base/script/make_tradition.pl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use lib 'lib';
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6 use Getopt::Long;
   7 use TryCatch;
   8 use Text::Tradition;
   9 use Text::Tradition::Directory;
  10 use Text::Tradition::StemmaUtil qw/ character_input phylip_pars /;
  11
  12 binmode STDERR, ":utf8";
  13 binmode STDOUT, ":utf8";
  14 eval { no warnings; binmode $DB::OUT, ":utf8"; };
  15
  16 # Variables with defaults
  17 my( $informat, $outformat, $language, $name, $sep, $dsn )  = ( '', '', 'Default',
  18         'Tradition', "\t", "dbi:SQLite:dbname=db/traditions.db" );
  19 # Variables with no default
  20 my( $inbase, $help, $stemmafile,  $dbuser, $dbpass, $from, $to, $dbid, $debug, $nonlinear );
  21
  22 GetOptions( 'i|in=s'    => \$informat,
  23             'b|base=s'  => \$inbase,
  24             'o|out=s'   => \$outformat,
  25             'l|language=s' => \$language,
  26             'n|name=s'  => \$name,
  27             'h|help'    => \$help,
  28             's|stemma=s' => \$stemmafile,
  29             'u|user=s'  => \$dbuser,
  30             'p|pass=s'  => \$dbpass,
  31             'f|from=s'  => \$from,
  32             't|to=s'    => \$to,
  33             'nl|nonlinear' => \$nonlinear,
  34             'sep=s'             => \$sep,
  35             'dsn=s'             => \$dsn,
  36             'dbid=s'    => \$dbid,
  37                 'debug'     => \$debug
  38     );
  39
  40 if( $help ) {
  41     help();
  42 }
  43
  44 unless( $informat =~ /^(CSV|CTE|KUL|Self|TEI|CollateX|tab(ular)?)|xlsx?|db$/i ) {
  45     help( "Input format must be one of CollateX, CSV, CTE, Self, TEI" );
  46 }
  47 my $excel = $informat =~ /^xls/i ? lc( $informat ) : undef;
  48 $informat = 'CollateX' if $informat =~ /^c(ollate)?x$/i;
  49 $informat = 'KUL' if $informat =~ /^kul$/i;
  50 $informat = 'CTE' if $informat =~ /^cte$/i;
  51 $informat = 'Self' if $informat =~ /^self$/i;
  52 $informat = 'TEI' if $informat =~ /^tei$/i;
  53 $informat = 'Tabular' if $informat =~ /^tab$/i;
  54 $informat = 'CollateText' if $informat =~ /^stone$/i;
  55 $informat = 'Tabular' if $informat =~ /^xls/i;
  56
  57 unless( $outformat =~ /^(graphml|svg|dot|stemma|csv|db)$/ ) {
  58     help( "Output format must be one of db, graphml, svg, csv, stemma, or dot" );
  59 }
  60
  61 if( $from || $to ) {
  62         help( "Subgraphs only supported in GraphML, dot, or SVG format" )
  63                 unless $outformat =~ /^(graphml|dot|svg)$/;
  64 }
  65
  66 # Do we have a base if we need it?
  67 if( $informat =~ /^(KUL|CollateText)$/ && !$inbase ) {
  68     help( "$informat input needs a base text" );
  69 }
  70 $sep = "\t" if $sep eq 'tab';
  71
  72 my $input = $ARGV[0];
  73 my $tradition;
  74 my $dir;
  75 if( $informat eq 'db' ) {
  76         my $dbargs = { dsn => $dsn };
  77         $dbargs->{'extra_args'}->{'user'} = $dbuser if $dbuser;
  78         $dbargs->{'extra_args'}->{'password'} = $dbpass if $dbpass;
  79         $dir = Text::Tradition::Directory->new( $dbargs );
  80         my $scope = $dir->new_scope();
  81         $tradition = $dir->lookup( $input );
  82 } else {
  83         # First: read the base. Make a graph, but also note which
  84         # nodes represent line beginnings.
  85         my %args = ( 'input' => $informat,
  86                                  'file' => $input );
  87         $args{'linear'} = 0 if $nonlinear;
  88         $args{'base'} = $inbase if $inbase;
  89         $args{'language'} = $language if $language;
  90         $args{'name'} = $name if $name;
  91         if( $informat eq 'Tabular' ) {
  92                 if( $excel ) {
  93                         $args{'excel'} = $excel;
  94                 } else {
  95                         $args{'sep_char'} = $sep;
  96                 }
  97         }
  98         ### Custom hacking for Stone
  99         if( $informat eq 'CollateText' ) {
 100                 $args{'sigla'} = [ qw/ S M X V Z Bb B K W L / ];
 101         }
 102         $tradition = Text::Tradition->new( %args );
 103 }
 104 if( $stemmafile ) {
 105         my $stemma = $tradition->add_stemma( dotfile => $stemmafile );
 106         print STDERR "Saved stemma at $stemmafile\n" if $stemma;
 107 }
 108
 109 # Now output what we have been asked to.
 110 if( $outformat eq 'stemma' ) {
 111     my $cdata = character_input( $tradition->collation->alignment_table );
 112     try {
 113         print phylip_pars( $cdata );
 114     } catch( Text::Tradition::Error $e ) {
 115         print STDERR "Bad result: " . $e->message;
 116     }
 117 } elsif( $outformat eq 'db' ) {
 118         unless( $dir ) {
 119                 my $extra_args = { 'create' => 1 };
 120                 $extra_args->{'user'} = $dbuser if $dbuser;
 121                 $extra_args->{'password'} = $dbpass if $dbpass;
 122                 $dir = Text::Tradition::Directory->new( 'dsn' => $dsn,
 123                         'extra_args' => $extra_args );
 124         }
 125         my $scope = $dir->new_scope;
 126         my $uuid;
 127         if( $dbid ) {
 128                 $uuid = $dir->store( $dbid => $tradition );
 129         } else {
 130                 $uuid = $dir->store( $tradition );
 131         }
 132         print STDERR "Saved tradition to database with ID $uuid\n";
 133 } else {
 134     my $output = "as_$outformat";
 135     my $opts = {};
 136     $opts->{'from'} = $from if $from;
 137     $opts->{'to'} = $to if $to;
 138     $opts->{'nocalc'} = 1 if $debug;
 139     print $tradition->collation->$output( $opts );
 140 }
 141
 142 sub help {
 143     my( $msg ) = @_;
 144     print STDERR << "EOF"
 145 Usage: $0 -i [format] -o [format] (--base [filename]) (--(no)linear) [inputfile]
 146     i, input: Format of the input file.  Must be one of CollateX, CSV, CTE, Self, TEI.
 147     o, output: Format of the output.  Must be one of svg, dot, graphml, csv, stemma.
 148     b, base: Filename that contains a base text.  Needed for CSV input.
 149     l, linear: Treat transposed readings separately, producing a linear graph.
 150         If nolinear, treat transposed readings as the same node.
 151     h, help: Print this message.
 152 EOF
 153     ;
 154     if( $msg ) {
 155         print STDERR "$msg\n";
 156     }
 157     exit ($msg ? 1 : 0 );
 158 }