Merge branch 'master' into phylo
[scpubgit/stemmatology.git] / lib / Text / Tradition.pm
1 package Text::Tradition;
2
3 use JSON qw / from_json /;
4 use Module::Load;
5 use Moose;
6 use Text::Tradition::Collation;
7 use Text::Tradition::Stemma;
8 use Text::Tradition::Witness;
9 use Text::Tradition::User;
10
11 use vars qw( $VERSION );
12 $VERSION = "0.5";
13
14 has 'collation' => (
15     is => 'ro',
16     isa => 'Text::Tradition::Collation',
17     writer => '_save_collation',
18     );
19
20 has 'witness_hash' => (
21     traits => ['Hash'],
22     isa => 'HashRef[Text::Tradition::Witness]',
23     handles => {
24         witness     => 'get',
25         add_witness => 'set',
26         del_witness => 'delete',
27         has_witness => 'exists',
28         witnesses   => 'values',
29     },
30     default => sub { {} },
31     );
32
33 has 'name' => (
34     is => 'rw',
35     isa => 'Str',
36     default => 'Tradition',
37     );
38     
39 has 'language' => (
40         is => 'rw',
41         isa => 'Str',
42         predicate => 'has_language',
43         );
44     
45 has 'stemmata' => (
46         traits => ['Array'],
47         isa => 'ArrayRef[Text::Tradition::Stemma]',
48         handles => {
49                 stemmata => 'elements',
50                 _add_stemma => 'push',
51                 stemma => 'get',
52                 stemma_count => 'count',
53                 clear_stemmata => 'clear',
54         },
55         default => sub { [] },
56         );
57   
58 has '_initialized' => (
59         is => 'ro',
60         isa => 'Bool',
61         default => undef,
62         writer => '_init_done',
63         ); 
64
65 has 'user' => (
66     is => 'rw',
67     isa => 'Text::Tradition::User',
68     required => 0,
69     predicate => 'has_user',
70     clearer => 'clear_user',
71     weak_ref => 1
72     );
73
74 has 'public' => (
75     is => 'rw',
76     isa => 'Bool',
77     required => 0,
78     default => sub { 0; },
79     );
80
81 # Create the witness before trying to add it
82 around 'add_witness' => sub {
83     my $orig = shift;
84     my $self = shift;
85     # TODO allow add of a Witness object?
86     my %args = @_ == 1 ? %{$_[0]} : @_;
87     $args{'tradition'} = $self;
88     $args{'language'} = $self->language 
89         if( $self->language && !exists $args{'language'} );
90     my $new_wit = Text::Tradition::Witness->new( %args );
91     $self->$orig( $new_wit->sigil => $new_wit );
92     return $new_wit;
93 };
94
95 # Allow deletion of witness by object as well as by sigil
96 around 'del_witness' => sub {
97     my $orig = shift;
98     my $self = shift;
99     my @key_args;
100     foreach my $arg ( @_ ) {
101         push( @key_args, 
102               ref( $arg ) eq 'Text::Tradition::Witness' ? $arg->sigil : $arg );
103     }
104     return $self->$orig( @key_args );
105 };
106
107 # Don't allow an empty hash value
108 around 'witness' => sub {
109     my( $orig, $self, $arg ) = @_;
110     return unless $self->has_witness( $arg );
111     return $self->$orig( $arg );
112 };
113
114 =head1 NAME
115
116 Text::Tradition - a software model for a set of collated texts
117
118 =head1 SYNOPSIS
119
120   use Text::Tradition;
121   my $t = Text::Tradition->new( 
122     'name' => 'this is a text',
123     'input' => 'TEI',
124     'file' => '/path/to/tei_parallel_seg_file.xml' );
125
126   my @text_wits = $t->witnesses();
127   my $manuscript_a = $t->witness( 'A' );
128
129   $t = Text::Tradition->new();
130   $t->add_witness( 'sourcetype' => 'xmldesc', 
131     'file' => '/path/to/teitranscription.xml' );
132   $t->add_witness( 'sourcetype => 'plaintext', 'sigil' => 'Q',
133     'string' => 'The quick brown fox jumped over the lazy dogs' );
134   ## TODO
135   $t->collate_texts;
136   
137   my $text_path_svg = $t->collation->as_svg();
138   ## See Text::Tradition::Collation for more on text collation itself
139     
140 =head1 DESCRIPTION
141
142 Text::Tradition is a library for representation and analysis of collated
143 texts, particularly medieval ones.  A 'tradition' refers to the aggregation
144 of surviving versions of a text, generally preserved in multiple
145 manuscripts (or 'witnesses').  A Tradition object thus has one more more
146 Witnesses, as well as a Collation that represents the unity of all versions
147 of the text.
