test for correctness of analysis groups; pursuant bugfixes
[scpubgit/stemmatology.git] / lib / Text / Tradition / Parser / Self.pm
1 package Text::Tradition::Parser::Self;
2
3 use strict;
4 use warnings;
5 use Text::Tradition::Parser::GraphML qw/ graphml_parse /;
6
7 =head1 NAME
8
9 Text::Tradition::Parser::GraphML
10
11 =head1 SYNOPSIS
12
13   use Text::Tradition;
14   
15   my $t_from_file = Text::Tradition->new( 
16     'name' => 'my text',
17     'input' => 'Self',
18     'file' => '/path/to/tradition.xml'
19     );
20     
21   my $t_from_string = Text::Tradition->new( 
22     'name' => 'my text',
23     'input' => 'Self',
24     'string' => $tradition_xml,
25     );
26
27 =head1 DESCRIPTION
28
29 Parser module for Text::Tradition to read in its own GraphML output format.
30 GraphML is a relatively simple graph description language; a 'graph' element
31 can have 'node' and 'edge' elements, and each of these can have simple 'data'
32 elements for attributes to be saved.
33
34 The graph itself has attributes as in the Collation object:
35
36 =over
37
38 =item * linear 
39
40 =item * ac_label
41
42 =item * baselabel
43
44 =item * wit_list_separator
45
46 =back
47
48 The node objects have the following attributes:
49
50 =over
51
52 =item * name
53
54 =item * reading
55
56 =item * identical
57
58 =item * rank
59
60 =item * class
61
62 =back
63
64 The edge objects have the following attributes:
65
66 =over
67
68 =item * class
69
70 =item * witness (for 'path' class edges)
71
72 =item * extra   (for 'path' class edges)
73
74 =item * relationship    (for 'relationship' class edges)
75
76 =item * equal_rank      (for 'relationship' class edges)
77
78 =item * non_correctable (for 'relationship' class edges)
79
80 =item * non_independent (for 'relationship' class edges)
81
82 =back
83
84 =head1 METHODS
85
86 =head2 B<parse>
87
88 parse( $graph, $opts );
89
90 Takes an initialized Text::Tradition object and a set of options; creates
91 the appropriate nodes and edges on the graph.  The options hash should
92 include either a 'file' argument or a 'string' argument, depending on the
93 source of the XML to be parsed.
94
95 =begin testing
96
97 use Text::Tradition;
98 binmode STDOUT, ":utf8";
99 binmode STDERR, ":utf8";
100 eval { no warnings; binmode $DB::OUT, ":utf8"; };
101
102 my $tradition = 't/data/florilegium_graphml.xml';
103 my $t = Text::Tradition->new( 
104     'name'  => 'inline', 
105     'input' => 'Self',
106     'file'  => $tradition,
107     );
108
109 is( ref( $t ), 'Text::Tradition', "Parsed GraphML version 2" );
110 if( $t ) {
111     is( scalar $t->collation->readings, 319, "Collation has all readings" );
112     is( scalar $t->collation->paths, 376, "Collation has all paths" );
113     is( scalar $t->witnesses, 13, "Collation has all witnesses" );
114 }
115
116 # TODO add a relationship, write graphml, reparse it, check that the rel
117 # is still there
118 $t->language('Greek');
119 $t->collation->add_relationship( 'w12', 'w13', 
120         { 'type' => 'grammatical', 'scope' => 'global', 
121           'annotation' => 'This is some note' } );
122 ok( $t->collation->get_relationship( 'w12', 'w13' ), "Relationship set" );
123 my $graphml_str = $t->collation->as_graphml;
124
125 my $newt = Text::Tradition->new( 'input' => 'Self', 'string' => $graphml_str );
126 is( ref( $newt ), 'Text::Tradition', "Parsed current GraphML version" );
127 if( $newt ) {
128     is( scalar $newt->collation->readings, 319, "Collation has all readings" );
129     is( scalar $newt->collation->paths, 376, "Collation has all paths" );
130     is( scalar $newt->witnesses, 13, "Collation has all witnesses" );
131     is( scalar $newt->collation->relationships, 1, "Collation has added relationship" );
132     is( $newt->language, 'Greek', "Tradition has correct language setting" );
133     my $rel = $newt->collation->get_relationship( 'w12', 'w13' );
134     ok( $rel, "Found set relationship" );
135     is( $rel->annotation, 'This is some note', "Relationship has its properties" );
136 }
137
138
139 =end testing
140
141 =cut
142
143 sub parse {
144     my( $tradition, $opts ) = @_;
145     
146     # Collation data is in the first graph; relationship-specific stuff 
147     # is in the second.
