group_vars.pl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use lib 'lib';
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6 use Text::Tradition;
   7 use Text::Tradition::Stemma;
   8
   9 binmode STDERR, ":utf8";
  10 binmode STDOUT, ":utf8";
  11 eval { no warnings; binmode $DB::OUT, ":utf8"; };
  12
  13 my $informat = 'TEI';
  14 my $inbase;
  15 my $linear = 1;
  16
  17 # Parse the tradition data
  18
  19 my $input = $ARGV[0];
  20 my @lines;
  21 open( INFILE, "$input" ) or die "Could not read $input";
  22 binmode INFILE, ':utf8';
  23 @lines = <INFILE>;
  24 close INFILE;
  25 $input = join( '', @lines );
  26
  27 my %args = ( $informat => $input,
  28              'linear' => $linear );
  29 $args{'base'} = $inbase if $inbase;
  30 my $tradition = Text::Tradition->new( %args );
  31
  32 # Parse the stemma hypothesis
  33 my $stemma = Text::Tradition::Stemma->new(
  34     'collation' => $tradition->collation,
  35     'dot' => $ARGV[1],
  36     );
  37
  38 # We have the collation, so get the alignment table with witnesses in rows.
  39
  40 my $all_wits_table = $tradition->collation->make_alignment_table( 1 );
  41
  42 # For each column in the alignment table, we want to see if the existing
  43 # groupings of witnesses match our stemma hypothesis.  First let's just go
  44 # through the groupings.
  45
  46 # Strip the list of sigla and save it for correlation to the readings.
  47 my $col_wits = shift @$all_wits_table;
  48
  49 # For each column in the table, group the readings by witness.
  50
  51 my $used_vars = 0;
  52 foreach my $i ( 0 .. $#$all_wits_table ) {
  53     my $rdg_wits = {};
  54     my $col_rdgs = shift @$all_wits_table;
  55     foreach my $j ( 0 .. $#{$col_rdgs} ) {
  56         my $rdg = $col_rdgs->[$j];
  57         $rdg = '' unless $rdg;   # We care about empty readings
  58         $rdg = undef if $rdg eq '#LACUNA#'; # ... unless they're lacunas
  59         if( $rdg ) {
  60             $rdg_wits->{$rdg} = [] unless $rdg_wits->{$rdg};
  61             add_variant_wit( $rdg_wits->{$rdg}, $col_wits->[$j] );
  62         }
  63     }
  64
  65     my( $groups, $readings ) = useful_variant( $rdg_wits );
  66     next unless $groups && $readings;
  67
  68     # We can look up witnesses for a reading; we also want to look up readings
  69     # for a given witness.
  70     my $group_readings = {};
  71     foreach my $x ( 0 .. $#$groups ) {
  72         $group_readings->{wit_stringify( $groups->[$x] )} = $readings->[$x];
  73     }
  74
  75     # For all the groups with more than one member, collect the list of all
  76     # contiguous vertices needed to connect them.
  77     # TODO: deal with a.c. reading logic
  78     my $conflict = analyze_variant_location( $group_readings, $groups, $stemma->apsp );
  79     print wit_stringify( $groups ) . ' - ' . join( " / ", @$readings ) . "\n";
  80     foreach my $rdg ( keys %$conflict ) {
  81         my $var = $conflict->{$rdg};
  82         print "\tReadings '$rdg' and '$var' are not genealogical\n";
  83     }
  84
  85     # Now run the same analysis given a distance tree.
  86     my $distance_apsp = $stemma->distance_trees->[0]->APSP_Floyd_Warshall();
  87     $conflict = analyze_variant_location( $group_readings, $groups, $distance_apsp );
  88     foreach my $rdg ( keys %$conflict ) {
  89         my $var = $conflict->{$rdg};
  90         print "\tReadings '$rdg' and '$var' disregarded by parsimony\n";
  91     }
  92
  93     # Record that we used this variant in an analysis
  94     $used_vars++;
  95
  96 }
  97 print "Found $used_vars useful variants in this analysis\n";
  98 # Save the stemma picture
  99 open( STEMMA, ">stemma_graph.svg" ) or die "Could not open stemma graph to write";
 100 binmode STEMMA, ":utf8";
 101 print STEMMA $stemma->as_svg;
 102 close STEMMA;
 103
 104 sub analyze_variant_location {
 105     my( $group_readings, $groups, $apsp ) = @_;
 106     my %contig;
 107     my $conflict = {};
 108     foreach my $g ( sort { scalar @$b <=> scalar @$a } @$groups ) {
 109         my @members = @$g;
 110         my $gst = wit_stringify( $g );
 111         map { $contig{$_} = $gst } @members; # The witnesses need themselves to be
 112                                              # in their collection.
 113         next unless @members > 1;
 114         my $curr = pop @members;
 115         foreach my $m ( @members ) {
 116             foreach my $v ( $apsp->path_vertices( $curr, $m ) ) {
 117                 $contig{$v} = $gst unless exists $contig{$v};
 118                 next if $contig{$v} eq $gst;
 119                 # print STDERR "Conflict at $v between group $gst and group "
 120                 #     . $contig{$v} . "\n";
 121                 # Record what is conflicting.
 122                 $conflict->{$group_readings->{$gst}} = $group_readings->{$contig{$v}};
 123             }
 124         }
 125     }
 126     return $conflict;
 127 }
 128
 129 # Add the variant, subject to a.c. representation logic.
 130 # This assumes that we will see the 'main' version before the a.c. version.
 131 sub add_variant_wit {
 132     my( $arr, $wit ) = @_;
 133     my $acstr = $tradition->collation->ac_label;
 134     my $skip;
 135     if( $wit =~ /^(.*)\Q$acstr\E$/ ) {
 136         my $real = $1;
 137         $skip = grep { $_ =~ /^\Q$real\E$/ } @$arr;
 138     }
 139     push( @$arr, $wit ) unless $skip;
 140 }
 141
 142 # Return an answer if the variant is useful, i.e. if there are at least 2 variants
 143 # with at least 2 witnesses each.
 144 sub useful_variant {
 145     my( $readings ) = @_;
 146     my $total = keys %$readings;
 147     foreach my $var ( keys %$readings ) {
 148         $total-- if @{$readings->{$var}} == 1;
 149     }
 150     return( undef, undef ) if $total <= 1;
 151     my( $groups, $text );
 152     foreach my $var ( keys %$readings ) {
 153         push( @$groups, $readings->{$var} );
 154         push( @$text, $var );
 155     }
 156     return( $groups, $text );
 157 }
 158
 159 # Take an array of witness groupings and produce a string like
 160 # A,B / C,D,E / F
 161
 162 sub wit_stringify {
 163     my $groups = shift;
 164     my @gst;
 165     # If we were passed an array of witnesses instead of an array of
 166     # groupings, then "group" the witnesses first.
 167     unless( ref( $groups->[0] ) ) {
 168         my $mkgrp = [ $groups ];
 169         $groups = $mkgrp;
 170     }
 171     foreach my $g ( @$groups ) {
 172         push( @gst, join( ',', @$g ) );
 173     }
 174     return join( ' / ', @gst );
 175 }
 176