148
149 =head1 METHODS
150
151 =head2 new
152
153 Creates and returns a new text tradition object.  The following options are
154 accepted.
155
156 General options:
157
158 =over 4
159
160 =item B<name> - The name of the text.
161
162 =back
163
164 Initialization based on a collation file:
165
166 =over 4
167
168 =item B<input> - The input format of the collation file.  Can be one of the
169 following:
170
171 =over 4
172
173 =item * Self - a GraphML format produced by this module
174
175 =item * CollateX - a GraphML format produced by CollateX
176
177 =item * CTE - a TEI XML format produced by Classical Text Editor
178
179 =item * JSON - an alignment table in JSON format, as produced by CollateX and other tools
180
181 =item * KUL - a specific CSV format for variants, not documented here
182
183 =item * TEI - a TEI parallel segmentation format file
184
185 =item * Tabular - a comma- or tab-separated collation.  Takes an additional
186 option, 'sep_char', which defaults to the tab character.
187
188 =back
189
190 =item B<file> - The name of the file that contains the data.  One of 'file'
191 or 'string' should be specified.
192
193 =item B<string> - A text string that contains the data.  One of 'file' or
194 'string' should be specified.
195
196 =item B<base> - The name of a text file that contains the base text, to be
197 used with input formats that require it (currently only KUL).
198
199 =back
200
201 Initialization based on a list of witnesses [NOT YET IMPLEMENTED]:
202
203 =over 4
204
205 =item B<witnesses> - A reference to an array of Text::Tradition::Witness
206 objects that carry the text to be collated.
207
208 =item B<collator> - A reference to a collation program that will accept
209 Witness objects.
210
211 =back
212
213 =head2 B<witnesses>
214
215 Return the Text::Tradition::Witness objects associated with this tradition,
216 as an array.
217
218 =head2 B<witness>( $sigil )
219
220 Returns the Text::Tradition::Witness object whose sigil is $sigil, or undef
221 if there is no such object within the tradition.
222
223 =head2 B<add_witness>( %opts )
224
225 Instantiate a new witness with the given options (see documentation for
226 Text::Tradition::Witness) and add it to the tradition.
227
228 =head2 B<del_witness>( $sigil )
229
230 Delete the witness with the given sigil from the tradition.  Returns the
231 witness object for the deleted witness.
232
233 =begin testing
234
235 use_ok( 'Text::Tradition', "can use module" );
236
237 my $t = Text::Tradition->new( 'name' => 'empty' );
238 is( ref( $t ), 'Text::Tradition', "initialized an empty Tradition object" );
239 is( $t->name, 'empty', "object has the right name" );
240 is( scalar $t->witnesses, 0, "object has no witnesses" );
241
242 my $simple = 't/data/simple.txt';
243 my $s = Text::Tradition->new( 
244     'name'  => 'inline', 
245     'input' => 'Tabular',
246     'file'  => $simple,
247     );
248 is( ref( $s ), 'Text::Tradition', "initialized a Tradition object" );
249 is( $s->name, 'inline', "object has the right name" );
250 is( scalar $s->witnesses, 3, "object has three witnesses" );
251
252 my $wit_a = $s->witness('A');
253 is( ref( $wit_a ), 'Text::Tradition::Witness', "Found a witness A" );
254 if( $wit_a ) {
255     is( $wit_a->sigil, 'A', "Witness A has the right sigil" );
256 }
257 is( $s->witness('X'), undef, "There is no witness X" );
258 ok( !exists $s->{'witnesses'}->{'X'}, "Witness key X not created" );
259
260 my $wit_d = $s->add_witness( 'sigil' => 'D', 'sourcetype' => 'collation' );
261 is( ref( $wit_d ), 'Text::Tradition::Witness', "new witness created" );
262 is( $wit_d->sigil, 'D', "witness has correct sigil" );
263 is( scalar $s->witnesses, 4, "object now has four witnesses" );
264
265 my $del = $s->del_witness( 'D' );
266 is( $del, $wit_d, "Deleted correct witness" );
267 is( scalar $s->witnesses, 3, "object has three witnesses again" );
268
269 # TODO test initialization by witness list when we have it
270
271 =end testing
272
273 =cut
274     
275
276 sub BUILD {
277     my( $self, $init_args ) = @_;
278     
279     # First, make a collation object. This will use only those arguments in
280     # init_args that apply to the collation.