148     my( $graph_data, $rel_data ) = graphml_parse( $opts );
149     
150     my $collation = $tradition->collation;
151     my %witnesses;
152     
153     # print STDERR "Setting graph globals\n";
154     $tradition->name( $graph_data->{'name'} );
155     my $use_version;
156     my $tmeta = $tradition->meta;
157     my $cmeta = $collation->meta;
158     foreach my $gkey ( keys %{$graph_data->{'global'}} ) {
159                 my $val = $graph_data->{'global'}->{$gkey};
160                 if( $gkey eq 'version' ) {
161                         $use_version = $val;
162                 } elsif( $tmeta->has_attribute( $gkey ) ) {
163                         $tradition->$gkey( $val );
164                 } else {
165                         $collation->$gkey( $val );
166                 }
167         }
168                 
169     # Add the nodes to the graph. 
170
171     # print STDERR "Adding collation readings\n";
172     foreach my $n ( @{$graph_data->{'nodes'}} ) {       
173         # If it is the start or end node, we already have one, so
174         # grab the rank and go.
175         next if( defined $n->{'is_start'} );
176         if( defined $n->{'is_end'} ) {
177                 $collation->end->rank( $n->{'rank'} );
178                 next;
179         }
180                 my $gnode = $collation->add_reading( $n );
181     }
182         
183     # Now add the edges.
184     # print STDERR "Adding collation path edges\n";
185     foreach my $e ( @{$graph_data->{'edges'}} ) {
186         my $from = $collation->reading( $e->{'source'}->{'id'} );
187         my $to = $collation->reading( $e->{'target'}->{'id'} );
188
189                 warn "No witness label on path edge!" unless $e->{'witness'};
190                 my $label = $e->{'witness'} . ( $e->{'extra'} ? $collation->ac_label : '' );
191                 $collation->add_path( $from, $to, $label );
192                 
193                 # Add the witness if we don't have it already.
194                 unless( $witnesses{$e->{'witness'}} ) {
195                         $tradition->add_witness( sigil => $e->{'witness'} );
196                         $witnesses{$e->{'witness'}} = 1;
197                 }
198                 $tradition->witness( $e->{'witness'} )->is_layered( 1 ) if $e->{'extra'};
199     }
200     
201     ## Done with the main graph, now look at the relationships.
202         # Nodes are added via the call to add_reading above.  We only need
203         # add the relationships themselves.
204         # TODO check that scoping does trt
205         $rel_data->{'edges'} ||= []; # so that the next line doesn't break on no rels
206         foreach my $e ( sort { _layersort_rel( $a, $b ) } @{$rel_data->{'edges'}} ) {
207                 my $from = $collation->reading( $e->{'source'}->{'id'} );
208                 my $to = $collation->reading( $e->{'target'}->{'id'} );
209                 delete $e->{'source'};
210                 delete $e->{'target'};
211                 # The remaining keys are relationship attributes.
212                 # Backward compatibility...
213                 if( $use_version eq '2.0' || $use_version eq '3.0' ) {
214                         delete $e->{'class'};
215                         $e->{'type'} = delete $e->{'relationship'} if exists $e->{'relationship'};
216                 }
217                 # Add the specified relationship unless we already have done.
218                 my $rel_exists;
219                 if( $e->{'scope'} ne 'local' ) {
220                         my $relobj = $collation->get_relationship( $from, $to );
221                         if( $relobj && $relobj->scope eq $e->{'scope'}
222                                 && $relobj->type eq $e->{'type'} ) {
223                                 $rel_exists = 1;
224                         }
225                 }
226                 $collation->add_relationship( $from, $to, $e ) unless $rel_exists;
227         }
228         
229     # Save the text for each witness so that we can ensure consistency
230     # later on
231         $collation->text_from_paths();  
232 }
233
234 ## Return the relationship that comes first in priority.
235 my %LAYERS = (
236         'collated' => 1,
237         'orthographic' => 2,
238         'spelling' => 3,
239         );
240
241 sub _layersort_rel {
242         my( $a, $b ) = @_;
243         my $key = exists $a->{'type'} ? 'type' : 'relationship';
244         my $at = $LAYERS{$a->{$key}} || 99;
245         my $bt = $LAYERS{$b->{$key}} || 99;
246         return $at <=> $bt;
247 }
248
249 1;
250
251 =head1 BUGS / TODO
252
253 =over
254
255 =item * Make this into a stream parser with GraphML
256
257 =item * Simply field -> attribute correspondence for nodes and edges
258
259 =item * Share key name constants with Collation.pm
260
261 =back
262
263 =head1 LICENSE
264
265 This package is free software and is provided "as is" without express
266 or implied warranty.  You can redistribute it and/or modify it under
267 the same terms as Perl itself.
268
269 =head1 AUTHOR
270
271 Tara L Andrews E<lt>aurum@cpan.orgE<gt>