389</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s">L&lt;http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-12-63&gt;</td></tr>
 561 <tr><td class="h"><a name="390"></a>390</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td class="s"></td></tr>
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 579         <div class="footer">Report produced by the
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 581         Perl profiler, developed by
 582         <a href="http://www.linkedin.com/in/timbunce">Tim Bunce</a> and
 583         <a href="http://code.nytimes.com">Adam Kaplan</a>.
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