281         my $collation = Text::Tradition::Collation->new( %$init_args,
282                                                                                                         'tradition' => $self );
283         $self->_save_collation( $collation );
284
285     if( exists $init_args->{'input'} ) {
286         # Call the appropriate parser on the given data
287         my @format_standalone = qw/ Self CollateText CollateX CTE JSON TEI Tabular /;
288         my @format_basetext = qw/ KUL /;
289         my $use_base;
290         my $format = $init_args->{'input'};
291         if( $format && !( grep { $_ eq $format } @format_standalone )
292             && !( grep { $_ eq $format } @format_basetext ) ) {
293             warn "Unrecognized input format $format; not parsing";
294             return;
295         }
296         if( $format && grep { $_ eq $format } @format_basetext ) {
297             $use_base = 1;
298             if( !exists $init_args->{'base'} ) {
299                 warn "Cannot make a collation from $format without a base text";
300                 return;
301             }
302         }
303
304         # Now do the parsing. 
305         if( $format ) {
306             if( $use_base ) { 
307                 $format = 'BaseText';   # Use the BaseText module for parsing,
308                                         # but retain the original input arg.
309             }
310             my $mod = "Text::Tradition::Parser::$format";
311             load( $mod );
312             $mod->can('parse')->( $self, $init_args );
313         }
314     }
315     $self->_init_done( 1 );
316     return $self;
317 }
318
319 =head2 add_json_witnesses( $jsonstring, $options )
320
321 Adds a set of witnesses from a JSON array specification. This is a wrapper
322 to parse the JSON and call add_witness (with the specified $options) for
323 each element therein.
324
325 =cut
326
327 sub add_json_witnesses {
328         my( $self, $jsonstr, $extraopts ) = @_;
329         my $witarray = from_json( $jsonstr );
330         foreach my $witspec ( @{$witarray->{witnesses}} ) {
331                 my $opts = $extraopts || {};
332                 $opts->{'sourcetype'} = 'json';
333                 $opts->{'object'} = $witspec;
334                 $self->add_witness( $opts );
335         }
336 }
337
338 =head2 add_stemma( $dotfile )
339
340 Initializes a Text::Tradition::Stemma object from the given dotfile,
341 and associates it with the tradition.
342
343 =begin testing
344
345 use Text::Tradition;
346
347 my $t = Text::Tradition->new( 
348     'name'  => 'simple test', 
349     'input' => 'Tabular',
350     'file'  => 't/data/simple.txt',
351     );
352
353 is( $t->stemma_count, 0, "No stemmas added yet" );
354 my $s;
355 ok( $s = $t->add_stemma( dotfile => 't/data/simple.dot' ), "Added a simple stemma" );
356 is( ref( $s ), 'Text::Tradition::Stemma', "Got a stemma object returned" );
357 is( $t->stemma_count, 1, "Tradition claims to have a stemma" );
358 is( $t->stemma(0), $s, "Tradition hands back the right stemma" );
359
360 =end testing
361
362 =cut
363
364 sub add_stemma {
365         my $self = shift;
366         my %opts = @_;
367         my $stemma_fh;
368         if( $opts{'dotfile'} ) {
369                 open $stemma_fh, '<', $opts{'dotfile'}
370                         or warn "Could not open file " . $opts{'dotfile'};
371         } elsif( $opts{'dot'} ) {
372                 my $str = $opts{'dot'};
373                 open $stemma_fh, '<', \$str;
374         }
375         # Assume utf-8
376         binmode $stemma_fh, ':utf8';
377         my $stemma = Text::Tradition::Stemma->new( 
378                 'dot' => $stemma_fh );
379         $self->_add_stemma( $stemma ) if $stemma;
380         return $stemma;
381 }
382
383 sub lemmatize {
384         my $self = shift;
385         unless( $self->has_language ) {
386                 warn "Please set a language to lemmatize a tradition";
387                 return;
388         }
389         my $mod = "Text::Tradition::Language::" . $self->language;
390         load( $mod );
391         $mod->can( 'lemmatize' )->( $self );
392 }
393
394 no Moose;
395 __PACKAGE__->meta->make_immutable;
396
397
398 =head1 BUGS / TODO
399
400 =over
401
402 =item * Allow tradition to be initialized via passing to a collator.
403
404 =back
405
406 =head1 LICENSE
407
408 This package is free software and is provided "as is" without express
409 or implied warranty.  You can redistribute it and/or modify it under
410 the same terms as Perl itself.
411
412 =head1 AUTHOR
413
414 Tara L Andrews E<lt>aurum@cpan.orgE<gt>